<div>I tried it, but it doesn't like mpirun. For example, </div>
<div>if I want to run </div>
<div>mpirun -np 2  pro.ex</div>
<div>then it would be</div>
<div>mpiexec -np 2 pro.ex</div>
<div>, right? thanks.</div>
<div> </div>
<div>David</div>
<div> </div>
<div class="gmail_quote">On Mon, Mar 22, 2010 at 5:58 PM, Satish Balay <span dir="ltr"><<a href="mailto:balay@mcs.anl.gov">balay@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br>
<blockquote style="BORDER-LEFT: #ccc 1px solid; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; PADDING-LEFT: 1ex" class="gmail_quote">As mentioned before - its 'mpiexec'<br>
<div>
<div></div>
<div class="h5"><br><br>Satish<br><br><br>On Mon, 22 Mar 2010, David sheehan wrote:<br><br>> The "bin" directory has the following files:<br>><br>> adiforfix.py           mpich2version     mpiexec.poe<br>
> parkill                        taucc.py<br>> adprocess.py       mpicxx               mpiexec.prun<br>> parseargs.py             TOPSGenerator.py<br>> chibaoutput          mpiexec             mpiexec.sshsync<br>
> petsc_libtool              TOPSInstaller.py<br>> configVars.py       mpiexec.chiba    mpiexec.uni<br>> petscmpiexec             update.py<br>> hostnames.chiba  mpiexec.gmalloc mpiexec.valgrind<br>> popup                         urlget<br>
> matlab                  mpiexec.lam      mpif77<br>> portabilitycheck.py      urlget.py<br>> mpicc                   mpiexec.llrun      mpif90<br>> processSummary.py    win32fe<br>> which one is "mpirun"? thanks.<br>
><br>> David<br>><br>> On Mon, Mar 22, 2010 at 5:44 PM, Satish Balay <<a href="mailto:balay@mcs.anl.gov">balay@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br>><br>> ><br>> > You should look for mpiexec. It will be in the 'bin' dir for the<br>
> > prefix used - i.ed /home/david/petscdir/bin/mpiexec<br>> ><br>> > Satish<br>> ><br>> ><br>> > On Mon, 22 Mar 2010, David sheehan wrote:<br>> ><br>> > > I build up petsc successfully as follows<br>
> > > ./configure --with-cc= --prefix=/home/david/petscdir --with-cc=gcc<br>> > > --with-cxx=g++ --with-fc=ifort --download-mpich=1 --download-hypre=1<br>> > > make<br>> > > make install<br>
> > > make test<br>> > ><br>> > > Also, I can link it with my application. Now I need to run my application<br>> > > with the petsc, where can I find "mpirun" for the mpich downloaded to run<br>
> > my<br>> > > application? thanks.<br>> > ><br>> > > David<br>> > ><br>> > ><br>> > ><br>> > > On Mon, Mar 22, 2010 at 4:45 PM, Satish Balay <<a href="mailto:balay@mcs.anl.gov">balay@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br>
> > ><br>> > > > You can't use 2 MPIs at same time. i.e use either --download-mpich=1<br>> > > > or --download-openmpi=1 - but not both.<br>> > > ><br>> > > > Satish<br>
> > > ><br>> > > > On Mon, 22 Mar 2010, David sheehan wrote:<br>> > > ><br>> > > > > You mean,<br>> > > > > ./configure --with-cc=gcc --with-cxx=g++ --with-fc=ifort<br>
> > > > --download-mpich=1<br>> > > > >  --download-hypre=1 --download-openmpi=1<br>> > > > > thanks.<br>> > > > ><br>> > > > > David<br>> > > > ><br>
> > > > > On Mon, Mar 22, 2010 at 3:58 PM, Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com">knepley@gmail.com</a>><br>> > > > wrote:<br>> > > > ><br>> > > > > > On Mon, Mar 22, 2010 at 3:54 PM, David sheehan <<br>
> > > > <a href="mailto:david.sheehanjr@gmail.com">david.sheehanjr@gmail.com</a>>wrote:<br>> > > > > ><br>> > > > > >> I don't have icc and icpc. I only have ifort and gnu compilers<br>
