<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:comic sans ms,sans-serif;color:#38761d">Data is contiguous in memory but data on a given task maps to various non contiguous points in the file.   I can guarantee that the data in memory on a given mpi task is in monotonically increasing order with respect to offsets into the file, but not more than that.     </div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Sep 24, 2014 at 3:43 PM, Wei-keng Liao <span dir="ltr"><<a href="mailto:wkliao@eecs.northwestern.edu" target="_blank">wkliao@eecs.northwestern.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi, Jim<br>
<br>
Do you mean the local I/O buffer contains a list of non-contiguous data in memory?<br>
Or do you mean "distributed" as data is partitioned across multiple MPI processes?<br>
<br>
The varm APIs and the "flexible" APIs that take an MPI derived datatype argument<br>
are for users to describe non-contiguous data in the local I/O buffer. The imap<br>
and MPI datatype argument has no effect to the data access in files. So, I need<br>
to know which case you are referring to first.<br>
<br>
Thanks for pointing out the error in the user guide. It is fixed.<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
Wei-keng<br>
</font></span><div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
On Sep 24, 2014, at 2:30 PM, Jim Edwards wrote:<br>
<br>
> I want to write a distributed variable to a file and the way the<br>
> data is distributed is fairly random with respect to the ordering on the file.<br>
><br>
> It seems like I can do several things from each task in order to write the data -<br>
><br>
>       • I can specify several blocks of code using start and count and make mulitple calls on each task to ncmpi_bput_vara_all<br>
>       • I can define an MPI derived type and make a single call to ncmpi_bput_var_all on each task<br>
>       • I (think I) can use ncmpi_bput_varm_all and specify an imap  (btw: the pnetcdf users guide has this interface wrong)<br>
> Are any of these better from a performance standpoint?<br>
><br>
> Thanks,<br>
><br>
><br>
><br>
><br>
> --<br>
> Jim Edwards<br>
><br>
> CESM Software Engineer<br>
> National Center for Atmospheric Research<br>
> Boulder, CO<br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><div><div><div>Jim Edwards<br><br></div><font size="1">CESM Software Engineer<br></font></div><font size="1">National Center for Atmospheric Research<br></font></div><font size="1">Boulder, CO</font> <br></div>
</div>