Was the problem due to PARMETIS ordering? <br>Setting colperm = NATURAL may incur lots of fill-ins.<br>Also, I notice that the matrix is very small to ask to use 64 processors.<br><br>Sherry<br><br><br><div class="gmail_quote">
On Thu, Aug 25, 2011 at 10:46 AM, Hong Zhang <span dir="ltr"><<a href="mailto:hzhang@mcs.anl.gov">hzhang@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<div class="im">On Thu, Aug 25, 2011 at 12:45 PM, Gabriele Jost <<a href="mailto:gjost@tacc.utexas.edu">gjost@tacc.utexas.edu</a>> wrote:<br>
> Thanks Hong. I am not sure I can switch, don't see the module available at my site.<br>
> Can I use the flags you mentioned on the regular petsc 3.1?<br>
</div>Yes.<br>
<font color="#888888">Hong<br>
</font><div><div></div><div class="h5"><br>
> ________________________________________<br>
> From: <a href="mailto:petsc-dev-bounces@mcs.anl.gov">petsc-dev-bounces@mcs.anl.gov</a> [<a href="mailto:petsc-dev-bounces@mcs.anl.gov">petsc-dev-bounces@mcs.anl.gov</a>] on behalf of Hong Zhang [<a href="mailto:hzhang@mcs.anl.gov">hzhang@mcs.anl.gov</a>]<br>

> Sent: Thursday, August 25, 2011 10:33 AM<br>
> To: For users of the development version of PETSc<br>
> Cc: Victor Eijkhout<br>
> Subject: Re: [petsc-dev] KSP Viewer problem in petsc3.1<br>
><br>
> Can you switch to petsc-dev?<br>
> Quite few bugs have been fixed in petsc-dev and superlu_dist since petsc-3.1.<br>
> You may try '-mat_superlu_dist_equil no -mat_superlu_dist_colperm NATURAL'<br>
> first.<br>
><br>
> Hong<br>
><br>
> On Thu, Aug 25, 2011 at 11:19 AM, Satish Balay <<a href="mailto:balay@mcs.anl.gov">balay@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br>
>> Its a patch to petsc - its  already be the latest patched tarball - petsc-3.1-p8.tar.gz<br>
>> [attaching it]<br>
>><br>
>> Satish<br>
>><br>
>> On Thu, 25 Aug 2011, Gabriele Jost wrote:<br>
>><br>
>>> Hello!<br>
>>><br>
>>> I am running into a problem when using  petsc  3.1 and SuperLU.<br>
>>><br>
>>> KSP Object:<br>
>>>   type: preonly<br>
>>>   maximum iterations=5000, initial guess is zero<br>
>>>   tolerances:  relative=1e-06, absolute=1e-50, divergence=10000<br>
>>>   left preconditioning<br>
>>>   using PRECONDITIONED norm type for convergence test<br>
>>> PC Object:<br>
>>>   type: lu<br>
>>>     LU: out-of-place factorization<br>
>>>     tolerance for zero pivot 1e-12<br>
>>>     matrix ordering: natural<br>
>>>     factor fill ratio given 0, needed 0<br>
>>>       Factored matrix follows:<br>
>>>         Matrix Object:<br>
>>>           type=mpiaij, rows=13608, cols=13608<br>
>>>           package used to perform factorization: superlu_dist<br>
>>>           total: nonzeros=0, allocated nonzeros=27216<br>
>>>             SuperLU_DIST run parameters:<br>
>>>               Process grid nprow 8 x npcol 8<br>
>>>               Equilibrate matrix TRUE<br>
>>>               Matrix input mode 1<br>
>>>               Replace tiny pivots TRUE<br>
>>>               Use iterative refinement FALSE<br>
>>>               Processors in row 8 col partition 8<br>
>>>               Row permutation LargeDiag<br>
>>> [59]PETSC ERROR: --------------------- Error Message ------------------------------------<br>
>>> [60]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.1.0, Patch 5, Mon Sep 27 11:51:54 CDT 2010<br>
>>> [62]PETSC ERROR: [53]PETSC ERROR: Unknown column permutation!<br>
>>> See docs/changes/index.html for recent updates.<br>
>>><br>
>>><br>
>>> I googled around and found that a similar problem had been reported to the Petsc folks before. The answer was as follows:<br>
>>><br>
>>> On Wed, 15 Dec 2010, Satish Balay wrote:<br>
>>><br>
>>> > Can you try the attached patch - and see if this goes away?<br>
>>> ><br>
>>> > patch -Np1 < superlu_dist.patch<br>
>>> ><br>
>>><br>
>>><br>
>>> Is the patch above included in the SLU that is part of the petsc 3.1 distribution? If not, could we get it?<br>
>>><br>
>>> Thanks so much in advance and best regards,<br>
>>> Gabriele<br>
>>><br>
><br>
</div></div></blockquote></div><br>