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<div>
<div>
<div>Hi there,</div>
<div>I sent you the following email a a weak ago regarding pnetcdf  make check  errors, but did not get response. I used this pnetcdf to compile netCDF library 4.1.2. The pnetcdf was successfully linked and netCDF was successfully compiled. I ran a WRF simulation
 which also was completed successfully, however, the log file rsl.out.0000 (attached ) has several (DRY RUN) errors that are originating from pnetCDF. I am wondering what these errors are and would they be affecting my simulation in anyway? </div>
<div><br>
</div>
<div>Thanks in advance and please do REPLY this email.</div>
<div><br>
</div>
<div>Best regards, </div>
<div>
<div style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 14px; "><span style="font-family: Calibri; "><font class="Apple-style-span" color="#424242"></font></span></div>
<div style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 14px; "><span style="font-family: Calibri; "><font class="Apple-style-span" color="#424242">b:)</font></span></div>
<div style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 14px; "><span style="font-family: Calibri; "><font class="Apple-style-span" color="#424242">----</font></span></div>
<div>
<div>
<div>
<div style="font-family: Calibri; font-size: medium; ">
<p class="MsoNormal" style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 10.5pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><font class="Apple-style-span" color="#424242"><span style="font-family: Calibri; ">Basit A. Khan, Ph.D.</span><span style="font-family: Calibri; "><o:p></o:p></span></font></span></p>
</div>
<div style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: medium; ">
<p class="MsoNormal" style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 10.5pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><font class="Apple-style-span" color="#424242"><span style="font-family: Calibri; ">Postdoctoral Research Fellow</span><span style="font-family: Calibri; "><o:p></o:p></span></font></span></p>
</div>
<div style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: medium; ">
<p class="MsoNormal" style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 10.5pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><font class="Apple-style-span" color="#424242"><span style="font-family: Calibri; ">Division of Physical Sciences & Engineering</span><span style="font-family: Calibri; "><o:p></o:p></span></font></span></p>
</div>
<div style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: medium; ">
<p class="MsoNormal" style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 10.5pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><font class="Apple-style-span" color="#424242"><span style="font-family: Calibri; ">Office# 3204, Level 3, Building 1,</span><span style="font-family: Calibri; "><o:p></o:p></span></font></span></p>
</div>
<div style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: medium; ">
<p class="MsoNormal" style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 10.5pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><font class="Apple-style-span" color="#424242"><span style="font-family: Calibri; ">King Abdullah University of Science & Technology</span><span style="font-family: Calibri; "><o:p></o:p></span></font></span></p>
</div>
<div style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: medium; ">
<p class="MsoNormal" style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 10.5pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><font class="Apple-style-span" color="#424242"><span style="font-family: Calibri; ">4700 King Abdullah Blvd, Box 2753, Thuwal 23955 –6900,</span><span style="font-family: Calibri; "><o:p></o:p></span></font></span></p>
</div>
<div style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: medium; ">
<p class="MsoNormal" style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 10.5pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><font class="Apple-style-span" color="#424242"><span style="font-family: Calibri; ">Kingdom of Saudi Arabia.</span><span style="font-family: Calibri; "><o:p></o:p></span></font></span></p>
</div>
<div style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: medium; ">
<p class="MsoNormal" style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 10.5pt; font-family: Calibri; "><o:p><font class="Apple-style-span" color="#424242"> </font></o:p></span></p>
</div>
<div style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: medium; ">
<p class="MsoNormal" style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 10.5pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><font class="Apple-style-span" color="#424242"><span style="font-family: Calibri; ">Office: +966(0)12 808 0276,  Mobile: +966(0)5 0860 3617</span><span style="font-family: Calibri; "><o:p></o:p></span></font></span></p>
</div>
<div style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: medium; ">
<p class="MsoNormal" style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 10.5pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><font class="Apple-style-span" color="#424242"><span style="font-family: Calibri; ">E-mail: </span><a href="mailto:basitali.khan@kaust.edu.sa" style="text-decoration: underline; "><span style="font-family: Calibri; ">basitali.khan@kaust.edu.sa</span></a><span style="font-family: Calibri; "><o:p></o:p></span></font></span></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div style="font-size: 14px; font-family: Calibri, sans-serif; "><font class="Apple-style-span" color="#424242"><span style="font-family: Calibri; ">Skype name: basit.a.khan</span></font></div>
</div>
</div>
</div>
<div><br>
</div>
<span id="OLK_SRC_BODY_SECTION">
<div style="font-family:Calibri; font-size:11pt; text-align:left; color:black; BORDER-BOTTOM: medium none; BORDER-LEFT: medium none; PADDING-BOTTOM: 0in; PADDING-LEFT: 0in; PADDING-RIGHT: 0in; BORDER-TOP: #b5c4df 1pt solid; BORDER-RIGHT: medium none; PADDING-TOP: 3pt">
<span style="font-weight:bold">From: </span>KAUST <<a href="mailto:basitali.khan@kaust.edu.sa">basitali.khan@kaust.edu.sa</a>><br>
<span style="font-weight:bold">Date: </span>Wednesday, May 28, 2014 3:05 PM<br>
<span style="font-weight:bold">To: </span>"<a href="mailto:parallel-netcdf@mcs.anl.gov">parallel-netcdf@mcs.anl.gov</a>" <<a href="mailto:parallel-netcdf@mcs.anl.gov">parallel-netcdf@mcs.anl.gov</a>><br>
<span style="font-weight:bold">Subject: </span>pnetcdf test<br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 14px; font-family: Calibri, sans-serif; ">
<div>
<div>
<div>Hi there,</div>
<div>I am new to pnetcdf. I want to compile it for faster IO  of WRF model on our bluegeneP with Linux RedHat 10 on it. I apparently successfully installed the latest version of pnetcdf 1.4.1, however when i run  'make testing', i got few errors (log file attached).
