<div dir="ltr"><div>Satish,<br><br>The script that pulled petsc-dev uses:<br><br>export PETSC_DIR=/home/augspurger/NumericalLibraries/petsc<br>git clone <a href="https://bitbucket.org/petsc/petsc">https://bitbucket.org/petsc/petsc</a><br>

cd petsc<br>export PETSC_ARCH=gnu-opt<br>./config/configure.py --with-cc=gcc --with-cxx=g++ --with-fc=gfortran --download-openmpi --download-metis --download-parmetis --download-f-blas-lapack --download-cmake=1 --download-scalapack --download-mumps --download-superlu_dist -with-debugging=0 COPTFLAGS="-O2" FOPTFLAGS="-O2"<br>

make all<br>make test<br><br></div><div>This is somehow not pulling with git?<br></div><div><br><br></div>John<br></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Dec 12, 2013 at 1:57 PM, Satish Balay <span dir="ltr"><<a href="mailto:balay@mcs.anl.gov" target="_blank">balay@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">[posting compressed logs would bypass the moderation on this list. Or<br>
one can send logs to petsc-maint]<br>
<br>
================================================================================<br>
TEST configureInstallationMethod from PETSc.utilities.petscdir(/home/jmousel/NumericalLibraries/petsc-hg/petsc-dev/config/PETSc/utilities/petscdir.py:82)<br>
TESTING: configureInstallationMethod from PETSc.utilities.petscdir(config/PETSc/utilities/petscdir.py:82)<br>
      This is a Mercurial clone<br>
        Defined "VERSION_HG" to ""ae1852fa137384c3044d6feae2ef8a7da2eceaf8""<br>
        Defined "VERSION_DATE_HG" to ""Tue Oct 09 18:04:34 2012 -0500""<br>
        Defined "VERSION_BS_HG" to ""1a63457bc7b1d283c8380ea48550851ce1bc3091""<br>
        Defined "VERSION_BS_DATE_HG" to ""Mon Oct 08 16:33:25 2012 -0500""<br>
================================================================================<br>
<br>
<br>
This petsc-dev snapshot is a 'mercurial clone' - and is more than a year old.<br>
<br>
Could you try using latest petsc-dev [via git]?<br>
<br>
<a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/developers/index.html#obtaining" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/developers/index.html#obtaining</a><br>
<br>
thanks,<br>
Satish<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
On Thu, 12 Dec 2013, Augspurger, Mike wrote:<br>
<br>
> I just pulled and installed petsc-dev and bombed the tests with the error<br>
> message below. I've attached configure.log.<br>
><br>
> Now to check if the libraries are working do:<br>
> make PETSC_DIR=/home/augspurger/NumericalLibraries/petsc PETSC_ARCH=gnu-opt<br>
> test<br>
> =========================================<br>
> Running test examples to verify correct installation<br>
> Using PETSC_DIR=/home/augspurger/NumericalLibraries/petsc and<br>
> PETSC_ARCH=gnu-opt<br>
> Possible error running C/C++ src/snes/examples/tutorials/ex19 with 1 MPI<br>
> process<br>
> See <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a><br>
> lid velocity = 0.0016, prandtl # = 1, grashof # = 1<br>
> [0]PETSC ERROR:<br>
> ------------------------------------------------------------------------<br>
> [0]PETSC ERROR: Caught signal number 11 SEGV: Segmentation Violation,<br>
> probably memory access out of range<br>
> [0]PETSC ERROR: Try option -start_in_debugger or -on_error_attach_debugger<br>
> [0]PETSC ERROR: or see<br>
> <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind[0]PETSC" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind[0]PETSC</a> ERROR:<br>
> or try <a href="http://valgrind.org" target="_blank">http://valgrind.org</a> on GNU/linux and Apple Mac OS X to find memory<br>
> corruption errors<br>
> [0]PETSC ERROR: configure using --with-debugging=yes, recompile, link, and<br>
> run<br>
> [0]PETSC ERROR: to get more information on the crash.<br>
> [0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message<br>
> ------------------------------------<br>
> [0]PETSC ERROR: Signal received!<br>
> [0]PETSC ERROR:<br>
> ------------------------------------------------------------------------<br>
