<div dir="ltr"><div>Hi Jed,<br></div><div><br></div><div>I tried the MatConvert updated version, (from MPIAdj type to MPIAij type) but it seems still slow as before.</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">
Anyway, don't worry to much. I abandoned the idea of the conversion.</div><div class="gmail_extra">I am forming the adjacency matrix directly in MPI AIJ format, so I don't have to do the conversion.</div><div class="gmail_extra">
I also realised that the Dual Graph is formed in parallel (in the current PFLOTRAN implementation), so I can't use the <span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">MatMatTransposeMult (which works only for sequential matrix).</span></div>
<div class="gmail_extra"><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></span></div><div class="gmail_extra"><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">I will use instead MatCreatTranspose and MAtMatMult, then filtering the resulting matrix row by row and from the DualGraph.</span></div>
<div class="gmail_extra"><font face="arial, sans-serif">It will require more memory, but it should work. Do you see any problem with this?</font></div><div class="gmail_extra"><font face="arial, sans-serif"><br></font></div>
<div class="gmail_extra"><font face="arial, sans-serif">Paolo</font></div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Nov 15, 2013 at 10:07 PM, Jed Brown <span dir="ltr"><<a href="mailto:jedbrown@mcs.anl.gov" target="_blank">jedbrown@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div class=""><div class="h5">Jed Brown <<a href="mailto:jedbrown@mcs.anl.gov">jedbrown@mcs.anl.gov</a>> writes:<br>

<br>
> Jed Brown <<a href="mailto:jedbrown@mcs.anl.gov">jedbrown@mcs.anl.gov</a>> writes:<br>
>> Thanks for the reminder, I forgot that we were missing a specialized<br>
>> function.  What I recommended should work and be fast with 'next'.  Can<br>
>> you try that?<br>
><br>
> Hang on, I messed something up.  Will fix and reply here.<br>
<br>
</div></div>Okay, done.  Please check it out in 'next'.<br>
<br>
<a href="https://bitbucket.org/petsc/petsc/wiki/Home#markdown-header-following-petsc-development" target="_blank">https://bitbucket.org/petsc/petsc/wiki/Home#markdown-header-following-petsc-development</a><br>
</blockquote></div><br></div></div>