> > such<br>> > > > > >> g77,gcc<br>> > > > > >> and g++. Since my application code works very well with ifort, can<br>> > I<br>> > > > build<br>> > > > > >><br>
> > > > > >> up PETSC plus Hypre with ifort and gnu compilers? thanks.<br>> > > > > >><br>> > > > > ><br>> > > > > > It might be possible (though not guaranteed if ifort conflicts with<br>
> > GNU<br>> > > > > > somehow). You<br>> > > > > > jsut provide these compilers to the configure, and use<br>> > > > --download-openmpi.<br>> > > > > ><br>
> > > > > >    Matt<br>> > > > > ><br>> > > > > ><br>> > > > > >><br>> > > > > >> David<br>> > > > > >><br>
> > > > > >> On Mon, Mar 22, 2010 at 3:29 PM, Satish Balay <<a href="mailto:balay@mcs.anl.gov">balay@mcs.anl.gov</a>><br>> > > > wrote:<br>> > > > > >><br>> > > > > >>> If you have installation issues - send the relavent logs [in this<br>
> > > > case<br>> > > > > >>> configure.log] to petsc-maint.<br>> > > > > >>><br>> > > > > >>> Here you appear to try too many things.. But its not clear if you<br>
> > are<br>> > > > > >>> installing openmpi/lam yourself - or using default from Red Hat<br>> > 3.4.<br>> > > > > >>> [note - default openmpi will be built with gnu compilers - so<br>
> > > > > >>> unuseable from ifort].<br>> > > > > >>><br>> > > > > >>> Thing to do:<br>> > > > > >>><br>> > > > > >>> - decide on compilers you want to use.<br>
> > > > > >>> - build PETSc and mpi with these compilers<br>> > > > > >>><br>> > > > > >>> [for eg: configure CC=icc CXX=icpc FC=ifort --download-mpich=1<br>
> > > > > >>> --download-hypre=1]<br>> > > > > >>><br>> > > > > >>> Note: alternative f90 compilers seable on linux are gfortran, g95<br>> > > > > >>><br>
> > > > > >>> Satish<br>> > > > > >>><br>> > > > > >>> On Mon, 22 Mar 2010, David sheehan wrote:<br>> > > > > >>><br>> > > > > >>> > Hi,<br>
> > > > > >>> > I am trying to compile the PETSC with hypre. I have Intel<br>> > FORTRAN,<br>> > > > > >>> openmpi<br>> > > > > >>> > and  lam<br>
> > > > > >>> > MPI  (gcc version 3.4.6 (Red Hat 3.4.6-3)) available.<br>> > > > > >>> ><br>> > > > > >>> > Since my application code is in FORTRAN with dynamic memory<br>
> > > > allocation<br>> > > > > >>> in<br>> > > > > >>> > the code,<br>> > > > > >>> > so I have to use Intel FORTRAN(ifort) as the compiler to link<br>
> > PETSC<br>> > > > > >>> with my<br>> > > > > >>> > application<br>> > > > > >>> > code. I can build up PETSC(petsc-3.0.0-p11) plus hypre with Lam<br>
> > MPI<br>> > > > but<br>> > > > > >>> > without ifort<br>> > > > > >>> > successfully. However I can not use ifort to link the PETSC<br>> > with my<br>
> > > > > >>> > application success-<br>> > > > > >>> > fully. The link always shows erros about "undefined reference"<br>> > to<br>> > > > MPI<br>
> > > > > >>> parts<br>> > > > > >>> > in my application<br>> > > > > >>> > code such as 'mpi_send_', 'mpi_recv_', 'mpi_waitany_',<br>
> > > > > >>> 'mpi_get_count_',<br>> > > > > >>> > and etc.<br>> > > > > >>> ><br>> > > > > >>> > Can any one help me out? thanks in advance.<br>
> > > > > >>> ><br>> > > > > >>> > Best Regards,<br>> > > > > >>> ><br>> > > > > >>> > David<br>> > > > > >>> ><br>
> > > > > >>><br>> > > > > >>><br>> > > > > >><br>> > > > > ><br>> > > > > ><br>> > > > > > --<br>
> > > > > > What most experimenters take for granted before they begin their<br>> > > > > > experiments is infinitely more interesting than any results to<br>> > which<br>> > > > their<br>
> > > > > > experiments lead.<br>> > > > > > -- Norbert Wiener<br>> > > > > ><br>> > > > ><br>> > > ><br>> > > ><br>> > ><br>
> ><br>> ><br>><br><br></div></div></blockquote></div><br>