<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Mon, Jun 9, 2014 at 10:16 PM, Blaise A Bourdin <span dir="ltr"><<a href="mailto:bourdin@lsu.edu" target="_blank">bourdin@lsu.edu</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div style="word-wrap:break-word">
<div>Hi,</div>
<div><div class=""><br>
<blockquote type="cite">
<div style="font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px">

<div dir="ltr">
<div class="gmail_extra">
<div class="gmail_quote">
<div>I agree with Barry that since this will not mean any interface changes, it can be done with patch releases.</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div><br>
</div>
</div><div>Sounds like a plan</div><div class="">
<br>
<blockquote type="cite">
<div style="font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px">

<div dir="ltr">
<div class="gmail_extra">
<div class="gmail_quote">
<div> </div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">
<br>
I still can’t figure out how to deal with cell sets of different types (say quads and tri).<br>
</blockquote>
<div><br>
</div>
<div>I have not tried this. I had been focusing getting higher order (Q2) and either quads or tris to work. This</div>
<div>all seems to be working correctly now. I have been using it to visualize/restart a magma dynamics app</div>
<div>with 3 fields all with different discretizations.</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div><br>
</div>
</div><div>Nice.</div><div class="">
<br>
<blockquote type="cite">
<div style="font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px">

<div dir="ltr">
<div class="gmail_extra">
<div class="gmail_quote">
<div> </div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">
All cell and vertex sets seem to be contained in the hdf5 file, but not in a way that is usable by post processing tools (visit, paraview, ensight).<br>
</blockquote>
<div><br>
</div>
<div>For restarting, mixed meshes should work fine. They are stored in</div>
<div><br>
</div>
<div>  /topology/cells</div>
<div>                   /cones</div>
<div>                   /order</div>
<div>                   /orientation</div>
<div><br>
</div>
<div>and the field values are in</div>
<div><br>
</div>
<div>  /fields/<name></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<blockquote type="cite">
<div style="font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px">

<div dir="ltr">
<div class="gmail_extra">
<div class="gmail_quote">
<div><br>
</div>
<div>For visualization and most post-processing, there are separate arrays</div>
<div><br>
</div>
<div>  /viz/topology</div>
<div>        /geometry</div>
<div><br>
</div>
<div>which are exactly what I needed to make Paraview understand the xdmf. The fields</div>
<div>sampled down to cells and vertices are in</div>
<div><br>
</div>
<div>  /vertex_fields/<name></div>
<div>  /cell_fields/<name></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div><br>
</div>
</div><div>I saw that. Does it mean that all heavy data is duplicated in the hdf5 file, i.e. that /fields contains values that petsc understands and /viz is for visualization?</div></div></div></blockquote><div><br></div>
<div>Yes, this is controlled by the viewer format. I saw no way to get xmf to look at scattered data, so duplication was inevitable.</div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div style="word-wrap:break-word"><div><div class="">
<blockquote type="cite">
<div style="font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px">

