Hey Satish,<br><br>Everything seems to be working fine with HDF5 bindings for Fortran now. I'll let you guys know if I run into any other problems!<br><br>-Chris<br><br><div class="gmail_quote">On Thu, May 30, 2013 at 1:43 PM, Satish Balay <span dir="ltr"><<a href="mailto:balay@mcs.anl.gov" target="_blank">balay@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">I pused the fix in the branch balay/hdf5-ftnbinding. But since this is<br>
off 'maint/3.4' - you can do the following to use it with petsc-dev.<br>
<br>
# checkout origin/master in detached mode - so that it can be discarded later<br>
git fetch origin<br>
git checkout origin/master<br>
git merge origin/balay/hdf5-ftnbinding<br>
make allfortranstubs<br>
make<br>
<br>
Let us know if it works.<br>
<br>
thanks,<br>
Satish<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
 On Thu, 30 May 2013, Satish Balay wrote:<br>
<br>
> On Thu, 30 May 2013, Satish Balay wrote:<br>
><br>
> > Looks like we need custom bindings for<br>
> > PetscErrorCode  PetscViewerHDF5PushGroup(PetscViewer viewer, const char *name)<br>
> > PetscErrorCode  PetscViewerHDF5GetGroup(PetscViewer viewer, const char **name)<br>
> ><br>
> > Will take a look.<br>
> ><br>
> > Fortran bindings don't make sense for these two?<br>
> > PetscErrorCode  PetscViewerHDF5Open(MPI_Comm comm, const char name[], PetscFileMode type, PetscViewer *hdf5v)<br>
> I see we already have a  custom binding for this one<br>
><br>
> Satish<br>
><br>
> > PetscErrorCode  PetscViewerHDF5GetFileId(PetscViewer viewer, hid_t *file_id)<br>
> ><br>
> > Satish<br>
> ><br>
> > On Wed, 29 May 2013, Barry Smith wrote:<br>
> ><br>
> > ><br>
> > >    Satish,<br>
> > ><br>
> > >      Please branch off of maint and get them all into the next patch (as well as master) if Jed hasn't done this.<br>
> > ><br>
> > >    Barry<br>
> > ><br>
> > > On May 29, 2013, at 3:29 PM, Jed Brown <<a href="mailto:jedbrown@mcs.anl.gov">jedbrown@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br>
> > ><br>
> > > > Chris Eldred <<a href="mailto:chris.eldred@gmail.com">chris.eldred@gmail.com</a>> writes:<br>
> > > ><br>
> > > >> I am having issues getting the HDF5 Viewer to work with Fortran 90.<br>
> > > >> Specifically, I get the following types of errors when attempting to link<br>
> > > >> my executable together:<br>
> > > >><br>
> > > >> /home/user/Dropbox/NTM/SIEVETEST/OPERATOR/src/output.f90:664: undefined<br>
> > > >> reference to `petscviewerhdf5settimestep_'<br>
> > > >> /home/user/Dropbox/NTM/SIEVETEST/OPERATOR/src/output.f90:668: undefined<br>
> > > >> reference to `petscviewerhdf5pushgroup_'<br>
> > > >> /home/user/Dropbox/NTM/SIEVETEST/OPERATOR/src/output.f90:675: undefined<br>
> > > >> reference to `petscviewerhdf5popgroup_'<br>
> > > >><br>
> > > >> It seems like the Fortran interfaces for the HDF5-specific viewer functions<br>
> > > >> are not present (there are no issues with the other viewer functions).<br>
> > > ><br>
> > > > Yes, PetscViewerHDF5PushGroup() needs a custom binding.  The others can<br>
> > > > be auto-generated.<br>
> > ><br>
> > ><br>
> ><br>
> ><br>
><br>
><br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Chris Eldred<br>DOE Computational Science Graduate Fellow<br>Graduate Student, Atmospheric Science, Colorado State University<br>B.S. Applied Computational Physics, Carnegie Mellon University, 2009<br>
<a href="mailto:chris.eldred@gmail.com" target="_blank">chris.eldred@gmail.com</a> / <a href="mailto:celdred@atmos.colostate.edu" target="_blank">celdred@atmos.colostate.edu</a>