<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:georgia,serif">Dear Rob,</div><div class="gmail_default" style="font-family:georgia,serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:georgia,serif">Thanx for the prompt reply..</div><div class="gmail_default" style="font-family:georgia,serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:georgia,serif">I also tried with</div><div class="gmail_default" style="font-family:georgia,serif">./configure CC=icc, CXX=icpc FC=ifort --prefix=$RLIB --with-mpi=/opt/intel/impi/<a href="http://4.1.0.024/intel64/">4.1.0.024/intel64/</a></div><div class="gmail_default" style="font-family:georgia,serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:georgia,serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:georgia,serif">I got one message while configure was being processed,</div><div class="gmail_default" style="font-family:georgia,serif"><br></div><div class="gmail_default"><div class="gmail_default" style="font-family:georgia,serif">checking whether /opt/intel/impi/<a href="http://4.1.0.024/intel64//bin/mpif77">4.1.0.024/intel64//bin/mpif77</a> accepts -g... no</div><div class="gmail_default" style="font-family:georgia,serif">checking for Fortran flag needed to accept free-form source... unknown</div><div class="gmail_default" style="font-family:georgia,serif">configure: WARNING: Fortran does not accept free-form source</div><div class="gmail_default" style="font-family:georgia,serif">configure: WARNING:</div><div class="gmail_default" style="font-family:georgia,serif">         ------------------------------------------------------------</div><div class="gmail_default" style="font-family:georgia,serif">           Either MPI Fortran 77 or 90 compiler is not working:</div><div class="gmail_default" style="font-family:georgia,serif">               "MPIF77 = /opt/intel/impi/<a href="http://4.1.0.024/intel64//bin/mpif77">4.1.0.024/intel64//bin/mpif77</a>"</div><div class="gmail_default" style="font-family:georgia,serif">               "MPIF90 = /opt/intel/impi/<a href="http://4.1.0.024/intel64//bin/mpif90">4.1.0.024/intel64//bin/mpif90</a>"</div><div class="gmail_default" style="font-family:georgia,serif">           Disable Fortran feature ...</div><div class="gmail_default" style="font-family:georgia,serif">         ------------------------------------------------------------</div><div style="font-family:georgia,serif">however configure completed successfully but the make command gave the error-</div><div style="font-family:georgia,serif"><br></div><div><div><font face="georgia, serif">/opt/intel/impi/<a href="http://4.1.0.024/intel64/include/mpicxx.h:95:2">4.1.0.024/intel64/include/mpicxx.h:95:2</a>: error: #error "SEEK_SET is #defined but must not be for the C++ binding of MPI. Include mpi.h before stdio.h"</font></div><div><font face="georgia, serif">/opt/intel/impi/<a href="http://4.1.0.024/intel64/include/mpicxx.h:99:2">4.1.0.024/intel64/include/mpicxx.h:99:2</a>: error: #error "SEEK_CUR is #defined but must not be for the C++ binding of MPI. Include mpi.h before stdio.h"</font></div><div><font face="georgia, serif">/opt/intel/impi/<a href="http://4.1.0.024/intel64/include/mpicxx.h:104:2">4.1.0.024/intel64/include/mpicxx.h:104:2</a>: error: #error "SEEK_END is #defined but must not be for the C++ binding of MPI. Include mpi.h before stdio.h"</font></div><div><font face="georgia, serif">make[2]: *** [ncmpiType.o] Error 1</font></div><div><font face="georgia, serif">make[2]: Leaving directory `/home/dkumar/RLIB/parallel-netcdf-1.6.1/src/libcxx'</font></div><div><font face="georgia, serif">make[1]: *** [libcxx] Error 2</font></div><div><font face="georgia, serif">make[1]: Leaving directory `/home/dkumar/RLIB/parallel-netcdf-1.6.1/src'</font></div><div><font face="georgia, serif">make: *** [all] Error 2</font></div></div><div style="font-family:georgia,serif"><br></div><div style="font-family:georgia,serif"><br></div><div style="font-family:georgia,serif">I am attaching the config.log file for your reference, please have a look.</div><div style="font-family:georgia,serif"><br></div><div style="font-family:georgia,serif">Thanks in anticipation</div><div style="font-family:georgia,serif"><br></div><div style="font-family:georgia,serif">Sincerely</div><div style="font-family:georgia,serif">Dhirendra</div></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Jul 28, 2015 at 10:30 PM,  <span dir="ltr"><<a href="mailto:parallel-netcdf-request@lists.mcs.anl.gov" target="_blank">parallel-netcdf-request@lists.mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Send parallel-netcdf mailing list submissions to<br>