> [0]PETSC ERROR: Petsc Development GIT revision:<br>
> 58e0e1d1cef173c8daf844a24cdc569afb7a2817  GIT Date: 2013-12-11 15:53:51<br>
> -0600<br>
> [0]PETSC ERROR: See docs/changes/index.html for recent updates.<br>
> [0]PETSC ERROR: See docs/faq.html for hints about trouble shooting.<br>
> [0]PETSC ERROR: See docs/index.html for manual pages.<br>
> [0]PETSC ERROR:<br>
> ------------------------------------------------------------------------<br>
> [0]PETSC ERROR: ./ex19 on a gnu-opt named <a href="http://lan.iihr.uiowa.edu" target="_blank">lan.iihr.uiowa.edu</a> by augspurger<br>
> Thu Dec 12 10:48:23 2013<br>
> [0]PETSC ERROR: Libraries linked from<br>
> /home/augspurger/NumericalLibraries/petsc/gnu-opt/lib<br>
> [0]PETSC ERROR: Configure run at Thu Dec 12 10:46:20 2013<br>
> [0]PETSC ERROR: Configure options --with-cc=gcc --with-cxx=g++<br>
> --with-fc=gfortran --download-openmpi --download-metis --download-parmetis<br>
> --download-f-blas-lapack --download-cmake=1 --download-scalapack<br>
> --download-mumps --download-superlu_dist -with-debugging=0 COPTFLAGS=-O2<br>
> FOPTFLAGS=-O2<br>
> [0]PETSC ERROR:<br>
> ------------------------------------------------------------------------<br>
> [0]PETSC ERROR: User provided function() line 0 in  unknown file<br>
> --------------------------------------------------------------------------<br>
> MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communicator MPI_COMM_WORLD<br>
> with errorcode 59.<br>
><br>
> NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes.<br>
> You may or may not see output from other processes, depending on<br>
> exactly when Open MPI kills them.<br>
> --------------------------------------------------------------------------<br>
> --------------------------------------------------------------------------<br>
> mpiexec has exited due to process rank 0 with PID 26691 on<br>
> node <a href="http://lan.iihr.uiowa.edu" target="_blank">lan.iihr.uiowa.edu</a> exiting improperly. There are two reasons this<br>
> could occur:<br>
><br>
> 1. this process did not call "init" before exiting, but others in<br>
> the job did. This can cause a job to hang indefinitely while it waits<br>
> for all processes to call "init". By rule, if one process calls "init",<br>
> then ALL processes must call "init" prior to termination.<br>
><br>
> 2. this process called "init", but exited without calling "finalize".<br>
> By rule, all processes that call "init" MUST call "finalize" prior to<br>
> exiting or it will be considered an "abnormal termination"<br>
><br>
> This may have caused other processes in the application to be<br>
> terminated by signals sent by mpiexec (as reported here).<br>
> --------------------------------------------------------------------------<br>
> Possible error running C/C++ src/snes/examples/tutorials/ex19 with 2 MPI<br>
> processes<br>
> See <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a><br>
> lid velocity = 0.0016, prandtl # = 1, grashof # = 1<br>
> [0]PETSC ERROR:<br>
> ------------------------------------------------------------------------<br>
> [0]PETSC ERROR: Caught signal number 11 SEGV: Segmentation Violation,<br>
> probably memory access out of range<br>
> [0]PETSC ERROR: Try option -start_in_debugger or -on_error_attach_debugger<br>
> [1]PETSC ERROR: [0]PETSC ERROR: or see<br>
> <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind[0]PETSC" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind[0]PETSC</a> ERROR:<br>
> or try <a href="http://valgrind.org" target="_blank">http://valgrind.org</a> on GNU/linux and Apple Mac OS X to find memory<br>
> corruption errors<br>
> [0]PETSC ERROR: configure using --with-debugging=yes, recompile, link, and<br>
> run<br>
> [0]PETSC ERROR: to get more information on the crash.<br>
> [0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message<br>
> ------------------------------------<br>
> [0]PETSC ERROR: Signal received!<br>
> [0]PETSC ERROR:<br>
