<div class="gmail_quote">On Tue, Apr 10, 2012 at 04:47, Alexander Grayver <span dir="ltr"><<a href="mailto:agrayver@gfz-potsdam.de">agrayver@gfz-potsdam.de</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Barry,<br>
<br>
Well, this is not easy to apply bisection here since "good" petsc-dev had bugs that I patched manually (including Intel MKL BLAS incompatibility) and only after that I was able to run solver successfully. "Bad" petsc-dev has all these issues patched and names of some routines have been changed as well (MatCreateXXX)... However TFQMR doesn't work at all for any system I tried.<br>

<br>
Unfortunately, the shortest time gap between "good" and "bad" I can give so far is:<br>
<br>
HG revision: a4dae06b4d05ef5b78a9a9aa2cbc31<u></u>b2b158834f HG Date: Wed Feb 08 11:29:52 2012 -0600 --- GOOD<br>
HG revision: 59ca71b85d784abbe22f12c34ffcb2<u></u>ccc6dc68b0 HG Date: Tue Mar 20 01:05:13 2012 -0500 --- BAD<br>
<br>
I tested them like that:<br>
./ex10 -f A.dat -rhs RHS.dat -ksp_type tfqmr -pc_type sor -ksp_monitor_true_residual -ksp_max_it 500<br>
<br>
  95 KSP preconditioned resid norm 2.117351054162e-18 true resid norm 1.981564630346e-15 ||r(i)||/||b|| 3.893342156134e-05   ---- GOOD<br>
<br>
500 KSP preconditioned resid norm 3.000274090666e-13 true resid norm 4.577554424627e-11 ||r(i)||/||b|| 8.993895702653e-01   ---- BAD<br></blockquote><div><br></div><div><div>$ ./ex10 -f ~/dl/A.dat -rhs ~/dl/RHS.dat -ksp_type tfqmr -pc_type sor -ksp_monitor_true_residual</div>
<div>[0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message ------------------------------------</div><div>[0]PETSC ERROR: Arguments are incompatible!</div><div>[0]PETSC ERROR: Zero diagonal on row 44!</div><div>[0]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------</div>
<div>[0]PETSC ERROR: Petsc Development HG revision: 21fb71e3b67102b07ab64b3779f68e8719c17739  HG Date: Mon Mar 19 08:24:25 2012 -0500</div><div>[0]PETSC ERROR: See docs/changes/index.html for recent updates.</div><div>[0]PETSC ERROR: See docs/faq.html for hints about trouble shooting.</div>
<div>[0]PETSC ERROR: See docs/index.html for manual pages.</div><div>[0]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------</div><div>[0]PETSC ERROR: ./ex10 on a mpich named batura by jed Tue Apr 10 07:09:45 2012</div>
<div>[0]PETSC ERROR: Libraries linked from /home/jed/petsc/mpich/lib</div><div>[0]PETSC ERROR: Configure run at Mon Mar 19 09:50:34 2012</div><div>[0]PETSC ERROR: Configure options --download-ams --download-blacs --download-chaco --download-hypre --download-metis --download-ml --download-parmetis --download-spai --download-spooles --download-sundials --download-superlu --download-superlu_dist --download-triangle --with-blas-lapack=/usr --with-c2html --with-cholmod-dir=/usr --with-lgrind --with-mpi-dir=/opt/mpich2 --with-pcbddc --with-pthreadclasses --with-shared-libraries --with-single-library=0 --with-sowing --with-umfpack-dir=/usr --with-x -PETSC_ARCH=mpich</div>
<div>[0]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------</div><div>[0]PETSC ERROR: MatInvertDiagonal_SeqAIJ() line 1315 in /home/jed/petsc/src/mat/impls/aij/seq/aij.c</div><div>[0]PETSC ERROR: MatSOR_SeqAIJ() line 1348 in /home/jed/petsc/src/mat/impls/aij/seq/aij.c</div>
<div>[0]PETSC ERROR: MatSOR() line 3671 in /home/jed/petsc/src/mat/interface/matrix.c</div><div>[0]PETSC ERROR: PCApply_SOR() line 35 in /home/jed/petsc/src/ksp/pc/impls/sor/sor.c</div><div>[0]PETSC ERROR: PCApply() line 384 in /home/jed/petsc/src/ksp/pc/interface/precon.c</div>
<div>[0]PETSC ERROR: KSPInitialResidual() line 64 in /home/jed/petsc/src/ksp/ksp/interface/itres.c</div><div>[0]PETSC ERROR: KSPSolve_TFQMR() line 41 in /home/jed/petsc/src/ksp/ksp/impls/tfqmr/tfqmr.c</div><div>[0]PETSC ERROR: KSPSolve() line 434 in /home/jed/petsc/src/ksp/ksp/interface/itfunc.c</div>
<div>[0]PETSC ERROR: main() line 327 in src/ksp/ksp/examples/tutorials/ex10.c</div><div>application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 0</div></div><div><br></div><div>There is no space allocated at (44,44); note that counting is 0-based. This consistency check has been in PETSc for many years, so I don't know why you didn't trip it in earlier runs. Do you have some options in PETSC_OPTIONS or .petscrc?</div>
<div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<br>
If it is of any help files are here:<br>
<a href="http://dl.dropbox.com/u/60982984/A.dat" target="_blank">http://dl.dropbox.com/u/<u></u>60982984/A.dat</a><br>
<a href="http://dl.dropbox.com/u/60982984/RHS.dat" target="_blank">http://dl.dropbox.com/u/<u></u>60982984/RHS.dat</a><br>
<br>
Is this possible to look up changes in one file only?</blockquote><div><br></div><div>$ hg log src/ksp/ksp/impls/tfqmr/</div><div><br></div><div>But the problem was clearly not in that file.</div></div>