<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Tue, Jan 28, 2014 at 6:04 PM, Geoffrey Irving <span dir="ltr"><<a href="mailto:irving@naml.us" target="_blank">irving@naml.us</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">What's the cleanest way to save data from a petsc finite element<br>
simulation including boundary conditions?  First, is it correct that<br>
the local sections contains dofs for boundary conditions, while the<br>
global section does not?  If so, is the following the right plan?<br>
<br>
1. At start, save the DMPlex<br>
2. At start, save the local section<br>
3. Every frame, sync the global vector a local vector and write out in<br>
petsc binary format.<br>
<br>
Are there standard binary formats for DMPlex and sections?  All I see<br>
is the following sad commented out call to DMPlexView_Binary.</blockquote><div><br></div><div>We are having a big discussion about this on petsc-dev. I will write a longer</div><div>thing, but now the only thing that works all the way is VTK. You should just</div>
<div>be able to create the Viewer, do VecView for your fields, and then destroy it.</div><div><br></div><div>I create a global section with all the boundary values in it.</div><div><br></div><div>I plan on having HDF5+Xdmf and Exodus.</div>
<div><br></div><div>   Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
Geoffrey<br>
</font></span></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>
-- Norbert Wiener
</div></div>