        <a href="mailto:parallel-netcdf@lists.mcs.anl.gov">parallel-netcdf@lists.mcs.anl.gov</a><br>
<br>
To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>
        <a href="https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/parallel-netcdf" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/parallel-netcdf</a><br>
or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br>
        <a href="mailto:parallel-netcdf-request@lists.mcs.anl.gov">parallel-netcdf-request@lists.mcs.anl.gov</a><br>
<br>
You can reach the person managing the list at<br>
        <a href="mailto:parallel-netcdf-owner@lists.mcs.anl.gov">parallel-netcdf-owner@lists.mcs.anl.gov</a><br>
<br>
When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>
than "Re: Contents of parallel-netcdf digest..."<br>
<br>
<br>
Today's Topics:<br>
<br>
   1. Configure error: with Intel MPI compilers. (Dhirendra Kumar)<br>
   2. Re: Configure error: with Intel MPI compilers. (Rob Latham)<br>
   3. Re: Configure error: with Intel MPI compilers. (Wei-keng Liao)<br>
<br>
<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
<br>
Message: 1<br>
Date: Tue, 28 Jul 2015 17:13:27 +0530<br>
From: Dhirendra Kumar <<a href="mailto:dhirendra.cub@gmail.com">dhirendra.cub@gmail.com</a>><br>
To: <a href="mailto:parallel-netcdf@lists.mcs.anl.gov">parallel-netcdf@lists.mcs.anl.gov</a><br>
Subject: Configure error: with Intel MPI compilers.<br>
Message-ID:<br>
        <CANSz=<a href="mailto:03xgZvxQAcXbHA_TLT0mz3GoNc%2BYt_tNx7ut7M4Tvbsqw@mail.gmail.com">03xgZvxQAcXbHA_TLT0mz3GoNc+Yt_tNx7ut7M4Tvbsqw@mail.gmail.com</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
<br>
Dear All,<br>
<br>
I am trying to compile parallel-netcdf-1.6.1 on a linux cluster. I have a<br>
preinstalled Intel MPI library and thus I have intel compilers wrapped as<br>
mpiicc, mpiicpc and mpiifort in the directory /opt/intel/impi/<br>
<a href="http://4.1.0.024/intel64/bin-" rel="noreferrer" target="_blank">4.1.0.024/intel64/bin-</a><br>
<br>
I have successfully installed the HDF5 library using the above compilers<br>
and I wish to build the netcdf-4.3.3.1 with parallel support. Before doing<br>
that as I came to know that I need to install the pnetcdf library so tried<br>
I with the following configure options-<br>
<br>
./configure CC=mpiicc CXX=mpiicpc FC=mpiifort<br>
--prefix=/export/home/dkumar/RLIB<br>
CPPFLAGS=-I/export/home/dkumar/RLIB/include<br>
LDFLAGS=-L/export/home/dkumar/RLIB/lib<br>
<br>
and I am getting the following error:<br>
checking for mpicc... /opt/intel/impi/<a href="http://4.1.0.024/intel64/bin/mpicc" rel="noreferrer" target="_blank">4.1.0.024/intel64/bin/mpicc</a><br>
checking for gcc... /opt/intel/impi/<a href="http://4.1.0.024/intel64/bin/mpicc" rel="noreferrer" target="_blank">4.1.0.024/intel64/bin/mpicc</a><br>
checking whether the C compiler works... no<br>
configure: error: in `/home/dkumar/RLIB/parallel-netcdf-1.6.1':<br>
configure: error: C compiler cannot create executables<br>
See `config.log' for more details<br>
configure: WARNING: cache variable ac_cv_env_FCFLAGS_value contains a<br>
newline<br>
<br>
I am not able to figure out what went wrong, but I think the configure<br>
script could not identify the mpicc (i.e. mpiicc is not being used for<br>
compiling).<br>
<br>
Any help would be appreciated. I am attaching the config.log file for the<br>
reference.<br>
<br>
Regards<br>
Dhirendra Kumar<br>
<br>
--<br>
========================================<br>
Dhirendra Kumar<br>
UGC-JRF<br>
School of Environmental Sciences, JNU<br>
New Delhi (India)<br>
Contact: +91 9910778043<br>
Alternate email: <a href="mailto:dhirendra.cub@outlook.com">dhirendra.cub@outlook.com</a><br>
=========================================<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <<a href="http://lists.mcs.anl.gov/pipermail/parallel-netcdf/attachments/20150728/45fcd20c/attachment-0001.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.mcs.anl.gov/pipermail/parallel-netcdf/attachments/20150728/45fcd20c/attachment-0001.html</a>><br>
