Jed,<div><br></div><div>I have made the current interface slightly more general by only requiring the usage of the build directory header files in the case that a user has used Sean's TLS patch:</div><div><a href="https://github.com/poulson/Clique/blob/master/CMakeLists.txt#L48">https://github.com/poulson/Clique/blob/master/CMakeLists.txt#L48</a></div>
<div><br></div><div>Since there are clearly at least _some_ patches required for (Par)MeTiS, I propose that PETSc standardize on one (which can hopefully incorporate my additions for nodal bisection, though I assume that you will want to change the routine names to something other than CliqBisect and CliqParallelBisect).</div>
<div><br></div><div>Jack<br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Aug 31, 2012 at 2:35 PM, Jack Poulson <span dir="ltr"><<a href="mailto:jack.poulson@gmail.com" target="_blank">jack.poulson@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Jed,<div><br></div><div>I completely agree that it is a nightmare. All that I want is (parallel) nodal bisection. Right now, the best solution is to create two trivial source files:</div>
<div><a href="https://github.com/poulson/Clique/blob/master/src/parmetis/ParallelBisect.c" target="_blank">https://github.com/poulson/Clique/blob/master/src/parmetis/ParallelBisect.c</a></div>
<div><a href="https://github.com/poulson/Clique/blob/master/src/metis/Bisect.c" target="_blank">https://github.com/poulson/Clique/blob/master/src/metis/Bisect.c</a></div><div>which I removed them from the ParMeTiS source tree upon request.</div>

<div><br></div><div>It seems that, given the nightmare of forcing the user to provide me with the directory containing their ParMeTiS thread-local support configuration file, that I should just modify the symbol names of the ParMeTiS routines which I include with Clique. This should fix all of the problems.</div>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888">
<div><br></div></font></span><div><span class="HOEnZb"><font color="#888888">Jack</font></span><div><div class="h5"><br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Aug 31, 2012 at 2:28 PM, Jed Brown <span dir="ltr"><<a href="mailto:jedbrown@mcs.anl.gov" target="_blank">jedbrown@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<p>Jack, this bundling strategy is a distribution nightmare. Suppose that some other package "X" independent of clique also bundles Elemental. How does an application (or another library) use both X and clique?</p>

<div><div>

<div class="gmail_quote">On Aug 31, 2012 1:49 PM, "Satish Balay" <<a href="mailto:balay@mcs.anl.gov" target="_blank">balay@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br type="attribution"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">


Should have cc:d to petsc-dev<br>
<br>
context:<br>
<br>
clique packages metis,parmetis,elemental sources in a single bundle.<br>
So we were attempting to build them separately [from petsc configure].<br>
<br>
Jack has extensions to metis and parmetis functionality - thats used<br>
in clique. We tried to split this out into separate -lparmetis-addons<br>
library [using parmetis public includes] so that our current<br>
-lparmetis could be used.  But this doesn't work as it needs parmetis<br>
private includes.<br>
<br>
So looks like we'll have to add these extensions to the metis/parmetis<br>
tarballs we distribute [and have common metis/parmetis sources<br>
available for both petsc an clique]<br>
<br>
Satish<br>
<br>
On Fri, 31 Aug 2012, Satish Balay wrote:<br>
<br>
> On Fri, 31 Aug 2012, Satish Balay wrote:<br>
><br>
> > On Fri, 31 Aug 2012, Jack Poulson wrote:<br>
> ><br>
> > > > Also does clique also build elemental? Can we split it up aswell with<br>
> > > > MANUAL_ELEMENTAL, ELEMENTAL_INCLUDE_DIR, ELEMENTAL_LIBS options?<br>
> > > ><br>
> > > ><br>
> > > I will take care of all of these issues as soon as I get a chance. Clique<br>
> > > does currently build Elemental (it sits in external/elemental). If both<br>
> > > Clique and Elemental are both to be used in the same package, I would think<br>
> > > it would make sense to just install Clique and use its version of<br>
> > > Elemental. Is there a problem with this approach? It ensures compatibility.<br>
> ><br>
> > I'll have to check this - but 2 ways of building the same thing is not<br>
> > easy in petsc build tools. Esp when we provide --with-elemental-dir<br>
> > option to configure.<br>
> ><br>
> > Sure we'll have to make sure the compatible elemental,clique are<br>
> > installed - when both are installed by petsc [or by user]<br>
><br>
> Jack,<br>
><br>
> [I'm having to add the flag BUILD_PARMETIS=0.] But now I get:<br>
><br>
> cd /home/balay/spetsc/externalpackages/clique/arch-clique/src/parmetis && /usr/lib64/ccache/gcc   -Wall -Wwrite-strings -Wno-strict-aliasing -Wno-unknown-pragmas -g3 -fno-inline -O0 -I/home/balay/spetsc/externalpackages/clique/arch-clique/external/elemental/include -I/home/balay/soft/linux64/mpich2-1.1/include -I/home/balay/spetsc/arch-clique/include -I/home/balay/spetsc/externalpackages/clique/external/parmetis/include -I/home/balay/spetsc/externalpackages/clique/external/parmetis/libparmetis -I/home/balay/spetsc/externalpackages/clique/external/parmetis/metis/GKlib -I/home/balay/spetsc/externalpackages/clique/external/parmetis/metis/include    -o CMakeFiles/parmetis-addons.dir/ParallelBisect.c.o   -c /home/balay/spetsc/externalpackages/clique/src/parmetis/ParallelBisect.c<br>



> /home/balay/spetsc/externalpackages/clique/src/parmetis/ParallelBisect.c:5:25: fatal error: parmetislib.h: No such file or directory<br>
><br>
> Looks like this code needs parmetis private includes. So the current<br>
> stratergy [of splitting into -lparmetis-addons] isn't working.<br>
><br>
> Perhaps we'll have to use a single patched metis/parmetis tarball for<br>
> both petsc and clique afterall..<br>
><br>
> Satish<br>
><br>
<br>
</blockquote></div>
</div></div></blockquote></div><br></div></div></div>
</blockquote></div><br></div>