On Thu, Aug 23, 2012 at 12:26 PM, Chris Eldred <span dir="ltr"><<a href="mailto:chris.eldred@gmail.com" target="_blank">chris.eldred@gmail.com</a>></span> wrote:<br><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Yes- I am implementing the TriSK scheme<br>
(<a href="http://www.mmm.ucar.edu/people/skamarock/Ringler_et_al_JCP_2009.pdf" target="_blank">www.mmm.ucar.edu/people/skamarock/Ringler_et_al_JCP_2009.pdf</a>) on<br>
arbitrary Voronoi meshes. In order to do wind/flux reconstruction at<br>
the cell edges, it needs to know about the edges of adjacent cells-<br>
which are outside of closure(p) U star(p).</blockquote><div><br></div><div>Great! Stuff that cannot be done with that structured crap. However, from quickly looking at</div><div>the paper, there is nothing beyond the neighbors, so we can reuse the code from</div>
<div>Jacobian preallocation. If you could tell me exactly what adjacency you need, we might be</div><div>able to do it even more simply.</div><div><br></div><div>   Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div class="HOEnZb"><div class="h5">
On Thu, Aug 23, 2012 at 11:16 AM, Jed Brown <<a href="mailto:jedbrown@mcs.anl.gov">jedbrown@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br>
> On Thu, Aug 23, 2012 at 12:12 PM, Chris Eldred <<a href="mailto:chris.eldred@gmail.com">chris.eldred@gmail.com</a>><br>
> wrote:<br>
>><br>
>> Thanks- that helps a lot. If I need stencils that are larger than<br>
>> closure(p) U star(p) (for a higher-order finite difference method, for<br>
>> example), I assume that I need to create my own PetscSF's that<br>
>> describe which points need to be ghosted?<br>
><br>
><br>
> Is this still a fully unstructured method? The Sieve formalism doesn't give<br>
> you a very efficient way to do this for structured or semi-structured grids.<br>
><br>
> Even so, if wider stencils are to be supported, I think it should be<br>
> implemented within the library. Doing it outside with the current<br>
> infrastructure is going to be quite a rabbit hole.<br>
><br>
>><br>
>> Is there some documentation or example code that explains the theory<br>
>> behind star forests?<br>
><br>
><br>
> Docs for the basic operations:<br>
><br>
> <a href="http://59A2.org/files/StarForest.pdf" target="_blank">http://59A2.org/files/StarForest.pdf</a><br>
<br>
<br>
<br>
</div></div><div class="HOEnZb"><div class="h5">--<br>
Chris Eldred<br>
DOE Computational Science Graduate Fellow<br>
Graduate Student, Atmospheric Science, Colorado State University<br>
B.S. Applied Computational Physics, Carnegie Mellon University, 2009<br>
<a href="mailto:chris.eldred@gmail.com">chris.eldred@gmail.com</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>
-- Norbert Wiener<br>