<div dir="ltr">
<div class="gmail_extra">
<div class="gmail_quote">
<div> </div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">
The xdmf generation script bin/pythonscripts/petsc_gen_xdmf.py is quite fragile.<br>
</blockquote>
<div><br>
</div>
<div>I have not had it fail for me, but would be happy to look at the failure you are getting.</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div><br>
</div>
</div><div>Cool.</div>
<div><br>
</div>
<div>I am attaching a very simple code that reads an exo file and saves it, and two simple exodus meshes.</div></div></div></blockquote><div><br></div><div>I have attached a cleaned up version.</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div style="word-wrap:break-word"><div>
<div>The xmf generation script fails on it, most likely because I don’t have a /time section in the file. My workaround is to replace l. 209 with time = [0,1]. </div></div></div></blockquote><div><br></div><div>The xmf script works on it now.</div>
<div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word"><div>
<div>When I read the xmf file in visit, I see only one cell set. In paraview, I see two blocks “domain” and “domain[1]", both of which contain the entire mesh.</div></div></div></blockquote><div><br></div><div>The labels marking these sets are in the .h5 file, but I am not sure what you want in the xmf. Can you show me</div>
<div>a simple example. Right now, I am using the xmf generation from PyLith.</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">
<div>
<div>If I do not interpolate the mesh in DMPlexCreateExodusFromFile, petsc_gen_xdmf.py fails.</div></div></div></blockquote><div><br></div><div>I just ran it and it worked here. See below.</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div style="word-wrap:break-word"><div>
<div>DMView fails in parallel. I must be doing something wrong.</div></div></div></blockquote><div><br></div><div>There was a bug (overaggressive check) that caused this, but it has been fixed. Are you using 'next'?</div>
<div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word"><div>
<div>
<div style="margin:0px;font-family:'Source Code Pro'">[0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message --------------------------------------------------------------</div>
<div style="margin:0px;font-family:'Source Code Pro'">[0]PETSC ERROR: Argument out of range</div>
<div style="margin:0px;font-family:'Source Code Pro'">[0]PETSC ERROR: Point 8 has 0 constraints > -3 dof</div>
<div style="margin:0px;font-family:'Source Code Pro'">[0]PETSC ERROR: See <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" target="_blank">
http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a> for trouble shooting.</div>
<div style="margin:0px;font-family:'Source Code Pro'">[0]PETSC ERROR: Petsc Development GIT revision: v3.4.4-4444-g8c25fe2  GIT Date: 2014-06-07 16:01:56 -0500</div>
<div style="margin:0px;font-family:'Source Code Pro'">[0]PETSC ERROR: ./testHDF5Plex on a Darwin-intel14.0-g named iMac.local by blaise Mon Jun  9 22:14:29 2014</div>
<div style="margin:0px;font-family:'Source Code Pro'">[0]PETSC ERROR: Configure options CFLAGS= CXXFLAGS= LDFLAGS=-Wl,-no_pie --download-chaco=1 --download-exodusii=1 --download-hdf5=1 --download-metis=1 --download-netcdf=1 --download-parmetis=1 --download-sowing=1
 --download-triangle=1 --download-yaml=1 --with-blas-lapack-dir=/opt/intel/composerxe/mkl --with-cmake=cmake --with-debugging=1 --with-mpi-dir=/opt/HPC/mpich-3.0.4-intel14.0 --with-pic --with-shared-libraries=1 --with-vendor-compilers=intel --with-x11=1</div>

