<p>Does make -C $PETSC_ARCH clean fix the problem. I don't know what caused this in the first place. I'd rather not always have reconfigure clean because it usually means needless compiling. I guess normal make clean should clean the CMake part as well...</p>

<div class="gmail_quote">On Sep 23, 2011 5:23 PM, "Barry Smith" <<a href="mailto:bsmith@mcs.anl.gov">bsmith@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br type="attribution">> <br>>   Jed,<br>> <br>>   Please see the error below. What is the approved way to recover from something incomprehensible to me like this? Shouldn't a reconfigure clean up all possible dangers?<br>
> <br>>     Thanks<br>> <br>>    Barry<br>> <br>> <br>> <br>> barry-smiths-macbook-pro:petsc-dev barrysmith$ ./arch-gnu/conf/reconfigure-arch-gnu.py<br>> ===============================================================================<br>
>              Configuring PETSc to compile on your system                       <br>> ===============================================================================<br>> TESTING: alternateConfigureLibrary from PETSc.packages.mpi4py(config/PETSc/packages/mpi4py.py:49)                       Compilers:<br>
>   C Compiler:         /Users/barrysmith/Src/petsc-dev/arch-gnu/bin/mpicc  -Wall -Wwrite-strings -Wno-strict-aliasing -Wno-unknown-pragmas -g3 <br>>   CUDA Compiler:      nvcc  -g <br>>   Fortran Compiler:   /Users/barrysmith/Src/petsc-dev/arch-gnu/bin/mpif90   -Wall -Wno-unused-variable -Wno-unused-dummy-argument -g <br>
> Linkers:<br>>   Static linker:   /usr/bin/ar cr<br>>   Dynamic linker:   /Users/barrysmith/Src/petsc-dev/arch-gnu/bin/mpicc  -dynamiclib -single_module -undefined dynamic_lookup -multiply_defined suppress  -Wall -Wwrite-strings -Wno-strict-aliasing -Wno-unknown-pragmas -g3<br>
> MPI:<br>>   Includes: -I/Users/barrysmith/Src/petsc-dev/arch-gnu/include<br>> X11:<br>>   Includes: <br>>   Library:  -L/usr/X11R6/lib -lX11<br>> BLAS/LAPACK: -llapack -lblas<br>> c2html:<br>> pthread:<br>
> sowing:<br>> valgrind:<br>>   Includes: -I/opt/local/include<br>> PETSc:<br>>   PETSC_ARCH: arch-gnu<br>>   PETSC_DIR: /Users/barrysmith/Src/petsc-dev<br>>   Clanguage: C<br>>   Scalar type: real<br>
>   Precision: double<br>>   Memory alignment: 16<br>>   shared libraries: disabled<br>>   dynamic loading: disabled<br>> xxx=========================================================================xxx<br>>  Configure stage complete. Now build PETSc libraries with (legacy build):<br>
>    make PETSC_DIR=/Users/barrysmith/Src/petsc-dev PETSC_ARCH=arch-gnu all<br>>  or (experimental with python):<br>>    PETSC_DIR=/Users/barrysmith/Src/petsc-dev PETSC_ARCH=arch-gnu ./config/builder.py<br>> xxx=========================================================================xxx<br>
> barry-smiths-macbook-pro:petsc-dev barrysmith$ make cmake<br>> make -j 2 -C /Users/barrysmith/Src/petsc-dev/arch-gnu<br>> Scanning dependencies of target petsc<br>> Error copying Fortran module "include/petscsys".  Tried "include/PETSCSYS.mod" and "include/petscsys.mod".<br>
> make[4]: *** [CMakeFiles/petsc.dir/src/sys/f90-mod/petscsysmod.F.o.provides.build] Error 1<br>> make[3]: *** [CMakeFiles/petsc.dir/src/sys/f90-mod/petscsysmod.F.o.provides] Error 2<br>> make[2]: *** [CMakeFiles/petsc.dir/all] Error 2<br>
> make[1]: *** [all] Error 2<br>> make: *** [cmake] Error 2<br>> <br>> <br></div>