-------------- next part --------------<br>
A non-text attachment was scrubbed...<br>
Name: config.log<br>
Type: application/octet-stream<br>
Size: 12210 bytes<br>
Desc: not available<br>
URL: <<a href="http://lists.mcs.anl.gov/pipermail/parallel-netcdf/attachments/20150728/45fcd20c/attachment-0001.obj" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.mcs.anl.gov/pipermail/parallel-netcdf/attachments/20150728/45fcd20c/attachment-0001.obj</a>><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 2<br>
Date: Tue, 28 Jul 2015 08:38:20 -0500<br>
From: Rob Latham <<a href="mailto:robl@mcs.anl.gov">robl@mcs.anl.gov</a>><br>
To: <<a href="mailto:parallel-netcdf@lists.mcs.anl.gov">parallel-netcdf@lists.mcs.anl.gov</a>><br>
Subject: Re: Configure error: with Intel MPI compilers.<br>
Message-ID: <<a href="mailto:55B785CC.8060307@mcs.anl.gov">55B785CC.8060307@mcs.anl.gov</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"; format=flowed<br>
<br>
<br>
<br>
On 07/28/2015 06:43 AM, Dhirendra Kumar wrote:<br>
> Dear All,<br>
><br>
> I am trying to compile parallel-netcdf-1.6.1 on a linux cluster. I have<br>
> a preinstalled Intel MPI library and thus I have intel compilers wrapped<br>
> as mpiicc, mpiicpc and mpiifort in the directory<br>
> /opt/intel/impi/<a href="http://4.1.0.024/intel64/bin-" rel="noreferrer" target="_blank">4.1.0.024/intel64/bin-</a> <<a href="http://4.1.0.024/intel64/bin-" rel="noreferrer" target="_blank">http://4.1.0.024/intel64/bin-</a>><br>
><br>
> I have successfully installed the HDF5 library using the above compilers<br>
> and I wish to build the netcdf-4.3.3.1 with parallel support. Before<br>
> doing that as I came to know that I need to install the pnetcdf library<br>
> so tried I with the following configure options-<br>
><br>
> ./configure CC=mpiicc CXX=mpiicpc FC=mpiifort<br>
> --prefix=/export/home/dkumar/RLIB<br>
> CPPFLAGS=-I/export/home/dkumar/RLIB/include<br>
> LDFLAGS=-L/export/home/dkumar/RLIB/lib<br>
<br>
<br>
Well, mpiicc is not your C compiler.  icc is your C compiler.<br>
<br>
try either --with-mpi=/opt/intel/impi/<a href="http://4.1.0.024/intel64/" rel="noreferrer" target="_blank">4.1.0.024/intel64/</a><br>
<br>
or<br>
<br>
set CC=icc CXX=icxx, FC=ifort  etc.<br>
<br>
==rob<br>
<br>
><br>
> and I am getting the following error:<br>
> checking for mpicc... /opt/intel/impi/<a href="http://4.1.0.024/intel64/bin/mpicc" rel="noreferrer" target="_blank">4.1.0.024/intel64/bin/mpicc</a><br>
> <<a href="http://4.1.0.024/intel64/bin/mpicc" rel="noreferrer" target="_blank">http://4.1.0.024/intel64/bin/mpicc</a>><br>
> checking for gcc... /opt/intel/impi/<a href="http://4.1.0.024/intel64/bin/mpicc" rel="noreferrer" target="_blank">4.1.0.024/intel64/bin/mpicc</a><br>
> <<a href="http://4.1.0.024/intel64/bin/mpicc" rel="noreferrer" target="_blank">http://4.1.0.024/intel64/bin/mpicc</a>><br>
> checking whether the C compiler works... no<br>
> configure: error: in `/home/dkumar/RLIB/parallel-netcdf-1.6.1':<br>
> configure: error: C compiler cannot create executables<br>
> See `config.log' for more details<br>
> configure: WARNING: cache variable ac_cv_env_FCFLAGS_value contains a<br>
> newline<br>
><br>
> I am not able to figure out what went wrong, but I think the configure<br>
> script could not identify the mpicc (i.e. mpiicc is not being used for<br>
> compiling).<br>
><br>
> Any help would be appreciated. I am attaching the config.log file for<br>
> the reference.<br>
><br>
> Regards<br>
> Dhirendra Kumar<br>
><br>
> --<br>
> ========================================<br>
> Dhirendra Kumar<br>
> UGC-JRF<br>
> School of Environmental Sciences, JNU<br>
> New Delhi (India)<br>
> Contact: +91 9910778043<br>
> Alternate email: <a href="mailto:dhirendra.cub@outlook.com">dhirendra.cub@outlook.com</a><br>
> <mailto:<a href="mailto:dhirendra.cub@outlook.com">dhirendra.cub@outlook.com</a>><br>
> =========================================<br>
<br>
--<br>
Rob Latham<br>
Mathematics and Computer Science Division<br>
Argonne National Lab, IL USA<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 3<br>
Date: Tue, 28 Jul 2015 11:13:26 -0500<br>
From: Wei-keng Liao <<a href="mailto:wkliao@eecs.northwestern.edu">wkliao@eecs.northwestern.edu</a>><br>
