<div dir="ltr">Here's a possible system that might be attainable. I probably won't implement in the near future. Maybe I'll get lucky and the wiki authors will fix the quirks. ;-) <br><br>Basic idea is to have man pages generated from source code roughly as now, but "user's manual" stored as a wiki. The wiki source can be in the repository for convenient batch editing. Here are a couple example pages from a nicely-done project wiki that you can clone (git clone <a href="https://github.com/snowplow/snowplow.wiki">https://github.com/snowplow/snowplow.wiki</a>):<div>
<br></div><div><a href="https://github.com/snowplow/snowplow/wiki/Technical-architecture" target="_blank">https://github.com/snowplow/snowplow/wiki/Technical-architecture</a></div><div><a href="https://github.com/snowplow/snowplow/wiki/SnowPlow-setup-guide">https://github.com/snowplow/snowplow/wiki/SnowPlow-setup-guide</a><br>

<br>This wiki system (named "gollum") is nice because it supports many markup dialects, stores all its data in a normal repository, supports mathjax, is open source (MIT license), and is hackable.<br><br>Exporting as an attractive PDF is possible with MediaWiki (e.g., download the PDF for <a href="http://en.wikibooks.org/wiki/LaTeX">http://en.wikibooks.org/wiki/LaTeX</a>), but MediaWiki isn't backed by a versioned repository so you can't edit it offline. Gollum claims that it would be easy to write a PDF exporter as a plugin; I don't know if anyone has yet.<br>
<br>Now we want cross-references between source documentation and wiki. The forward direction can be implemented as an input filter (e.g., translating "[[Manual Section]]" appearing in source man pages to use the link keyword). Probably the nicest way to do the reverse would be to dynamically translate "wiki" URLs to display man pages. I'd have to look more closely to see if that would be implementable using a plugin or if it would need to modify the base system. Best would be to teach the wiki about doxygen-style autolinks (similar to PETSc, SomeFunction(), #ENUM_VALUE, ::SomeTypedef) so that natural text would produce those links.<br>
<br>Finally, doxygen can do references with \cite{} and BibTeX. MediaWiki also has a BibTeX extension (<a href="http://www.mediawiki.org/wiki/Extension:Bibtex">http://www.mediawiki.org/wiki/Extension:Bibtex</a>).</div></div>