<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Tue, Jan 28, 2014 at 8:57 AM, Michael Lange <span dir="ltr"><<a href="mailto:michael.lange@imperial.ac.uk" target="_blank">michael.lange@imperial.ac.uk</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi,<br>
<br>
I noticed that the cell overlap created during DMPlexDistribute does not include cells that only share a vertex but no edge with an owned cell. This causes problems when performing local assembly (MAT_IGNORE_OFF_PROC_ENTRIES) based on information from the plex, because one contribution to the shared vertex is missing.<br>

<br>
As an example consider the 2x2 square with 8 cells (attached). When partitioned across two ranks with overlap=1 each rank owns 4 cells and in the current version knows about 2 halo cells, giving a total of 6 cells. The central vertex, however, touches 3 owned and 3 non-owned cells, one of which doesn't share an edge with any owned cells. So, in order to correctly assemble the central vertex locally, the rank owning it needs to know about 7 cells in total.<br>

<br>
I have attached a patch that fixes this problem by going over the inverse closure of all vertices associated with a given cell instead of using the provided edge graph. Please tell me what you think and whether there might be an easier way to fix this.<br>
</blockquote><div><br></div><div>This is true, but unfortunately not what everyone wants. FVM people want just what is there now. This</div><div>same choice comes up in preallocation. There I have put in the "center dimension" which says what</div>
<div>kind of point do you use for the center, vertex or face? I guess we need that here as well.</div><div><br></div><div>   Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

Kind regards<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
Michael Lange<br>
</font></span></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>
-- Norbert Wiener
</div></div>