Hi Rob,<br><br>I want to make sure that my mpi datatype is correct so I am working on an mpi-io binary version of the<br>same case, once I have that working I'll try pnetcdf again and if it's still a problem I'll send you the <br>
datatype dump.<br><br>- Jim<br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Feb 12, 2013 at 9:26 AM, Rob Latham <span dir="ltr"><<a href="mailto:robl@mcs.anl.gov" target="_blank">robl@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div class="im">On Tue, Feb 12, 2013 at 08:49:20AM -0700, Jim Edwards wrote:<br>
> Are there any limitations to the data type passed to nfmpi_iput_vara?   I<br>
> am trying to create a<br>
> type using mpi_type_create_subarray and pass it to nfmpi_iput_vara and I am<br>
> getting an error<br>
> with traceback:<br>
><br>
> #10 0x00002b06f5f90ce3 in PMPI_Pack () from<br>
> /opt/ibmhpc/pe1209/mpich2/gnu/lib64/libmpich.so.3<br>
> #11 0x00000000005c9d2f in ncmpii_data_repack ()<br>
> #12 0x00000000005b4532 in ncmpii_igetput_varm ()<br>
> #13 0x00000000005969ed in ncmpi_iput_vara ()<br>
><br>
><br>
> Is this a possible bug in parallel-netcdf or are my assumptions about usage<br>
> incorrect?<br>
<br>
</div>Wow, an error from MPI_Pack... and one that causes a traceback.<br>
<br>
and it's IBM's MPI_Pack, sort of, by way of MPICH.<br>
<br>
So, you've caused some surprise here.<br>
<br>
Can you share the type with us?  Or, if it's hard to capture (because<br>
it's generated algorithmically) you might, depending on how IBM built<br>
their MPI, have access to the c routine MPIDU_Datatype_debug:<br>
<br>
 MPIDU_Datatype_debug(MPI_Datatype type, int array_ct)<br>
<br>
(128 should be big enough for array_ct)<br>
<br>
and that should spit out a bunch of information about the datatype:<br>
enough that I could re-create it and see if other MPI implementations<br>
choke when packing it.<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
==rob<br>
<br>
--<br>
Rob Latham<br>
Mathematics and Computer Science Division<br>
Argonne National Lab, IL USA<br>
</font></span></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Jim Edwards<br><br><font>CESM Software Engineering Group<br>National Center for Atmospheric Research<br>Boulder, CO <br>303-497-1842<br></font>