On Thu, Aug 12, 2010 at 4:10 PM, Barry Smith <span dir="ltr"><<a href="mailto:bsmith@mcs.anl.gov">bsmith@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
<div style="word-wrap:break-word"><div><br></div>  It claims "permute the matrix such that sparse matrix-vector multiplication</div></blockquote><div><br></div><div>Does anyone understand what this means? I understand cache-oblivious divide&conquer</div>
<div>where you just keep splitting until you are in cache (the original paper by Harald), but</div><div>what is meant here?</div><div><br></div><div>   Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
<div style="word-wrap:break-word"><blockquote type="cite"><div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin-top:0px;margin-right:0px;margin-bottom:0px;margin-left:0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204, 204, 204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">
<div style="word-wrap:break-word"><div>  is cache-oblivious," this would be a great feature to have it worked.</div></div></blockquote></div></div></blockquote><div><br></div><font color="#888888">   Barry</font><div>
<div></div><div class="h5"><div><br><br><div><div>On Aug 12, 2010, at 3:07 PM, Matthew Knepley wrote:</div><br><blockquote type="cite">Prob will not help that much over Metis for MatMult, but fill-reducing orderings<div>might be a big win for LU.</div>
<div><br></div><div>   Matt<br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Aug 12, 2010 at 1:38 PM, Barry Smith <span dir="ltr"><<a href="mailto:bsmith@mcs.anl.gov" target="_blank">bsmith@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin-top:0px;margin-right:0px;margin-bottom:0px;margin-left:0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204, 204, 204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">
<div><br></div><div>From: Bas Fagginger Auer <<a href="mailto:B.O.FaggingerAuer@uu.nl" target="_blank">B.O.FaggingerAuer@uu.nl</a>><br>
Date: Wed, 4 Aug 2010 15:02:44 +0200<br>Subject: Mondriaan 3.0 : Sparse Matrix Partitioning Package<br><br>Mondriaan 3.0: Sparse matrix partitioning package<br><br>We would like to announce the availability of version 3.0 of the<br>

Mondriaan package. Mondriaan can be used as a preprocessing tool<br>for large sparse matrix-vector multiplications. It subdivides the<br>nonzeros of the matrix into a desired number of parts and generates<br>a permutation of the matrix based on this subdivision.<br>

This subdivision and permutation can be used to<br>* minimise communication for sparse matrix-vector multiplication<br>  when the matrix is distributed among nodes of a large parallel<br>  system,<br>* permute the matrix such that sparse matrix-vector multiplication<br>

  is cache-oblivious,<br>* permute the matrix to reduce fill-in during LU decomposition.<br><br>Features of version 3.0:<br>* algorithms to permute the matrix to Separated Block Diagonal<br>  or Bordered Block Diagonal form,<br>

* improved finegrain quality,<br>* inclusion of the cut-net metric,<br>* Matlab and PaToH interfaces,<br>* visualisation of the partitioning process,<br>* Mondriaan is built as a separate library,<br>  facilitating inclusion in existing programs,<br>

* extensive documentation with examples and unit tests.<br><br>The package and related documentation can be obtained from:<br><a href="http://www.staff.science.uu.nl/~bisse101/Mondriaan/" target="_blank">http://www.staff.science.uu.nl/~bisse101/Mondriaan/</a><br>

<br>Mondriaan is written in C and distributed under the GNU LGPL license.<br><br>Rob Bisseling, Bas Fagginger Auer, Albert-Jan Yzelman<br>Dept. Mathematics<br>Utrecht University<br><a href="http://www.staff.science.uu.nl/~bisse101/" target="_blank">http://www.staff.science.uu.nl/~bisse101/</a><br>

</div><div><br></div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>

-- Norbert Wiener<br>
</div>
</blockquote></div><br></div></div></div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>
-- Norbert Wiener<br>