<div dir="ltr"><div><div><div>Hey Jed,<br></div><div><br>The overhead is big.<br></div><div>Here are some numbers I generated which prompted Matt's email.<br></div><br></div><div>All the total run times reported are almost entirely associated with matrix assembly.<br>
</div><div>
All builds used --with-debugging=yes<br></div><br></div>Time (sec):           6.285e+00 [petsc v3.2]<br><div>Time (sec):           1.966e+02 [petsc v3.4]<br></div><div>Time (sec):           8.960e+00 [petsc v3.4 with a hacked checkptr.c which skips the checking]<br>
<br>Calls to MatSetValue  5955066 <br>Calls to MatSetValues 11910132 <br><br></div><div><div>[0] MatAssemblyEnd_SeqAIJ(): Matrix size: 13473 X 13473; storage space: 0 unneeded,1359333 used<br>[0] MatAssemblyEnd_SeqAIJ(): Number of mallocs during MatSetValues() is 0<br>

[0] MatAssemblyEnd_SeqAIJ(): Maximum nonzeros in any row is 226<br><br></div><div>Cheers,<br></div><div>  Dave<br></div></div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 11 September 2013 15:51, Jed Brown <span dir="ltr"><<a href="mailto:jedbrown@mcs.anl.gov" target="_blank">jedbrown@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><p dir="ltr">What about a run-time option to enable it?</p>
<p dir="ltr">What is the actual overhead for an application that calls MatSetValues with fine granularity?</p><div class="HOEnZb"><div class="h5">
<div class="gmail_quote">On Sep 11, 2013 6:13 AM, "Matthew Knepley" <<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>> wrote:<br type="attribution"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

<div dir="ltr">The new CheckPointer() is 1000s of times slower than the previous. We may want to have a configure option to disable it.<div><br></div><div>I am not convinced, since the only function that it really matters for is MatSetValues(), which is a problematic interface function.</div>


<div><br></div><div>   Matt<br clear="all"><div><br></div>-- <br>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>


-- Norbert Wiener
</div></div>
</blockquote></div>
</div></div></blockquote></div><br></div>