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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal">Hi<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">I am installing specific versions of netcdf and pnetcdf to run the model CESM2.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">I’ve hit a problem and would welcome your guidance please.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">CESM requests pnetcdf 1.8.1 which I had built and tested with no problem with OpenMPI10.1.1 and gnu compilers.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">However I then discovered that netcdf –c needs to be configured with enable-relax-coord-bound<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">After the configure and make steps, the test “make ptest” then fails at the first test.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Comparing the successful (without the enable-relax…) and that with -- enable-relax-coord-bound :<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">< *** TESTING C pres_temp_4D_wr for writing file ------ pass<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">< *** TESTING C pres_temp_4D_rd for reading file ------ pass<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">And with the enable-relax-coord-bound:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">> *** TESTING C pres_temp_4D_wr for writing file ------ Error: pres_temp_4D_wr.c at line 263: NetCDF: Index exceeds dimension bound<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">> Error: pres_temp_4D_wr.c at line 263: NetCDF: Index exceeds dimension bound<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">> Error: pres_temp_4D_wr.c at line 263: NetCDF: Index exceeds dimension bound<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">> Error: pres_temp_4D_wr.c at line 263: NetCDF: Index exceeds dimension bound<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">> Error: pres_temp_4D_wr.c at line 265: NetCDF: Index exceeds dimension bound<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">> Error: pres_temp_4D_wr.c at line 263: NetCDF: Index exceeds dimension bound<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">> Error: pres_temp_4D_wr.c at line 265: NetCDF: Index exceeds dimension bound<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">> Error: pres_temp_4D_wr.c at line 265: NetCDF: Index exceeds dimension bound<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">> Error: pres_temp_4D_wr.c at line 263: NetCDF: Index exceeds dimension bound<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">> Error: pres_temp_4D_wr.c at line 265: NetCDF: Index exceeds dimension bound<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">> Error: pres_temp_4D_wr.c at line 265: NetCDF: Index exceeds dimension bound<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">> Error: pres_temp_4D_wr.c at line 263: NetCDF: Index exceeds dimension bound<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">> Error: pres_temp_4D_wr.c at line 265: NetCDF: Index exceeds dimension bound<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">> Error: pres_temp_4D_wr.c at line 265: NetCDF: Index exceeds dimension bound<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">> Error: pres_temp_4D_wr.c at line 263: NetCDF: Index exceeds dimension bound<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">> Error: pres_temp_4D_wr.c at line 265: NetCDF: Index exceeds dimension bound<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">> fail with 16 mismatches<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Do I have to amend the test files or command in some way now I have used the enable.,.. option in configure?<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Apologies if this is documented – I have been unable to find it if so.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Thanks for your attention<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Mike<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">-------------------------------------------------------------------<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Dr Mike Mineter<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">School of GeoSciences<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">University of Edinburgh<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Crew Building (room 315)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">The King's Buildings<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Alexander Crum Brown Road<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Edinburgh<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">EH9 3FF<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">+44 (0) 131 651 9094<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
The University of Edinburgh is a charitable body, registered in Scotland, with registration number SC005336.
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