On Sat, Jun 4, 2011 at 8:03 AM, Bobby Philip <span dir="ltr"><<a href="mailto:philipb@ornl.gov">philipb@ornl.gov</a>></span> wrote:<br><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
Barry:<br>
<br>
I heartily agree with all that you have said. Thanks for your suggestions. I do believe what you have suggested is the best both in the shorter and longer term. As a clarification on freezing the petsc-dev version, my suggestion was to freeze<br>

the version for a few months at a time as it reduces the burden on me on fixing frequent breakages.<br></blockquote><div><br></div><div>We don't have to bog down pflotran-dev with particulars, but can you characterize what breaks</div>
<div>most often for you, or what you find yourself doing most often for SAMRAI?</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>     Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">

Regards,<br>
Bobby<br>
<br>
<br>
><br>
>  Peter,<br>
><br>
>    In the mid to longer term we need to make sure that SAMRAI has more resources than a one man operation, so this is something that needs coverage in the next round of SciDAC.<br>
><br>
>    When dealing with tracking package changes I've found the best way is to track them continuously so each new issue (due to a change) gets fixed immediately rather than waiting until a bunch of stuff is broken before fixing it.  This way determining what change broke what, is much easier.  This means we should set up nightly tests of PETSc+SAMRAI+PFLOTRAN and deal with each issue the day after it breaks instead of weeks later. Probably Richard could set up such a test and have it send email to say Richard, Bobby and I each time a breakage occurs.<br>

><br>
><br>
>   Barry<br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
> On Jun 3, 2011, at 5:49 PM, Lichtner, Peter C wrote:<br>
><br>
>> Folks: we have a problem trying to integrate PFLOTRAN with PETSc and SAMRAI. The basic problem is that when PETSc is updated it often breaks SAMRAI in nontrivial ways. For PFLOTRAN itself the changes needed are usually minor to bring PFLOTRAN back in sync with PETSc. But this is not the case for SAMRAI. Bobby Philip, the lead on SAMRAI, does not have the resources to develop the PFLOTRAN implementation of SAMRAI and keep it up to date with changes in PETSc. The question is how to resolve this difficulty. We have expended a considerable effort in adding SAMRAI to PFLOTRAN and several directions of PFLOTRAN development rely on SAMRAI including applications to CO2 sequestration, the Hanford uranium plume, and a hybrid model using the lattice Boltzmann method at the pore scale coupled to the Darcy continuum scale with SAMRAI providing the bridge between the two scales. Bobby has suggested freezing the PETSc developer version used in PFLOTRAN. However, this would potentially limit the development of PFLOTRAN. An alternative approach is to create a separate branch of PFLOTRAN for use with SAMRAI. However, this would limit our ability to develop a hybrid model, not to mention causing difficulties down the road when the two branches are finally merged. Any thoughts, suggestions, comments, etc. appreciated on how we can best resolve this issue.<br>

>> Thanks, ...Peter<br>
>> <><><><><><><><><><><><><><><><><><><><><><br>
>> Peter C. Lichtner (<a href="mailto:lichtner@lanl.gov">lichtner@lanl.gov</a>)<br>
>> LANL EES-16: MS D469<br>
>> <a href="tel:%28505%29%20667-3420" value="+15056673420">(505) 667-3420</a> (o), 665-3285 (fax), 795-2881 (cell)<br>
>> Los Alamos National Laboratory<br>
>> SM-30 Bikini Atoll Road<br>
>> Los Alamos, NM 87545<br>
>> blockedhttp://<a href="http://www.ees.lanl.gov/pflotran/" target="_blank">www.ees.lanl.gov/pflotran/</a><br>
>> <><><><><><><><><><><><><><><><><><><><><><br>
>><br>
>><br>
>><br>
><br>
><br>
<br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener<br>