<div dir="ltr">On Wed, Apr 10, 2013 at 7:53 PM, Satish Balay <span dir="ltr"><<a href="mailto:balay@mcs.anl.gov" target="_blank">balay@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">How do we handle these packages with complicated dependencies [they<br>
are complicated as petsc dependencies?]<br>
<br>
In this report hdf5 was built with szip-2.1 and zlib-1.2.7. So how<br>
does petsc configure automatically detect this?<br>
<br>
And I've recently used the following for hdf5/necddf5 on fusion [with<br>
the extra implicit depenceny of hdf5 on zlib, and netcdf5 on hdf5 from<br>
within configure]<br>
<br>
    '--with-hdf5-lib=-L/soft/hdf5/1.8.6-parallel/lib -lhdf5_hl -lhdf5 -lgpfs',<br>
<br>
    '--with-netcdf-lib=-L/soft/netcdf/4.1.1-parallel/lib -lnetcdff -lnetcdf -L/usr/kerberos/lib64 -lcurl -ldl -lgssapi_krb5 -lkrb5 -lk5crypto -lcom_err -lidn -lssl -lcrypto -lz',<br>
<br>
Yeah - things work if the user knows the dependencies and the link<br>
command for those dependencies - and specify it to petsc configure as<br>
above. But I'm not sure how to autodetect this.<br>
<br>
Also currently -lz is handled in package.py with<br>
'self.needsCompression' similar to 'self.needsMath' with the detection<br>
of -lz in libraires.py:checkCompression() - but one can't specify a<br>
--with-zlib-lib option this way. I guess this part can be fixed by<br>
migrating it a standalone package z.py. [And somehow handle the<br>
optional part of this dependency for hdf5]</blockquote><div><br></div><div style>We already have a mechanism for this. Lots of packages depend on other packages. This is</div><div style>just screwed up in the case of libz because someone (maybe me) did not want to write an</div>
<div style>entire package file for it, and instead copped out with the needsCompression.</div><div style><br></div><div style>    Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
Satish<br>
</font></span><div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
On Wed, 10 Apr 2013, Barry Smith wrote:<br>
<br>
><br>
>   Shouldn't this be fixed by now in PETSc-dev?<br>
><br>
><br>
><br>
> Begin forwarded message:<br>
><br>
> > From: Satish Balay <<a href="mailto:balay@mcs.anl.gov">balay@mcs.anl.gov</a>><br>
> > Subject: Re: [petsc-users] cannot find 'libz.a' when configuring<br>
> > Date: April 10, 2013 5:21:38 PM CDT<br>
> > To: PETSc users list <<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov">petsc-users@mcs.anl.gov</a>><br>
> > Reply-To: PETSc users list <<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov">petsc-users@mcs.anl.gov</a>><br>
> ><br>
> > try using configure option LIBS="-L/opt/zlib-1.2.7/lib -lz'<br>
> ><br>
> > Satish<br>
> ><br>
> > On Wed, 10 Apr 2013, Seungbum Koo wrote:<br>
> ><br>
> >> Hi. I tried to add hdf5 when configuring. HDF5-1.8.9 is currently installed<br>
> >> with szip-2.1 and zlib-1.2.7.<br>
> >><br>
> >> It stops with message<br>
> >><br>
> >> *******************************************************************************<br>
> >>         UNABLE to CONFIGURE with GIVEN OPTIONS    (see configure.log for<br>
> >> details):<br>
> >> -------------------------------------------------------------------------------<br>
> >> Compression library [libz.a or equivalent] not found<br>
> >> *******************************************************************************<br>
> >><br>
> >> What I don't understand is that 'libz.a' file exists in<br>
> >> '/opt/zlib-1.2.7/lib'. What should I do?<br>
> >><br>
> >> Seungbum<br>
> >><br>
> ><br>
><br>
><br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>
-- Norbert Wiener
</div></div>