I'm bringing a bunch of the old TS ones into this millennium as we speak.  I'm trying to keep them instructive and as I go I can report on duplications or ones that are nonworking or inappropriate as examples.<br><br>
Maybe we should create a complementary directory to tests and examples that makes clear that it's experimental.  That way we'd have a place we could push cool things that we're working with while not creating a swamp for new users to get stuck in. <br>
<br>- Peter<br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Sep 20, 2012 at 5:56 PM, Barry Smith <span dir="ltr"><<a href="mailto:bsmith@mcs.anl.gov" target="_blank">bsmith@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<br>
  A hodgepodge of ok and bad nonlinear and ODE examples.  I've tried to remove the most duplicative and irrelevant methods.<br>
<br>
   I'm trying to think of how we can organize and present these in a good way beginning users, presently it is just a swamp that people wander into.<br>
<br>
   Barry<br>
<br>
Barrys-MacBook-Pro:tutorials barrysmith$ grep help *.c | grep static | sed s/ex//g | sort -n<br>
1.c:static char help[] = "Newton's method for a two-variable system, sequential.\n\n";<br>
2.c:static char help[] = "Newton method to solve u'' + u^{2} = f, sequentially.\n\<br>
3.c:static char help[] = "Newton methods to solve u'' + u^{2} = f in parallel.\n\<br>
4.c:static char help[] = "Solves the Lane-Emden equation in a 2D rectangular\n\<br>
5.c:static char help[] = "Bratu nonlinear PDE in 2d.\n\<br>
5aspin.c:static char help[] = "Bratu nonlinear PDE in 2d.\n\<br>
5s.c:static char help[] = "2d Bratu problem in shared memory parallel with SNES.\n\<br>
7.c:static char help[] = "Solves the Stokes equation in a 2D rectangular\n\<br>
8.c:static char help[] = "Solves the Bratu equation in a 2D rectangular\n\<br>
9.c:static const char help[] = "Solves obstacle problem in 2D as a variational inequality.\n\<br>
10.c:static const char help[] = "Uses analytic Jacobians to solve individual problems and a coupled problem.\n\n";<br>
12.c:static char help[] = "Bratu nonlinear PDE in 2d.\n\<br>
14.c:static char help[] = "Bratu nonlinear PDE in 3d.\n\<br>
15.c:static const char help[] = "p-Bratu nonlinear PDE in 2d.\n\<br>
18.c:static char help[] ="Nonlinear Radiative Transport PDE with multigrid in 2d.\n\<br>
19.c:static char help[] = "Nonlinear driven cavity with multigrid in 2d.\n\<br>
20.c:static char help[] ="Nonlinear Radiative Transport PDE with multigrid in 3d.\n\<br>
21.c:static const char help[] = "Solves PDE optimization problem using full-space method, treats state and adjoint variables separately.\n\n";<br>
22.c:static const char help[] = "Solves PDE optimization problem using full-space method, interlaces state and adjoint variables.\n\n";<br>
25.c:static const char help[] ="Minimum surface problem in 2D.\n\<br>
28.c:static const char help[] = "1D multiphysics prototype with analytic Jacobians to solve individual problems and a coupled problem.\n\n";<br>
30.c:static const char help[] = "Steady-state 2D subduction flow, pressure and temperature solver.\n\<br>
31.c:static char help[] = "Stokes Problem in 2d and 3d with simplicial finite elements.\n\<br>
33.c:static char help[] = "Multiphase flow in a porous medium in 1d.\n\n";<br>
35.c:static const char help[] = "-Laplacian u = b as a nonlinear problem.\n\n";<br>
42.c:static char help[] = "Newton's method to solve a two-variable system that comes from the Rosenbrock function.\n\n";<br>
43.c:static char help[] = "Newton's method to solve a many-variable system that comes from the 2 variable Rosenbrock function + trivial.\n\n";<br>
46.c:static char help[] = "Surface processes in geophysics.\n\n";<br>
48.c:static const char help[] = "Toy hydrostatic ice flow with multigrid in 3D.\n\<br>
52.c:static const char help[] = "Testbed for FEM operations on the GPU.\n\n";<br>
53.c:static const char help[] = "Read linear variational inequality from file and solve it.\n\n";<br>
54.c:static char help[] = "Cahn-Hilliard-2d problem for constant mobility and triangular elements.\n\<br>
55.c:static char help[] = "Allen-Cahn-2d problem for constant mobility and triangular elements.\n\<br>
56.c:static char help[] = "Stokes Problem in 2d and 3d with simplicial finite elements.\n\<br>
57.c:static char help[] = "Stokes Problem in 2d and 3d with hahedral finite elements.\n\<br>
58.c:static const char help[] = "Parallel version of the minimum surface area problem in 2D using DMDA.\n\<br>
