<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:'comic sans ms',sans-serif;color:rgb(56,118,29)">Hi Craig,</div><div class="gmail_default" style="font-family:'comic sans ms',sans-serif;color:rgb(56,118,29)"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:'comic sans ms',sans-serif;color:rgb(56,118,29)">In more recent version of wrf there is a pio option that should improve pnetcdf io performance.  Also in the pio distribution is a performance tool that can measure io performance based on the data decomposition you are using in wrf.  <a href="https://github.com/NCAR/ParallelIO">https://github.com/NCAR/ParallelIO</a></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Feb 12, 2016 at 3:34 PM, Craig Tierney - NOAA Affiliate <span dir="ltr"><<a href="mailto:craig.tierney@noaa.gov" target="_blank">craig.tierney@noaa.gov</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hello All,<div><br></div><div>I have a user complaining about poor IO performance from WRF when using pnetcdf 1.6.1.  While I am waiting on real data from the user, I want to test the filesystem and see what it does to determine if it is WRF or something else.  I found the list of benchmarks on the website, but there are many to choose from!  Can someone recommend a single benchmark I should try?</div><div><br></div><div>I have tried the BTIO pnetcdf benchmark.  What I see is that the Lustre ADIO is no faster than the NFS ADIO when using Intel 15.0.3 and Intel IMPI.  I have set the variables that Intel MPI requires (I_MPI_EXTRA_FILESYSTEM and I_MPI_EXTRA_FILESYSTEM_LIST) and the benchmark is reporting that it is using Lustre.  I am getting 60 MB/s whether I use 1, 4 or 16 cores.   I would expect the results to be faster.  I want to see if there is a better benchmark and if so how the result compares to BTIO.</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Craig</div></div>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div><div>Jim Edwards<br><br></div><font size="1">CESM Software Engineer<br></font></div><font size="1">National Center for Atmospheric Research<br></font></div><font size="1">Boulder, CO</font> <br></div></div>
</div>