<div class="gmail_quote">On Wed, Nov 30, 2011 at 13:38, Barry Smith <span dir="ltr"><<a href="mailto:bsmith@mcs.anl.gov">bsmith@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
Jed if you know how to do efficient Cholesky with nd ordering using the sbaij data structure that would be a great addition to PETSc but I think it is likely impossible.</blockquote></div><br><div>You can build the column-oriented indices or just make a copy. I don't know what CHOLMOD and MUMPS do, but even a full copy followed by factorization in the new natural ordering isn't going to be a big deal. We wouldn't need iterative solvers at all if direct solvers had a fill factor of order one.</div>