<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:georgia,serif">Dear Wei</div><div class="gmail_default" style="font-family:georgia,serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:georgia,serif">Thanx for the reply. I ran the $CFLAGS command which displays the result-</div><div class="gmail_default" style="font-family:georgia,serif"><br></div><div class="gmail_default"><font face="georgia, serif">-O3 -xHost -axSSE4.2 -fPIC</font><br></div><div class="gmail_default"><font face="georgia, serif"><br></font></div><div class="gmail_default"><font face="georgia, serif">also I configured the parallel netcdf with the arguements suggested by you as-</font></div><div class="gmail_default"><font face="georgia, serif">./configure MPICC=mpiicc MPICXX=mpiicpc MPIF77=mpiifort MPIF90=mpiifort --prefix=$RLIB<br></font></div><div class="gmail_default"><font face="georgia, serif"><br></font></div><div class="gmail_default"><font face="georgia, serif">and while running make, I am getting the following error-</font></div><div class="gmail_default"><br></div><div class="gmail_default"><font face="georgia, serif"><div class="gmail_default">/opt/intel/impi/<a href="http://4.1.0.024/intel64/bin/mpiicpc">4.1.0.024/intel64/bin/mpiicpc</a> -c -O3 -xHost -axSSE4.2 -fPIC -I. -I. -I../lib -DHAVE_CONFIG_H  ncmpiType.cpp</div><div class="gmail_default">/opt/intel/impi/<a href="http://4.1.0.024/intel64/include/mpicxx.h(95)">4.1.0.024/intel64/include/mpicxx.h(95)</a>: catastrophic error: #error directive: "SEEK_SET is #defined but must not be for the C++ binding of MPI. Include mpi.h before stdio.h"</div><div class="gmail_default">  #error "SEEK_SET is #defined but must not be for the C++ binding of MPI. Include mpi.h before stdio.h"</div><div class="gmail_default"><br></div><div class="gmail_default">compilation aborted for ncmpiType.cpp (code 4)</div><div class="gmail_default">make[2]: *** [ncmpiType.o] Error 4</div><div class="gmail_default">make[2]: Leaving directory `/home/dkumar/RLIB/parallel-netcdf-1.6.1/src/libcxx'</div><div class="gmail_default">make[1]: *** [libcxx] Error 2</div><div class="gmail_default">make[1]: Leaving directory `/home/dkumar/RLIB/parallel-netcdf-1.6.1/src'</div><div class="gmail_default">make: *** [all] Error 2</div><div class="gmail_default"><br></div><div class="gmail_default">I am attaching the config.log file for your reference....Please have a look.</div><div class="gmail_default"><br></div><div class="gmail_default">Thanks </div><div class="gmail_default"><br></div><div class="gmail_default">Sincerely</div><div class="gmail_default">Dhirendra</div><div><br></div></font></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Jul 28, 2015 at 11:09 PM, Wei-keng Liao <span dir="ltr"><<a href="mailto:wkliao@eecs.northwestern.edu" target="_blank">wkliao@eecs.northwestern.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi, Dhirendra<br>
<br>
Could you also run this command that shows the environment CFLAGS in your settings?<br>
<br>
echo $CFLAGS<br>
<span class=""><br>
<br>
Wei-keng<br>
<br>
On Jul 28, 2015, at 6:43 AM, Dhirendra Kumar wrote:<br>
<br>
</span>> Dear All,<br>
><br>
> I am trying to compile parallel-netcdf-1.6.1 on a linux cluster. I have a preinstalled Intel MPI library and thus I have intel compilers wrapped as mpiicc, mpiicpc and mpiifort in the directory /opt/intel/impi/<a href="http://4.1.0.024/intel64/bin-" rel="noreferrer" target="_blank">4.1.0.024/intel64/bin-</a><br>
<span class="">><br>
> I have successfully installed the HDF5 library using the above compilers and I wish to build the netcdf-4.3.3.1 with parallel support. Before doing that as I came to know that I need to install the pnetcdf library so tried I with the following configure options-<br>
><br>
> ./configure CC=mpiicc CXX=mpiicpc FC=mpiifort --prefix=/export/home/dkumar/RLIB CPPFLAGS=-I/export/home/dkumar/RLIB/include LDFLAGS=-L/export/home/dkumar/RLIB/lib<br>
><br>
> and I am getting the following error:<br>
</span><span class="">> checking for mpicc... /opt/intel/impi/<a href="http://4.1.0.024/intel64/bin/mpicc" rel="noreferrer" target="_blank">4.1.0.024/intel64/bin/mpicc</a><br>
> checking for gcc... /opt/intel/impi/<a href="http://4.1.0.024/intel64/bin/mpicc" rel="noreferrer" target="_blank">4.1.0.024/intel64/bin/mpicc</a><br>
</span><span class="">> checking whether the C compiler works... no<br>
> configure: error: in `/home/dkumar/RLIB/parallel-netcdf-1.6.1':<br>
> configure: error: C compiler cannot create executables<br>
> See `config.log' for more details<br>
> configure: WARNING: cache variable ac_cv_env_FCFLAGS_value contains a newline<br>
><br>
> I am not able to figure out what went wrong, but I think the configure script could not identify the mpicc (i.e. mpiicc is not being used for compiling).<br>
><br>
> Any help would be appreciated. I am attaching the config.log file for the reference.<br>
><br>
> Regards<br>
> Dhirendra Kumar<br>
><br>
> --<br>
> ========================================<br>
> Dhirendra Kumar<br>
> UGC-JRF<br>
> School of Environmental Sciences, JNU<br>
> New Delhi (India)<br>
> Contact: +91 9910778043<br>
</span>> Alternate email: <a href="mailto:dhirendra.cub@outlook.com">dhirendra.cub@outlook.com</a><br>
> =========================================<br>
> <config.log><br>
<br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">========================================</div><div dir="ltr">Dhirendra Kumar<div>UGC-JRF <br></div><div>School of Environmental Sciences, JNU<br></div><div>New Delhi (India)</div><div>Contact: <font face="comic sans ms, sans-serif">+91 9910778043</font></div><div>Alternate email: <a href="mailto:dhirendra.cub@outlook.com" target="_blank">dhirendra.cub@outlook.com</a></div><div>=========================================</div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div>