> ------------------------------------------------------------------------<br>
> [0]PETSC ERROR: Petsc Development GIT revision:<br>
> 58e0e1d1cef173c8daf844a24cdc569afb7a2817  GIT Date: 2013-12-11 15:53:51<br>
> -0600<br>
> [0]PETSC ERROR: See docs/changes/index.html for recent updates.<br>
> [0]PETSC ERROR: See docs/faq.html for hints about trouble shooting.<br>
> [0]PETSC ERROR: See docs/index.html for manual pages.<br>
> [0]PETSC ERROR:<br>
> ------------------------------------------------------------------------<br>
> [0]PETSC ERROR: ./ex19 on a gnu-opt named <a href="http://lan.iihr.uiowa.edu" target="_blank">lan.iihr.uiowa.edu</a> by augspurger<br>
> Thu Dec 12 10:48:24 2013<br>
> [0]PETSC ERROR: Libraries linked from<br>
> /home/augspurger/NumericalLibraries/petsc/gnu-opt/lib<br>
> [0]PETSC ERROR: Configure run at Thu Dec 12 10:46:20 2013<br>
> [0]PETSC ERROR: Configure options --with-cc=gcc --with-cxx=g++<br>
> --with-fc=gfortran --download-openmpi --download-metis --download-parmetis<br>
> --download-f-blas-lapack --download-cmake=1 --download-scalapack<br>
> --download-mumps --download-superlu_dist -with-debugging=0 COPTFLAGS=-O2<br>
> FOPTFLAGS=-O2<br>
> [0]PETSC ERROR:<br>
> ------------------------------------------------------------------------<br>
> [0]PETSC ERROR: User provided function() line 0 in  unknown file<br>
> ------------------------------------------------------------------------<br>
> [1]PETSC ERROR: Caught signal number 11 SEGV: Segmentation Violation,<br>
> probably memory access out of range<br>
> --------------------------------------------------------------------------<br>
> MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communicator MPI_COMM_WORLD<br>
> with errorcode 59.<br>
><br>
> NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes.<br>
> You may or may not see output from other processes, depending on<br>
> exactly when Open MPI kills them.<br>
> --------------------------------------------------------------------------<br>
> [1]PETSC ERROR: Try option -start_in_debugger or -on_error_attach_debugger<br>
> [1]PETSC ERROR: or see<br>
> <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind[1]PETSC" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind[1]PETSC</a> ERROR:<br>
> or try <a href="http://valgrind.org" target="_blank">http://valgrind.org</a> on GNU/linux and Apple Mac OS X to find memory<br>
> corruption errors<br>
> [1]PETSC ERROR: configure using --with-debugging=yes, recompile, link, and<br>
> run<br>
> [1]PETSC ERROR: to get more information on the crash.<br>
> [1]PETSC ERROR: --------------------- Error Message<br>
> ------------------------------------<br>
> [1]PETSC ERROR: Signal received!<br>
> [1]PETSC ERROR:<br>
> ------------------------------------------------------------------------<br>
> [1]PETSC ERROR: Petsc Development GIT revision:<br>
> 58e0e1d1cef173c8daf844a24cdc569afb7a2817  GIT Date: 2013-12-11 15:53:51<br>
> -0600<br>
> [1]PETSC ERROR: See docs/changes/index.html for recent updates.<br>
> [1]PETSC ERROR: See docs/faq.html for hints about trouble shooting.<br>
> [1]PETSC ERROR: See docs/index.html for manual pages.<br>
> [1]PETSC ERROR:<br>
> ------------------------------------------------------------------------<br>
> [1]PETSC ERROR: ./ex19 on a gnu-opt named <a href="http://lan.iihr.uiowa.edu" target="_blank">lan.iihr.uiowa.edu</a> by augspurger<br>
> Thu Dec 12 10:48:24 2013<br>
> [1]PETSC ERROR: Libraries linked from<br>
> /home/augspurger/NumericalLibraries/petsc/gnu-opt/lib<br>
> [1]PETSC ERROR: Configure run at Thu Dec 12 10:46:20 2013<br>
> [1]PETSC ERROR: Configure options --with-cc=gcc --with-cxx=g++<br>
> --with-fc=gfortran --download-openmpi --download-metis --download-parmetis<br>
> --download-f-blas-lapack --download-cmake=1 --download-scalapack<br>
> --download-mumps --download-superlu_dist -with-debugging=0 COPTFLAGS=-O2<br>
> FOPTFLAGS=-O2<br>
> [1]PETSC ERROR:<br>
> ------------------------------------------------------------------------<br>