59.c:static const char help[] = "Tries to solve u`` + u^{2} = f for an easy case and an impossible case.\n\n";<br>
60.c:static char help[] = "2D coupled Allen-Cahn and Cahn-Hilliard equation for constant mobility and triangular elements.\n\<br>
61.c:static char help[] = "2D coupled Allen-Cahn and Cahn-Hilliard equation for constant mobility and triangular elements. Use periodic boundary condidtions.\n\<br>
61gen.c:static char help[] = "Generates random numbers for radioactive events for 61.c.\n ./61gen [-random_seed <int>] \n";<br>
61view.c:static const char help[] = "Loads data generated by 61 and VTK file suitable for Paraview or Visit.\n\n";<br>
62.c:static char help[] = "Stokes Problem in 2d and 3d with simplicial finite elements.\n\<br>
63.c:static char help[] = "1D coupled Allen-Cahn and Cahn-Hilliard equation for degenerate mobility and triangular elements.\n\<br>
64.c:static char help[] = "1D coupled Allen-Cahn and Cahn-Hilliard equation for constant mobility. Only c_v and eta are considered.\n\<br>
65.c:static char help[] = "2D coupled Allen-Cahn and Cahn-Hilliard equation for constant mobility. Only c_v and eta are considered.\n\<br>
67.c:static char help[] = "Simple test for using advanced discretizations with DMDA\n\n\n";<br>
70.c:static char help[] = "Poiseuille flow problem. Viscous, laminar flow in a 2D channel with parabolic velocity\n\<br>
72.c:static char help[] = "Stokes Problem in 2d and 3d with hhedral finite elements.\n\<br>
633D_DB.c:static char help[] = "3D coupled Allen-Cahn and Cahn-Hilliard equation for degenerate mobility and triangular elements.\n\<br>
653D.c:static char help[] = "3D coupled Allen-Cahn and Cahn-Hilliard equation for constant mobility. Only c_v and eta are considered.\n\<br>
<br>
Barrys-MacBook-Pro:tutorials barrysmith$ grep help *.c | grep static | sed s/ex//g | sort -n<br>
1.c:static char help[] ="Solves the time independent Bratu problem using pseudo-timestepping.";<br>
2.c:static char help[] ="Solves a time-dependent nonlinear PDE. Uses implicit\n\<br>
3.c:static char help[] ="Solves a simple time-dependent linear PDE (the heat equation).\n\<br>
4.c:static char help[] ="Solves a simple time-dependent linear PDE (the heat equation).\n\<br>
5.c:static char help[] ="Solves a simple time-dependent linear PDE (the heat equation).\n\<br>
6.c:static char help[] ="Solves a simple time-dependent linear PDE (the heat equation).\n\<br>
7.c:static char help[] = "Nonlinear, time-dependent PDE in 2d.\n";<br>
8.c:static char help[] = "Nonlinear DAE benchmark problems.\n";<br>
9.c:static const char help[] = "1D periodic Finite Volume solver in slope-limiter form with semidiscrete time stepping.\n"<br>
10.c:static const char help[] = "1D nonequilibrium radiation diffusion with Saha ionization model.\n\n";<br>
12.c:static char help[] = "Nonlinear, time-dependent PDE in 2d.\n";<br>
13.c:static char help[] = "Time-dependent PDE in 2d. Simplified from 7.c for illustrating how to use TS on a structured domain. \n";<br>
14.c:static const char help[] = "Toy hydrostatic ice flow with multigrid in 3D.\n\<br>
15.c:static char help[] = "Time-dependent PDE in 2d. Modified from 13.c for illustrating how to solve DAEs. \n";<br>
16.c:static char help[] = "Solves the van der Pol equation.\n\<br>
17.c:static const char help[] = "Time-dependent PDE in 1d. Simplified from 15.c for illustrating how to solve DAEs. \n";<br>
18.c:static const char help[] = "Isogeometric analysis of isothermal Navier-Stokes-Korteweg in 2D.";<br>
19.c:static char help[] = "Solves the van der Pol DAE.\n\<br>
20.c:static char help[] = "Solves the van der Pol equation.\n\<br>
21.c:static char help[] ="Solves a time-dependent nonlinear PDE with lower and upper bounds on the interior grid points. Uses implicit\n\<br>
22.c:static const char help[] = "Time-dependent advection-reaction PDE in 1d, demonstrates IMEX methods.\n";<br>
23.c:static char help[] = "Cahn-Hilliard-2d problem for constant mobility and triangular elements.\n\<br>
24.c:static char help[] = "Pseudotransient continuation to solve a many-variable system that comes from the 2 variable Rosenbrock function + trivial.\n\n";<br>
25.c:static const char help[] = "Time-dependent Brusselator reaction-diffusion PDE in 1d. Demonstrates IMEX methods.\n";<br>
26.c:static char help[] = "Transient nonlinear driven cavity in 2d.\n\<br>
26aspin.c:static char help[] = "Transient nonlinear driven cavity in 2d using ASPIN.\n\n";<br>
27.c:static char help[] = "Time-Dependent Reactive Flow ample in 2D with Darcy Flow";<br>
<br>
<br>
</blockquote></div><br>