<div style="margin:0px;font-family:'Source Code Pro'">[0]PETSC ERROR: #1 DMCreateDefaultSF() line 3065 in /opt/HPC/petsc-dev/src/dm/interface/dm.c</div>
<div style="margin:0px;font-family:'Source Code Pro'">[0]PETSC ERROR: #2 DMGetDefaultSF() line 2985 in /opt/HPC/petsc-dev/src/dm/interface/dm.c</div>
<div style="margin:0px;font-family:'Source Code Pro'">[0]PETSC ERROR: #3 DMLocalToGlobalBegin() line 1737 in /opt/HPC/petsc-dev/src/dm/interface/dm.c</div>
<div style="margin:0px;font-family:'Source Code Pro'">[0]PETSC ERROR: #4 VecView_Plex_Local_HDF5() line 122 in /opt/HPC/petsc-dev/src/dm/impls/plex/plexhdf5.c</div>
<div style="margin:0px;font-family:'Source Code Pro'">[0]PETSC ERROR: #5 VecView_Plex_Local() line 86 in /opt/HPC/petsc-dev/src/dm/impls/plex/plex.c</div>
<div style="margin:0px;font-family:'Source Code Pro'">[0]PETSC ERROR: #6 VecView() line 601 in /opt/HPC/petsc-dev/src/vec/vec/interface/vector.c</div>
<div style="margin:0px;font-family:'Source Code Pro'">[0]PETSC ERROR: #7 DMPlexWriteCoordinates_HDF5_Static() line 396 in /opt/HPC/petsc-dev/src/dm/impls/plex/plexhdf5.c</div>
<div style="margin:0px;font-family:'Source Code Pro'">[0]PETSC ERROR: #8 DMPlexView_HDF5() line 485 in /opt/HPC/petsc-dev/src/dm/impls/plex/plexhdf5.c</div>
<div style="margin:0px;font-family:'Source Code Pro'">[0]PETSC ERROR: #9 DMView_Plex() line 450 in /opt/HPC/petsc-dev/src/dm/impls/plex/plex.c</div>
<div style="margin:0px;font-family:'Source Code Pro'">[0]PETSC ERROR: #10 DMView() line 648 in /opt/HPC/petsc-dev/src/dm/interface/dm.c</div>
<div style="margin:0px;font-family:'Source Code Pro'">[0]PETSC ERROR: #11 main() line 79 in /Users/blaise/Development/DMComplex/testHDF5Plex.c</div>
<div style="margin:0px;font-family:'Source Code Pro'">[0]PETSC ERROR: ----------------End of Error Message -------send entire error message to
<a href="mailto:petsc-maint@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-maint@mcs.anl.gov</a>----------</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
</div>
<div>Finally, DMView fails with the mixed element type mesh with the following error message:</div>
<div>
<div style="margin:0px;font-family:'Source Code Pro'">Writing to TwoSquaresMixed_seq.h5</div>
<div style="margin:0px;font-family:'Source Code Pro';color:rgb(195,55,32)">
<b>[0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message --------------------------------------------------------------</b></div>
<div style="margin:0px;font-family:'Source Code Pro'">[0]PETSC ERROR: No support for this operation for this object type</div>
<div style="margin:0px;font-family:'Source Code Pro'">[0]PETSC ERROR: Visualization topology currently only supports identical cell shapes</div>
<div style="margin:0px;font-family:'Source Code Pro'">[0]PETSC ERROR: See <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" target="_blank">
http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a> for trouble shooting.</div>
<div style="margin:0px;font-family:'Source Code Pro'">[0]PETSC ERROR: Petsc Development GIT revision: v3.4.4-4444-g8c25fe2  GIT Date: 2014-06-07 16:01:56 -0500</div>
<div style="margin:0px;font-family:'Source Code Pro'">[0]PETSC ERROR: ./testHDF5Plex on a Darwin-intel14.0-g named iMac.local by blaise Mon Jun  9 22:11:48 2014</div>
<div style="margin:0px;font-family:'Source Code Pro'">[0]PETSC ERROR: Configure options CFLAGS= CXXFLAGS= LDFLAGS=-Wl,-no_pie --download-chaco=1 --download-exodusii=1 --download-hdf5=1 --download-metis=1 --download-netcdf=1 --download-parmetis=1 --download-sowing=1
 --download-triangle=1 --download-yaml=1 --with-blas-lapack-dir=/opt/intel/composerxe/mkl --with-cmake=cmake --with-debugging=1 --with-mpi-dir=/opt/HPC/mpich-3.0.4-intel14.0 --with-pic --with-shared-libraries=1 --with-vendor-compilers=intel --with-x11=1</div>

<div style="margin:0px;font-family:'Source Code Pro'">[0]PETSC ERROR: #1 DMPlexWriteTopology_Vertices_HDF5_Static() line 322 in /opt/HPC/petsc-dev/src/dm/impls/plex/plexhdf5.c</div>
<div style="margin:0px;font-family:'Source Code Pro'">[0]PETSC ERROR: #2 DMPlexView_HDF5() line 488 in /opt/HPC/petsc-dev/src/dm/impls/plex/plexhdf5.c</div>
<div style="margin:0px;font-family:'Source Code Pro'">[0]PETSC ERROR: #3 DMView_Plex() line 450 in /opt/HPC/petsc-dev/src/dm/impls/plex/plex.c</div>
<div style="margin:0px;font-family:'Source Code Pro'">[0]PETSC ERROR: #4 main() line 59 in /Users/blaise/Development/DMComplex/testHDF5Plex.c</div>
<div style="margin:0px;font-family:'Source Code Pro';color:rgb(195,55,32)">
<b>[0]PETSC ERROR: ----------------End of Error Message -------send entire error message to
<a href="mailto:petsc-maint@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-maint@mcs.anl.gov</a>----------</b></div>
<div></div>
</div>
</div>
</div>

</blockquote></div><br>I need to understand how xmf treats these mixes meshes. This is where help would be useful.</div><div class="gmail_extra">The checkpointing works with them however.</div><div class="gmail_extra"><br>
</div><div class="gmail_extra">  Thanks,</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">     Matt<br clear="all"><div><br></div>-- <br>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>
-- Norbert Wiener
</div></div>