<div dir="ltr">On Thu, Apr 11, 2013 at 9:17 AM, Satish Balay <span dir="ltr"><<a href="mailto:balay@mcs.anl.gov" target="_blank">balay@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">On Thu, 11 Apr 2013, Matthew Knepley wrote:<br>
<br>
> On Wed, Apr 10, 2013 at 7:53 PM, Satish Balay <<a href="mailto:balay@mcs.anl.gov">balay@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br>
><br>
> > How do we handle these packages with complicated dependencies [they<br>
> > are complicated as petsc dependencies?]<br>
> ><br>
> > In this report hdf5 was built with szip-2.1 and zlib-1.2.7. So how<br>
> > does petsc configure automatically detect this?<br>
> ><br>
> > And I've recently used the following for hdf5/necddf5 on fusion [with<br>
> > the extra implicit depenceny of hdf5 on zlib, and netcdf5 on hdf5 from<br>
> > within configure]<br>
> ><br>
> >     '--with-hdf5-lib=-L/soft/hdf5/1.8.6-parallel/lib -lhdf5_hl -lhdf5<br>
> > -lgpfs',<br>
> ><br>
> >     '--with-netcdf-lib=-L/soft/netcdf/4.1.1-parallel/lib -lnetcdff<br>
> > -lnetcdf -L/usr/kerberos/lib64 -lcurl -ldl -lgssapi_krb5 -lkrb5 -lk5crypto<br>
> > -lcom_err -lidn -lssl -lcrypto -lz',<br>
> ><br>
> > Yeah - things work if the user knows the dependencies and the link<br>
> > command for those dependencies - and specify it to petsc configure as<br>
> > above. But I'm not sure how to autodetect this.<br>
> ><br>
> > Also currently -lz is handled in package.py with<br>
> > 'self.needsCompression' similar to 'self.needsMath' with the detection<br>
> > of -lz in libraires.py:checkCompression() - but one can't specify a<br>
> > --with-zlib-lib option this way. I guess this part can be fixed by<br>
> > migrating it a standalone package z.py. [And somehow handle the<br>
> > optional part of this dependency for hdf5]<br>
><br>
><br>
> We already have a mechanism for this. Lots of packages depend on<br>
> other packages. This is just screwed up in the case of libz because<br>
> someone (maybe me) did not want to write an entire package file for<br>
> it, and instead copped out with the needsCompression.<br>
<br>
Currently we handle 'mandatory' dependencies properly - and optional<br>
>depencencies for --download-pakcage somewhat - but not for<br>
--with-package-dir<br>
<br>
For hdf5 - handling just zlib.py is not sufficient. Do we add szip.py,<br>
zlib.py, gpfs.py [and perhaps more] for hdf5? And somehow use these as<br>
optionaly when testing for user provided --with-hdf5? Which package<br>
currently implements this usage [to check for this optionaly<br>
dependency - and give the correct error]?<br>
<br>
i.e In this case - when the user specified --with-hdf5-dir option. We<br>
had to print an error.:<br>
 * please provide --with-zlib-dir and --with-szip-dir options.<br>
[For a different user - with the same usage - there would be no error]<br>
<br>
For netcdf above one would have kerbros.py, curl.py and perhaps more?</blockquote><div><br></div><div style>We have had this same discussion a million times, and we always eventually</div><div style>get to the same answer and forget. Do we need our own error message for petsc-dev?</div>
<div style><br></div><div style>We cannot possibly guess everything that can go wrong. What we need is a system</div><div style>where the user can specify what he actually wants and we check it. So, zlib and</div><div style>
everything else are optional dependencies for hdf5. If something is not specified, it</div><div style>fails, and the user goes back and specifies the right thing.</div><div style><br></div><div style>   Matt</div><div> </div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
Satish<br>
</font></span></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>
-- Norbert Wiener
</div></div>