Hi<div><br></div><div>  While I am trying to explore how to link this pnetcdf library built on Windows (using MPICH2 and cygwin env.) with my application, </div><div>  I wanted to get some inputs from your side on one more thing.</div>

<div><br></div><div>  Any thoughts on linking parallel netcdf with MSMPI through cygwin environment in Windows ? </div><div>  How much time / effort would that need ?</div><div><br></div><div>Thanks &amp; Regards,</div><div>

Kunal<br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Oct 4, 2010 at 3:49 PM, Kunal Rao <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:kunalgrao@gmail.com">kunalgrao@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">

Hi<div><br></div><div> Thanks for creating the bug report. Hope that will be fixed soon.</div><div><br></div><div>Until then, do you guys have any suggestions, that I could try out ? I have parallel netcdf library built on Windows ( using gcc and gfortran while building MPICH2 and parallel netcdf ). Now while linking with my application built with Intel compiler, as discussed before, there is unresolved external symbol errors. ( prefix appended to the parallel netcdf symbols).</div>


<div><br></div><div><div>I tried using the objcopy tool to remove those prefixes from the library using:</div><div><br></div><div>$objcopy --remove-leading-char libpnetcdf.lib libpnetcdf.lib</div><div><br></div><div>It then removed all those underscore prefix from the symbols, but then while linking with the application, it gave the following error:</div>


<div>--------</div><div><span style="font-family:Verdana;border-collapse:collapse;color:rgb(0, 0, 128)"> libpnetcdf.lib(dim.o) : fatal error LNK1112: module machine type &#39;X86&#39; conflicts with target machine type &#39;x64&#39;</span></div>


<div><font color="#000080" face="Verdana"><span style="border-collapse:collapse">-----</span></font></div></div>
<div><br></div><div>I am working on Windows Server 2008 R2, Enterprise Edition.  Please let me know if you have any ideas/suggestions that I could try out.</div><div><br></div><div>Thanks &amp; Regards,</div><div>Kunal</div>