> [1]PETSC ERROR: User provided function() line 0 in  unknown file<br>
> [1]PETSC ERROR:<br>
> ------------------------------------------------------------------------<br>
> [1]PETSC ERROR: Caught signal number 15 Terminate: Some process (or the<br>
> batch system) has told this process to end<br>
> [1]PETSC ERROR: Try option -start_in_debugger or -on_error_attach_debugger<br>
> [1]PETSC ERROR: or see<br>
> <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind[1]PETSC" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind[1]PETSC</a> ERROR:<br>
> or try <a href="http://valgrind.org" target="_blank">http://valgrind.org</a> on GNU/linux and Apple Mac OS X to find memory<br>
> corruption errors<br>
> [1]PETSC ERROR: configure using --with-debugging=yes, recompile, link, and<br>
> run<br>
> [1]PETSC ERROR: to get more information on the crash.<br>
> [1]PETSC ERROR: --------------------- Error Message<br>
> ------------------------------------<br>
> [1]PETSC ERROR: Signal received!<br>
> [1]PETSC ERROR:<br>
> ------------------------------------------------------------------------<br>
> [1]PETSC ERROR: Petsc Development GIT revision:<br>
> 58e0e1d1cef173c8daf844a24cdc569afb7a2817  GIT Date: 2013-12-11 15:53:51<br>
> -0600<br>
> [1]PETSC ERROR: See docs/changes/index.html for recent updates.<br>
> [1]PETSC ERROR: See docs/faq.html for hints about trouble shooting.<br>
> [1]PETSC ERROR: See docs/index.html for manual pages.<br>
> [1]PETSC ERROR:<br>
> ------------------------------------------------------------------------<br>
> [1]PETSC ERROR: ./ex19 on a gnu-opt named <a href="http://lan.iihr.uiowa.edu" target="_blank">lan.iihr.uiowa.edu</a> by augspurger<br>
> Thu Dec 12 10:48:24 2013<br>
> [1]PETSC ERROR: Libraries linked from<br>
> /home/augspurger/NumericalLibraries/petsc/gnu-opt/lib<br>
> [1]PETSC ERROR: Configure run at Thu Dec 12 10:46:20 2013<br>
> [1]PETSC ERROR: Configure options --with-cc=gcc --with-cxx=g++<br>
> --with-fc=gfortran --download-openmpi --download-metis --download-parmetis<br>
> --download-f-blas-lapack --download-cmake=1 --download-scalapack<br>
> --download-mumps --download-superlu_dist -with-debugging=0 COPTFLAGS=-O2<br>
> FOPTFLAGS=-O2<br>
> [1]PETSC ERROR:<br>
> ------------------------------------------------------------------------<br>
> [1]PETSC ERROR: User provided function() line 0 in  unknown file<br>
> --------------------------------------------------------------------------<br>
> mpiexec has exited due to process rank 0 with PID 26695 on<br>
> node <a href="http://lan.iihr.uiowa.edu" target="_blank">lan.iihr.uiowa.edu</a> exiting improperly. There are two reasons this<br>
> could occur:<br>
><br>
> 1. this process did not call "init" before exiting, but others in<br>
> the job did. This can cause a job to hang indefinitely while it waits<br>
> for all processes to call "init". By rule, if one process calls "init",<br>
> then ALL processes must call "init" prior to termination.<br>
><br>
> 2. this process called "init", but exited without calling "finalize".<br>
> By rule, all processes that call "init" MUST call "finalize" prior to<br>
> exiting or it will be considered an "abnormal termination"<br>
><br>
> This may have caused other processes in the application to be<br>
> terminated by signals sent by mpiexec (as reported here).<br>
> --------------------------------------------------------------------------<br>
> [<a href="http://lan.iihr.uiowa.edu:26694" target="_blank">lan.iihr.uiowa.edu:26694</a>] 1 more process has sent help message<br>
> help-mpi-api.txt / mpi-abort<br>
> [<a href="http://lan.iihr.uiowa.edu:26694" target="_blank">lan.iihr.uiowa.edu:26694</a>] Set MCA parameter "orte_base_help_aggregate" to<br>
> 0 to see all help / error messages<br>
> Fortran example src/snes/examples/tutorials/ex5f run successfully with 1<br>
> MPI process<br>
> Completed test examples<br>
><br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>