To: Dhirendra Kumar <<a href="mailto:dhirendra.cub@gmail.com">dhirendra.cub@gmail.com</a>><br>
Cc: <a href="mailto:parallel-netcdf@lists.mcs.anl.gov">parallel-netcdf@lists.mcs.anl.gov</a><br>
Subject: Re: Configure error: with Intel MPI compilers.<br>
Message-ID:<br>
        <<a href="mailto:5EDDC338-6EDC-4071-949B-E12D365E71D4@eecs.northwestern.edu">5EDDC338-6EDC-4071-949B-E12D365E71D4@eecs.northwestern.edu</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset=us-ascii<br>
<br>
Hi, Dhirendra<br>
<br>
>From your config.log file, it appears mpicc is also available under the same directory as mpiicc /opt/intel/impi/<a href="http://4.1.0.024/intel64/bin" rel="noreferrer" target="_blank">4.1.0.024/intel64/bin</a><br>
<br>
Please note PnetCDF checks environment variable MPICC, MPICXX, MPIF77, and MPIF90, rather than CC, CXX, FC.<br>
<br>
Could you try the following?<br>
./configure MPICC=mpiicc MPICXX=mpiicpc MPIF77=mpiifort MPIF90=mpiifort --prefix=/export/home/dkumar/RLIB<br>
<br>
<br>
Could you send me the config.log file for my information, no matter if the above command succeeds or fails? Thanks.<br>
<br>
Wei-keng<br>
<br>
On Jul 28, 2015, at 6:43 AM, Dhirendra Kumar wrote:<br>
<br>
> Dear All,<br>
><br>
> I am trying to compile parallel-netcdf-1.6.1 on a linux cluster. I have a preinstalled Intel MPI library and thus I have intel compilers wrapped as mpiicc, mpiicpc and mpiifort in the directory /opt/intel/impi/<a href="http://4.1.0.024/intel64/bin-" rel="noreferrer" target="_blank">4.1.0.024/intel64/bin-</a><br>
><br>
> I have successfully installed the HDF5 library using the above compilers and I wish to build the netcdf-4.3.3.1 with parallel support. Before doing that as I came to know that I need to install the pnetcdf library so tried I with the following configure options-<br>
><br>
> ./configure CC=mpiicc CXX=mpiicpc FC=mpiifort --prefix=/export/home/dkumar/RLIB CPPFLAGS=-I/export/home/dkumar/RLIB/include LDFLAGS=-L/export/home/dkumar/RLIB/lib<br>
><br>
> and I am getting the following error:<br>
> checking for mpicc... /opt/intel/impi/<a href="http://4.1.0.024/intel64/bin/mpicc" rel="noreferrer" target="_blank">4.1.0.024/intel64/bin/mpicc</a><br>
> checking for gcc... /opt/intel/impi/<a href="http://4.1.0.024/intel64/bin/mpicc" rel="noreferrer" target="_blank">4.1.0.024/intel64/bin/mpicc</a><br>
> checking whether the C compiler works... no<br>
> configure: error: in `/home/dkumar/RLIB/parallel-netcdf-1.6.1':<br>
> configure: error: C compiler cannot create executables<br>
> See `config.log' for more details<br>
> configure: WARNING: cache variable ac_cv_env_FCFLAGS_value contains a newline<br>
><br>
> I am not able to figure out what went wrong, but I think the configure script could not identify the mpicc (i.e. mpiicc is not being used for compiling).<br>
><br>
> Any help would be appreciated. I am attaching the config.log file for the reference.<br>
><br>
> Regards<br>
> Dhirendra Kumar<br>
><br>
> --<br>
> ========================================<br>
> Dhirendra Kumar<br>
> UGC-JRF<br>
> School of Environmental Sciences, JNU<br>
> New Delhi (India)<br>
> Contact: +91 9910778043<br>
> Alternate email: <a href="mailto:dhirendra.cub@outlook.com">dhirendra.cub@outlook.com</a><br>
> =========================================<br>
> <config.log><br>
<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
_______________________________________________<br>
parallel-netcdf mailing list<br>
<a href="mailto:parallel-netcdf@lists.mcs.anl.gov">parallel-netcdf@lists.mcs.anl.gov</a><br>
<a href="https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/parallel-netcdf" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/parallel-netcdf</a><br>
<br>
<br>
End of parallel-netcdf Digest, Vol 68, Issue 7<br>
**********************************************<br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">========================================</div><div dir="ltr">Dhirendra Kumar<div>UGC-JRF <br></div><div>School of Environmental Sciences, JNU<br></div><div>New Delhi (India)</div><div>Contact: <font face="comic sans ms, sans-serif">+91 9910778043</font></div><div>Alternate email: <a href="mailto:dhirendra.cub@outlook.com" target="_blank">dhirendra.cub@outlook.com</a></div><div>=========================================</div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div>