<div><div></div><div class="h5">
<div><br></div><div><font color="#000080" face="Verdana"><span style="border-collapse:collapse"><font color="#000000" face="arial"><span style="border-collapse:separate"><br>
</span></font></span></font></div><div><div><br><div class="gmail_quote">On Mon, Oct 4, 2010 at 3:26 PM,  <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:chan@mcs.anl.gov" target="_blank">chan@mcs.anl.gov</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><br>
Hi Kunal,<br>
<br>
Thanks for informing us the problem.  There are bugs in Fortran77 binding<br>
configure tests that prevent one from using windows version of ifort on<br>
cygwin, namely these tests hardwire &quot;.o&quot; as object file extension instead<br>
of using the portable OBJEXT (same for EXEEXT).  I created a bug report for<br>
this problem...<br>
<br>
<a href="https://trac.mcs.anl.gov/projects/mpich2/ticket/1111" target="_blank">https://trac.mcs.anl.gov/projects/mpich2/ticket/1111</a><br>
<br>
A.Chan<br>
<div><div></div><div><br>
----- &quot;Kunal Rao&quot; &lt;<a href="mailto:kunalgrao@gmail.com" target="_blank">kunalgrao@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
<br>
&gt; Hi Jayesh,<br>
&gt;<br>
&gt;   Thanks for your reply. Well, I tried compiling MPICH2 with Intel<br>
&gt; compiler<br>
&gt; but it failed during &quot;configure&quot; with the following error message:<br>
&gt;<br>
&gt; -------------------<br>
&gt;<br>
&gt; configure: error: Unable to configure with Fortran support because<br>
&gt; configure<br>
&gt; could not determine the size of a Fortran INTEGER.  Consider setting<br>
&gt; CROSS_F77<br>
&gt; _SIZEOF_INTEGER to the length in bytes of a Fortran INTEGER<br>
&gt;<br>
&gt; -------------------<br>
&gt;<br>
&gt; I am attaching the config.log created while configuring MPICH2 with<br>
&gt; Intel<br>
&gt; compiler.<br>
&gt;<br>
&gt; So as of now, MPICH2 and parallel netcdf are built with gcc and<br>
&gt; gfortran.<br>
&gt; Whereas my application is being built with Intel compiler (it is a<br>
&gt; requirement to use Intel compiler). So, there is some naming<br>
&gt; convention<br>
&gt; issue here I guess.<br>
&gt;<br>
&gt; Thanks &amp; Regards,<br>
&gt; Kunal<br>
&gt; On Mon, Oct 4, 2010 at 10:16 AM, Jayesh Krishna &lt;<a href="mailto:jayesh@mcs.anl.gov" target="_blank">jayesh@mcs.anl.gov</a>&gt;<br>
&gt; wrote:<br>
&gt;<br>
&gt; &gt; Hi,<br>
&gt; &gt;  Did you try using the same compiler (Intel compiler) for building<br>
&gt; MPICH2,<br>
&gt; &gt; netcdf &amp; your application ?<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; Regards,<br>
&gt; &gt; Jayesh<br>
&gt; &gt; ----- Original Message -----<br>
&gt; &gt; From: &quot;Kunal Rao&quot; &lt;<a href="mailto:kunalgrao@gmail.com" target="_blank">kunalgrao@gmail.com</a>&gt;<br>
&gt; &gt; To: <a href="mailto:mpich-discuss@mcs.anl.gov" target="_blank">mpich-discuss@mcs.anl.gov</a><br>
&gt; &gt;   Cc: <a href="mailto:parallel-netcdf@lists.mcs.anl.gov" target="_blank">parallel-netcdf@lists.mcs.anl.gov</a><br>
&gt; &gt; Sent: Monday, October 4, 2010 11:19:04 AM GMT -06:00 US/Canada<br>
&gt; Central<br>
&gt; &gt; Subject: Re: [mpich-discuss] Linking problem (underscore prefix)<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; Hi<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; As discussed before, I was able to create the parallel netcdf<br>
&gt; library on<br>
&gt; &gt; Windows using the cygwin environment. I am having some issues while<br>
&gt; linking<br>
&gt; &gt; this library with my application built with intel compilers ( I am<br>
&gt; using<br>
&gt; &gt; intel compilers also through cygwin ).<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; I know this kind of setup is not supported, but I would like to get<br>
&gt; your<br>
&gt; &gt; inputs on this. Here is what I did:<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; 1) The libpnetcdf.a library was created in /usr/local/lib folder. I<br>
&gt; built<br>
&gt; &gt; libpnetcdf.lib library from this *.a library through the lib.exe<br>
&gt; tool as<br>
&gt; &gt; follows:<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; $ lib.exe /OUT:libpnetcdf.lib libpnetcdf.a<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; 2) Now, I am trying to link this libpnetcdf.lib library with my<br>
&gt; application<br>
&gt; &gt; ( using Intel compilers for building the application ). But while<br>
&gt; linking, I<br>
&gt; &gt; am getting 28 unresolved external symbol (all related to the<br>
&gt; libpnetcdf.lib<br>
&gt; &gt; library) errors such as this:<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; ------------<br>
&gt; &gt; io_ncmpi_def_dims.o : error LNK2019: unresolved external symbol<br>
&gt; &gt; ncmpi_def_dim referenced in function io_ncmpi_def_dims_<br>
&gt; &gt; -----------<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; 3) When I checked in io_ncmpi_def_dim.o file for the symbol using :<br>
&gt; $<br>
&gt; &gt; dumpbin.exe /SYMBOLS io_ncmpi_def_dim.o<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; I see this symbol as follows:<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; -----------<br>
&gt; &gt; 008 00000000 UNDEF notype () External | ncmpi_def_dim<br>
&gt; &gt; -----------<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; 4) When I check the same symbol in the libpnetcdf.lib library, I see<br>
&gt; it as<br>
&gt; &gt; follows:<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; -----------<br>
&gt; &gt; 01B 00000000 UNDEF notype () External | _ncmpi_def_dim<br>
&gt; &gt; -----------<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; So basically, there is an underscore prefix in the symbol in the<br>
&gt; library<br>
&gt; &gt; where as it is not there in the object file. Any thoughts on how to<br>
&gt; resolve<br>
&gt; &gt; this ?<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; Thanks &amp; Regards,<br>
