<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Fri, Feb 21, 2014 at 6:56 AM, Michael Lange <span dir="ltr"><<a href="mailto:michael.lange@imperial.ac.uk" target="_blank">michael.lange@imperial.ac.uk</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
  
    
  
  <div text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    <div>Hi Matt,<br>
      <br>
      Have you had a chance to think about the cell overlap problem? I'm
      proposing to make the center dimension a general Plex attribute
      with the current behaviour as the default. We can then generate
      the cell overlap in DMPlexDistribute according to the center
      dimension using a utility function for point adjacency, something
      like DMPlexGetAdjacentPoints(dm, p). <br>
      <br>
      I'm happy to provide a pull request for this change, just tell me
      if you agree with this approach or if you see any problems.<br></div></div></blockquote><div><br></div><div>Yes, you are correct in this. We are having another discussion on petsc-maint about the kinds of partitions that are</div>
<div>appropriate for different problems. I will try and get through this as quickly as I can, and I will solicit your feedback</div><div>when I get the plan for implementation done.</div><div><br></div><div>  Thanks,</div>
<div><br></div><div>     Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div text="#000000" bgcolor="#FFFFFF"><div>
      Thanks and kind regards,<br>
      <br>
      Michael<div><div class="h5"><br>
      <br>
      <br>
      On 03/02/14 11:32, Michael Lange wrote:<br>
    </div></div></div><div><div class="h5">
    <blockquote type="cite">
      
      <div>Hi Matt,<br>
        <br>
        On 31/01/14 05:11, Matthew Knepley wrote:<br>
      </div>
      <blockquote type="cite">
        <div dir="ltr">
          <div class="gmail_extra">
            <div class="gmail_quote">On Tue, Jan 28, 2014 at 8:57 AM,
              Michael Lange <span dir="ltr"><<a href="mailto:michael.lange@imperial.ac.uk" target="_blank">michael.lange@imperial.ac.uk</a>></span>
              wrote:<br>
              <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi,<br>
                <br>
                I noticed that the cell overlap created during
                DMPlexDistribute does not include cells that only share
                a vertex but no edge with an owned cell. This causes
                problems when performing local assembly
                (MAT_IGNORE_OFF_PROC_ENTRIES) based on information from
                the plex, because one contribution to the shared vertex
                is missing.<br>
                <br>
                As an example consider the 2x2 square with 8 cells
                (attached). When partitioned across two ranks with
                overlap=1 each rank owns 4 cells and in the current
                version knows about 2 halo cells, giving a total of 6
                cells. The central vertex, however, touches 3 owned and
                3 non-owned cells, one of which doesn't share an edge
                with any owned cells. So, in order to correctly assemble
                the central vertex locally, the rank owning it needs to
                know about 7 cells in total.<br>
                <br>
                I have attached a patch that fixes this problem by going
                over the inverse closure of all vertices associated with
                a given cell instead of using the provided edge graph.
                Please tell me what you think and whether there might be
                an easier way to fix this.<br>
              </blockquote>
              <div><br>
              </div>
              <div>This is true, but unfortunately not what everyone
                wants. FVM people want just what is there now. This</div>
              <div>same choice comes up in preallocation. There I have
                put in the "center dimension" which says what</div>
              <div>kind of point do you use for the center, vertex or
                face? I guess we need that here as well.</div>
            </div>
          </div>
        </div>
      </blockquote>
      Yes, I think the center dimension is exactly what we need here,
      because my proposed fix is to switch from using star(cone(p)) to
      star(closure(p)). So, do you want to make the center dimension a
      general Plex attribute and move the Set/Get functions to plex.c?
      If so, what would be the default? In that case a
      DMPlexGetAdjacentPoints(dm, p) function might also be helpful if
      this is used in several places? I'm happy to provide a pull
      request, just tell me how you want this to be structured. <br>
      <br>
      Thanks<br>
      Michael<br>
    </blockquote>
    <br>
  </div></div></div>

</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>
-- Norbert Wiener
</div></div>