  I would greatly appreciate if you could have a look and advise where i am going wrong.</div>
<div><br>
</div>
<div>The compilation of parallel netcdf created 4 directories. The contents of these dir are as follows:</div>
<div><br>
</div>
<div>/lib/libpnetcdf.a</div>
<div>/include/pnetcdf.h  pnetcdf.inc  pnetcdf.mod</div>
<div>/bin/ncmpidiff  ncmpidump  ncmpigen  ncmpivalid</div>
<div>/man/man1/ncmpidiff.1  ncmpidump.1  ncmpigen.1  ncmpivalid.1</div>
<div>/man/man3/pnetcdf.3  pnetcdf_f77.3  pnetcdf_f90.3</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Another question is that, do i have to do anything special to use it with WRF? </div>
<div><br>
</div>
<div>Thanks in advance and best regards,</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 14px; "><span style="font-family: Calibri; "><font class="Apple-style-span" color="#424242"></font></span></div>
<div style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 14px; "><span style="font-family: Calibri; "><font class="Apple-style-span" color="#424242">b:)</font></span></div>
<div style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 14px; "><span style="font-family: Calibri; "><font class="Apple-style-span" color="#424242">----</font></span></div>
<div>
<div>
<div>
<div style="font-family: Calibri; font-size: medium; ">
<p class="MsoNormal" style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 10.5pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><font class="Apple-style-span" color="#424242"><span style="font-family: Calibri; ">Basit A. Khan, Ph.D.</span><span style="font-family: Calibri; "><o:p></o:p></span></font></span></p>
</div>
<div style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: medium; ">
<p class="MsoNormal" style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 10.5pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><font class="Apple-style-span" color="#424242"><span style="font-family: Calibri; ">Postdoctoral Research Fellow</span><span style="font-family: Calibri; "><o:p></o:p></span></font></span></p>
</div>
<div style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: medium; ">
<p class="MsoNormal" style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 10.5pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><font class="Apple-style-span" color="#424242"><span style="font-family: Calibri; ">Division of Physical Sciences & Engineering</span><span style="font-family: Calibri; "><o:p></o:p></span></font></span></p>
</div>
<div style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: medium; ">
<p class="MsoNormal" style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 10.5pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><font class="Apple-style-span" color="#424242"><span style="font-family: Calibri; ">Office# 3204, Level 3, Building 1,</span><span style="font-family: Calibri; "><o:p></o:p></span></font></span></p>
</div>
<div style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: medium; ">
<p class="MsoNormal" style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 10.5pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><font class="Apple-style-span" color="#424242"><span style="font-family: Calibri; ">King Abdullah University of Science & Technology</span><span style="font-family: Calibri; "><o:p></o:p></span></font></span></p>
</div>
<div style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: medium; ">
<p class="MsoNormal" style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 10.5pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><font class="Apple-style-span" color="#424242"><span style="font-family: Calibri; ">4700 King Abdullah Blvd, Box 2753, Thuwal 23955 –6900,</span><span style="font-family: Calibri; "><o:p></o:p></span></font></span></p>
</div>
<div style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: medium; ">
<p class="MsoNormal" style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 10.5pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><font class="Apple-style-span" color="#424242"><span style="font-family: Calibri; ">Kingdom of Saudi Arabia.</span><span style="font-family: Calibri; "><o:p></o:p></span></font></span></p>
</div>
<div style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: medium; ">
<p class="MsoNormal" style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 10.5pt; font-family: Calibri; "><o:p><font class="Apple-style-span" color="#424242"> </font></o:p></span></p>
</div>
<div style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: medium; ">
<p class="MsoNormal" style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 10.5pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><font class="Apple-style-span" color="#424242"><span style="font-family: Calibri; ">Office: +966(0)12 808 0276,  Mobile: +966(0)5 0860 3617</span><span style="font-family: Calibri; "><o:p></o:p></span></font></span></p>
</div>
<div style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: medium; ">
<p class="MsoNormal" style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 10.5pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><font class="Apple-style-span" color="#424242"><span style="font-family: Calibri; ">E-mail: </span><a href="mailto:basitali.khan@kaust.edu.sa" style="text-decoration: underline; "><span style="font-family: Calibri; ">basitali.khan@kaust.edu.sa</span></a><span style="font-family: Calibri; "><o:p></o:p></span></font></span></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div style="font-size: 14px; font-family: Calibri, sans-serif; "><font class="Apple-style-span" color="#424242"><span style="font-family: Calibri; ">Skype name: basit.a.khan</span></font></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</span><br>
<hr>
<font face="Arial" color="Gray" size="1"><br>
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