<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:comic sans ms,sans-serif;color:#38761d">Hi Wei-keng,</div><div class="gmail_default" style="font-family:comic sans ms,sans-serif;color:#38761d"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:comic sans ms,sans-serif;color:#38761d">This is an IBM machine with a poe based version of mpich - nether mpich2version nor mpichversion are available.   Since IBM has basically abandoned poe I think that we can conclude that although it is mpich2 it's also very old.   </div><div class="gmail_default" style="font-family:comic sans ms,sans-serif;color:#38761d"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:comic sans ms,sans-serif;color:#38761d">Thanks and thanks to Nick for confirming that gnu/5.1.0 is not the problem.   </div><div class="gmail_default" style="font-family:comic sans ms,sans-serif;color:#38761d"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:comic sans ms,sans-serif;color:#38761d">Jim</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Jul 20, 2015 at 1:33 PM, Wei-keng Liao <span dir="ltr"><<a href="mailto:wkliao@eecs.northwestern.edu" target="_blank">wkliao@eecs.northwestern.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi, Jim<br>
<br>
>From your config.log, I can see MPICH is used.<br>
<br>
Could you run command "mpich2version", which tells the MPICH version used in you MPI compiler, /glade/apps/opt/modulefiles/ys/cmpwrappers/mpicc<br>
<br>
If mpich2version is not available, please try mpichversion (this is for newer mpich).<br>
<br>
Wei-keng<br>
<span class=""><br>
On Jul 20, 2015, at 1:53 PM, Jim Edwards wrote:<br>
<br>
> I think that you are correct I switched to pgi and got the same error -  I can try on another platform.<br>
><br>
> The pgi config.log is attached...<br>
><br>
><br>
</span><span class="">> On Mon, Jul 20, 2015 at 12:48 PM, Wei-keng Liao <<a href="mailto:wkliao@eecs.northwestern.edu">wkliao@eecs.northwestern.edu</a>> wrote:<br>
> Hi, Jim<br>
><br>
> I suspect it is caused by an old MPI.<br>
> Can you send me your config.log file?<br>
><br>
> Wei-keng<br>
><br>
> On Jul 20, 2015, at 12:36 PM, Jim Edwards wrote:<br>
><br>
> > I am getting an error when trying to build with gnu/5.1.0<br>
> > ​the traceback looks like:<br>
> > #6  0x00000000014fb478 in ncmpii_in_swapn ()<br>
> > #7  0x00000000014cd6be in ncmpii_getput_vars ()<br>
> > #8  0x00000000014d9b64 in ncmpi_put_vara_int_all ()<br>
> > #9  0x00000000014baf57 in nfmpi_put_vara_int_all_ ()<br>
> > #10 0x00000000013f61e2 in __pionfput_mod_MOD_put_vara_1d_int ()<br>
> ><br>
> > If I try to run the tests with this build I get a hang in the sequentiol tests:<br>
> > poe  ./nc_test -v -d       .<br>
> ><br>
> >    2:*** Testing test_ncmpi_strerror            ...   33 good comparisons. ok<br>
> ><br>
> >    0:*** Testing test_ncmpi_strerror            ...   33 good comparisons. ok<br>
> ><br>
> >    1:*** Testing test_ncmpi_strerror            ...   33 good comparisons. ok<br>
> ><br>
> >    3:*** Testing test_ncmpi_strerror            ...   33 good comparisons. ok<br>
> ><br>
> >    0:<br>
> ><br>
> >    1:<br>
> ><br>
> >    2:<br>
> ><br>
</span>> >    2: FAILURE at line 149 of test_read.c: remove of ./<a href="http://scratch.nc" rel="noreferrer" target="_blank">scratch.nc</a> failed*** Testing test_ncmpi_open                ...<br>
<span class="">> ><br>
> >    2: ### 1 FAILURES TESTING test_ncmpi_open! Stop ... ###<br>
> ><br>
> >    0:*** TESTING C   ./nc_test for format CDF-1                         ------ failed<br>
> ><br>
> >    0:<br>
> ><br>
</span>> >    0: FAILURE at line 149 of test_read.c: remove of ./<a href="http://scratch.nc" rel="noreferrer" target="_blank">scratch.nc</a> failed*** Testing test_ncmpi_open                ...<br>
<span class="">> ><br>
> >    0: ### 1 FAILURES TESTING test_ncmpi_open! Stop ... ###<br>
> ><br>
> >    0:<br>
> ><br>
> >    0:./nc_test: expects 0 failures ... Total number of failures: 1<br>
> ><br>
> >    1:*** TESTING C   ./nc_test for format CDF-1                         ------ failed<br>
> ><br>
> >    1:<br>
> ><br>
</span>> >    1: FAILURE at line 149 of test_read.c: remove of ./<a href="http://scratch.nc" rel="noreferrer" target="_blank">scratch.nc</a> failed*** Testing test_ncmpi_open                ...<br>
<div><div class="h5">> ><br>
> >    1: ### 1 FAILURES TESTING test_ncmpi_open! Stop ... ###<br>
> ><br>
> >    1:<br>
> ><br>
> >    1:./nc_test: expects 0 failures ... Total number of failures: 1<br>
> ><br>
> >    2:*** TESTING C   ./nc_test for format CDF-1                         ------ failed<br>
> ><br>
> >    2:<br>
> ><br>
> >    2:<br>
> ><br>
> >    2:./nc_test: expects 0 failures ... Total number of failures: 1<br>
> ><br>
> >    3:*** Testing test_ncmpi_open                ...    5 good comparisons. ok<br>
> ><br>
> > and the parallel test fail in the build step with:<br>
> ><br>
> > glade/apps/opt/modulefiles/ys/cmpwrappers/mpif90 -c -g  -O0 -I../../src/lib  -I../../src/libf -I../../src/libf90  mcoll_testf.f90<br>
> ><br>
> > mcoll_testf.f90:257:22:<br>
> ><br>
> ><br>
> ><br>
> >          t1 = MPI_Wtime ( )<br>
> ><br>
> >                       1<br>
> ><br>
> > Error: Name 'mpi_wtime' at (1) is an ambiguous reference to 'mpi_wtime' from module 'mpi_constants'<br>
> ><br>
> > mcoll_testf.f90:292:22:<br>
> ><br>
> ><br>
> ><br>
> >          t2 = MPI_Wtime ( )<br>
> ><br>
> >                       1<br>
> ><br>
> > Error: Name 'mpi_wtime' at (1) is an ambiguous reference to 'mpi_wtime' from module 'mpi_constants'<br>
> ><br>
> > mcoll_testf.f90:313:20:<br>
> ><br>
> ><br>
> ><br>
> >        t3 = MPI_Wtime ( )<br>
> ><br>
> >                     1<br>
> ><br>
> > Error: Name 'mpi_wtime' at (1) is an ambiguous reference to 'mpi_wtime' from module 'mpi_constants'<br>
> ><br>
> > All with svn revision 2056​<br>
> ><br>
> ><br>
> ><br>
> > --<br>
> > Jim Edwards<br>
> ><br>
> > CESM Software Engineer<br>
> > National Center for Atmospheric Research<br>
> > Boulder, CO<br>
><br>
><br>
><br>
><br>
> --<br>
> Jim Edwards<br>
><br>
> CESM Software Engineer<br>
> National Center for Atmospheric Research<br>
> Boulder, CO<br>
</div></div>> <config.log.gz><br>
<br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div><div>Jim Edwards<br><br></div><font size="1">CESM Software Engineer<br></font></div><font size="1">National Center for Atmospheric Research<br></font></div><font size="1">Boulder, CO</font> <br></div></div>
</div>