On Thu, Aug 23, 2012 at 1:42 PM, Chris Eldred <span dir="ltr"><<a href="mailto:chris.eldred@gmail.com" target="_blank">chris.eldred@gmail.com</a>></span> wrote:<br><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
I need the adjacency relations discussed in my other post- the only<br>
one that is not part of closure(p) U star(p) is: U<br>
cone(support(edge)). Given an edge p, I need all of the edges that<br>
cover the same cell as edge p.</blockquote><div><br></div><div>Okay, then for parallelism, I think you need nothing more than the SF we get</div><div>from Jacobian preallocation.</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div>
<br></div><div>     Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="HOEnZb"><div class="h5">
On Thu, Aug 23, 2012 at 12:17 PM, Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com">knepley@gmail.com</a>> wrote:<br>
> On Thu, Aug 23, 2012 at 12:26 PM, Chris Eldred <<a href="mailto:chris.eldred@gmail.com">chris.eldred@gmail.com</a>><br>
> wrote:<br>
>><br>
>> Yes- I am implementing the TriSK scheme<br>
>> (<a href="http://www.mmm.ucar.edu/people/skamarock/Ringler_et_al_JCP_2009.pdf" target="_blank">www.mmm.ucar.edu/people/skamarock/Ringler_et_al_JCP_2009.pdf</a>) on<br>
>> arbitrary Voronoi meshes. In order to do wind/flux reconstruction at<br>
>> the cell edges, it needs to know about the edges of adjacent cells-<br>
>> which are outside of closure(p) U star(p).<br>
><br>
><br>
> Great! Stuff that cannot be done with that structured crap. However, from<br>
> quickly looking at<br>
> the paper, there is nothing beyond the neighbors, so we can reuse the code<br>
> from<br>
> Jacobian preallocation. If you could tell me exactly what adjacency you<br>
> need, we might be<br>
> able to do it even more simply.<br>
><br>
>    Matt<br>
><br>
>><br>
>> On Thu, Aug 23, 2012 at 11:16 AM, Jed Brown <<a href="mailto:jedbrown@mcs.anl.gov">jedbrown@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br>
>> > On Thu, Aug 23, 2012 at 12:12 PM, Chris Eldred <<a href="mailto:chris.eldred@gmail.com">chris.eldred@gmail.com</a>><br>
>> > wrote:<br>
>> >><br>
>> >> Thanks- that helps a lot. If I need stencils that are larger than<br>
>> >> closure(p) U star(p) (for a higher-order finite difference method, for<br>
>> >> example), I assume that I need to create my own PetscSF's that<br>
>> >> describe which points need to be ghosted?<br>
>> ><br>
>> ><br>
>> > Is this still a fully unstructured method? The Sieve formalism doesn't<br>
>> > give<br>
>> > you a very efficient way to do this for structured or semi-structured<br>
>> > grids.<br>
>> ><br>
>> > Even so, if wider stencils are to be supported, I think it should be<br>
>> > implemented within the library. Doing it outside with the current<br>
>> > infrastructure is going to be quite a rabbit hole.<br>
>> ><br>
>> >><br>
>> >> Is there some documentation or example code that explains the theory<br>
>> >> behind star forests?<br>
>> ><br>
>> ><br>
>> > Docs for the basic operations:<br>
>> ><br>
>> > <a href="http://59A2.org/files/StarForest.pdf" target="_blank">http://59A2.org/files/StarForest.pdf</a><br>
>><br>
>><br>
>><br>
>> --<br>
>> Chris Eldred<br>
>> DOE Computational Science Graduate Fellow<br>
>> Graduate Student, Atmospheric Science, Colorado State University<br>
>> B.S. Applied Computational Physics, Carnegie Mellon University, 2009<br>
>> <a href="mailto:chris.eldred@gmail.com">chris.eldred@gmail.com</a><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
> --<br>
> What most experimenters take for granted before they begin their experiments<br>
> is infinitely more interesting than any results to which their experiments<br>
> lead.<br>
> -- Norbert Wiener<br>
<br>
<br>
<br>
--<br>
Chris Eldred<br>
DOE Computational Science Graduate Fellow<br>
Graduate Student, Atmospheric Science, Colorado State University<br>
B.S. Applied Computational Physics, Carnegie Mellon University, 2009<br>
<a href="mailto:chris.eldred@gmail.com">chris.eldred@gmail.com</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>
-- Norbert Wiener<br>