<div dir="ltr"><br><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2015-06-01 17:09 GMT+02:00 Wei-keng Liao <span dir="ltr"><<a href="mailto:wkliao@eecs.northwestern.edu" target="_blank">wkliao@eecs.northwestern.edu</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi, Nick<br>
<br>
Your fix for the first bug makes all sense. I will add that to PnetCDF. Thanks.<br>
<br>
As for the second error, can you use gdb to print the location of the segmentation fault?<br></blockquote><div>I haven't done that. I would rather not go that path? I ain't an avid user of gdb (yet). </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Also, do both errors happen to Intel C compiler?<br></blockquote><div>It is only the intel cxx compiler. I only show the gcc version as intel uses that for compatibility issues. (see -gcc-name)</div><div>I thought that this could be problem... Maybe it isn't.</div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<br>
The two C compilers you used are the latest ones. I have not tried them.<br>
Could you compile/run a simple C++ program to see if gcc works in your environment?<br>
Or, if you installed gcc from source, have you tried run "make -k check"?<br>
See <a href="https://gcc.gnu.org/install/test.html" target="_blank">https://gcc.gnu.org/install/test.html</a><br>
<br></blockquote><div>Gcc/g++ runs fine. I can compile 20 other different libraries with full support. If anything, it is related to the intel compiler. :(</div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
If you do not need C++ component, you can build a PnetCDF without it, by adding option<br>
"--disable-cxx" to the configure command.<br></blockquote><div>This is already my diverting methodology :) Thanks. </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<br>
By the way, I plan to release 1.6.1 today, but it will not fix the second error you are seeing.<br>
I will try if I can find those new versions of C compiler and fix the problem.<br>
The fix will have to wait for the next release, though.<br></blockquote><div>Ok. :) </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<br>
Thanks again for reporting the problem.<br></blockquote><div>You are welcome. </div><div>Thanks for the software.</div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
Wei-keng<br>
</font></span><div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
On Jun 1, 2015, at 1:00 AM, Nick Papior Andersen wrote:<br>
<br>
> I am trying to compile and make check with these compilers:<br>
> intel 2015.1.13<br>
> and<br>
> gcc 5.1.0 in the path.<br>
><br>
> Compiling goes fine and everything seems to link correctly.<br>
> However make check errors out in the CXX test.<br>
><br>
> First I get this error message:<br>
> ./nctst        ./<a href="http://testfile.nc" target="_blank">testfile.nc</a><br>
> terminate called after throwing an instance of 'std::logic_error'<br>
>   what():  basic_string::_M_construct null not valid<br>
> [n-62-12-2:09803] *** Process received signal ***<br>
> [n-62-12-2:09803] Signal: Aborted (6)<br>
> [n-62-12-2:09803] Signal code:  (-6)<br>
> [n-62-12-2:09803] [ 0] /lib64/libpthread.so.0(+0xf710)[0x2aae4ac54710]<br>
> [n-62-12-2:09803] [ 1] /lib64/libc.so.6(gsignal+0x35)[0x2aae4ae94625]<br>
> [n-62-12-2:09803] [ 2] /lib64/libc.so.6(abort+0x175)[0x2aae4ae95e05]<br>
> [n-62-12-2:09803] [ 3] /zdata/groups/common/nicpa/2015-test/generic/gcc/5.1.0/lib64/libstdc++.so.6(_ZN9__gnu_cxx27__verbose_terminate_handlerEv+0x15d)[0x2aae4a7428cd]<br>
> [n-62-12-2:09803] [ 4] /zdata/groups/common/nicpa/2015-test/generic/gcc/5.1.0/lib64/libstdc++.so.6(+0x8c936)[0x2aae4a740936]<br>
> [n-62-12-2:09803] [ 5] /zdata/groups/common/nicpa/2015-test/generic/gcc/5.1.0/lib64/libstdc++.so.6(+0x8c981)[0x2aae4a740981]<br>
> [n-62-12-2:09803] [ 6] /zdata/groups/common/nicpa/2015-test/generic/gcc/5.1.0/lib64/libstdc++.so.6(+0x8cb98)[0x2aae4a740b98]<br>
> [n-62-12-2:09803] [ 7] /zdata/groups/common/nicpa/2015-test/generic/gcc/5.1.0/lib64/libstdc++.so.6(_ZSt19__throw_logic_errorPKc+0x3f)[0x2aae4a767faf]<br>
> [n-62-12-2:09803] [ 8] ./nctst[0x461b42]<br>
> [n-62-12-2:09803] [ 9] ./nctst[0x4644b6]<br>
> [n-62-12-2:09803] [10] ./nctst[0x40c313]<br>
> [n-62-12-2:09803] [11] ./nctst[0x409f60]<br>
> [n-62-12-2:09803] [12] /lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xfd)[0x2aae4ae80d5d]<br>
> [n-62-12-2:09803] [13] ./nctst[0x409cb9]<br>
> [n-62-12-2:09803] *** End of error message ***<br>
><br>
><br>
> Secondly I change in file src/libcxx/ncmpiType.cpp:<br>
> function inq_type has 'return NULL' which cannot be done using returns of string (unless it is a pointer, which it isn't)<br>
> So I change it to an empty string:<br>
> 'return ""'<br>
> (I am not sure when this is reached, but the error message changes as can be seen below, hence my suspicion is at that code segment)<br>
><br>
> Now I recompile and get this alternate error message:<br>
> ./nctst        ./<a href="http://testfile.nc" target="_blank">testfile.nc</a><br>
> [n-62-12-2:23419] *** Process received signal ***<br>
> [n-62-12-2:23419] Signal: Segmentation fault (11)<br>
> [n-62-12-2:23419] Signal code: Address not mapped (1)<br>
> [n-62-12-2:23419] Failing at address: 0xffffffffffffffe8<br>
> [n-62-12-2:23419] [ 0] /lib64/libpthread.so.0(+0xf710)[0x2ab6b02fa710]<br>
> [n-62-12-2:23419] [ 1] /zdata/groups/common/nicpa/2015-test/generic/gcc/5.1.0/lib64/libstdc++.so.6(_ZNSo6sentryC2ERSo+0x19)[0x2ab6afe61e79]<br>
> [n-62-12-2:23419] [ 2] /zdata/groups/common/nicpa/2015-test/generic/gcc/5.1.0/lib64/libstdc++.so.6(_ZSt16__ostream_insertIcSt11char_traitsIcEERSt13basic_ostreamIT_T0_ES6_PKS3_l+0x29)[0x2ab6afe62589]<br>
> [n-62-12-2:23419] [ 3] /zdata/groups/common/nicpa/2015-test/generic/gcc/5.1.0/lib64/libstdc++.so.6(_ZStlsISt11char_traitsIcEERSt13basic_ostreamIcT_ES5_PKc+0x27)[0x2ab6afe629e7]<br>
> [n-62-12-2:23419] [ 4] ./nctst[0x40d4a5]<br>
> [n-62-12-2:23419] [ 5] ./nctst[0x409f60]<br>
> [n-62-12-2:23419] [ 6] /lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xfd)[0x2ab6b0526d5d]<br>
> [n-62-12-2:23419] [ 7] ./nctst[0x409cb9]<br>
> [n-62-12-2:23419] *** End of error message ***<br>
> make[2]: *** [testing] Segmentation fault<br>
><br>
> There seem to be something fishy with the cxx interface?<br>
> I am no expert in cxx... :( So had troubles debugging further...<br>
><br>
> --<br>
> Kind regards Nick<br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div>Kind regards Nick</div></div></div>
</div></div>