&gt; &gt; Kunal<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; On Sat, Oct 2, 2010 at 7:11 PM, Kunal Rao &lt; <a href="mailto:kunalgrao@gmail.com" target="_blank">kunalgrao@gmail.com</a> &gt;<br>
&gt; wrote:<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; Hi<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; I was able to configure and build the parallel netcdf library on<br>
&gt; Windows<br>
&gt; &gt; using the cygwin environment and MPICH2 as the MPI implementation. I<br>
&gt; still<br>
&gt; &gt; have to check if this library works with the application that I am<br>
&gt; trying to<br>
&gt; &gt; link it to.<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; Here are the steps that I have followed:<br>
&gt; &gt; a) Downloaded the MPICH2 source code (1.2.1p1) from<br>
&gt; &gt; <a href="http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2/" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2/</a><br>
&gt; &gt; b) Did the regular configure/make/make install steps in the cygwin<br>
&gt; &gt; environment in Windows.<br>
&gt; &gt; ( set C compiler as gcc and Fortran compiler as gfortran)<br>
&gt; &gt; c) Downloaded parallel netcdf (parallel-netcdf-1.2.0.tar.gz) from<br>
&gt; &gt; <a href="http://trac.mcs.anl.gov/projects/parallel-netcdf/wiki/Download" target="_blank">http://trac.mcs.anl.gov/projects/parallel-netcdf/wiki/Download</a><br>
&gt; &gt; d) Again, did the regular configure/make/make install steps for<br>
&gt; parallel<br>
&gt; &gt; netcdf in cygwin environment in Windows and used the previously<br>
&gt; built MPICH2<br>
&gt; &gt; as the mpi implementation ( for the --with-mpi option)<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; The steps went fine and the libpnetcdf.a library has been built on<br>
&gt; Windows<br>
&gt; &gt; through the cygwin environment. I will next check if this links<br>
&gt; properly and<br>
&gt; &gt; works with the application.<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; Thanks &amp; Regards,<br>
&gt; &gt; Kunal<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; On Sat, Oct 2, 2010 at 2:49 PM, Jayesh Krishna &lt; <a href="mailto:jayesh@mcs.anl.gov" target="_blank">jayesh@mcs.anl.gov</a><br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; wrote:<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; Hi,<br>
&gt; &gt; As Rob mentioned the error might be due to the way netcdf checks for<br>
&gt; MPI-IO<br>
&gt; &gt; support.<br>
&gt; &gt; Can you give us details on how you configure netcdf with MPICH2 ?<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; (PS: MPI-IO is available with MPICH2 on windows even if you use the<br>
&gt; &gt; installers for your installation.)<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; Regards,<br>
&gt; &gt; Jayesh<br>
&gt; &gt; ----- Original Message -----<br>
&gt; &gt; From: &quot;Kunal Rao&quot; &lt; <a href="mailto:kunalgrao@gmail.com" target="_blank">kunalgrao@gmail.com</a> &gt;<br>
&gt; &gt; To: <a href="mailto:mpich-discuss@mcs.anl.gov" target="_blank">mpich-discuss@mcs.anl.gov</a><br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; Sent: Saturday, October 2, 2010 12:08:52 PM GMT -06:00 US/Canada<br>
&gt; Central<br>
&gt; &gt; Subject: Re: [mpich-discuss] query on MPICH2 on Windows<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; Hi<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; Initially, I had used the installers availabe at the MPICH 2 website<br>
&gt; and<br>
&gt; &gt; that was giving the error mentioned before. I then, downloaded<br>
&gt; &gt; the source code and built MPICH2 from that (configure/make/make<br>
&gt; install) in<br>
&gt; &gt; cygwin and linked this MPI while configuring parallel<br>
&gt; &gt; netcdf. Now, it is not giving that error and it moved ahead.<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; Thanks &amp; Regards,<br>
&gt; &gt; Kunal<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; On Fri, Oct 1, 2010 at 8:18 PM, Jayesh Krishna &lt; <a href="mailto:jayesh@mcs.anl.gov" target="_blank">jayesh@mcs.anl.gov</a><br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; wrote:<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; Hi,<br>
&gt; &gt; Did you build MPICH2 from source (configure/make/make install) under<br>
&gt; cygwin<br>
&gt; &gt; environment ? Or did you install MPICH2 using installers available<br>
&gt; at the<br>
&gt; &gt; MPICH2 website ?<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; Regards,<br>
&gt; &gt; Jayesh<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; ----- Original Message -----<br>
&gt; &gt; From: &quot;Kunal Rao&quot; &lt; <a href="mailto:kunalgrao@gmail.com" target="_blank">kunalgrao@gmail.com</a> &gt;<br>
&gt; &gt; To: <a href="mailto:mpich-discuss@mcs.anl.gov" target="_blank">mpich-discuss@mcs.anl.gov</a><br>
&gt; &gt; Sent: Friday, October 1, 2010 5:01:38 PM GMT -06:00 US/Canada<br>
&gt; Central<br>
&gt; &gt; Subject: [mpich-discuss] query on MPICH2 on Windows<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; Hi<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; Does MPICH2 on Microsoft Windows support MPI-IO ?<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; I was checking on this site<br>
&gt; &gt; <a href="http://www.mcs.anl.gov/research/projects/romio/" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/research/projects/romio/</a> where it says that<br>
&gt; ROMIO<br>
&gt; &gt; is included as a part of MPICH 2.<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; The reason I ask this is because I am trying to configure parallel<br>
&gt; netcdf<br>
&gt; &gt; library on Windows through the cygwin environment. While doing<br>
&gt; &quot;configure&quot;<br>
&gt; &gt; it stops with the following message:<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; ----------------<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; checking MPI-IO support in MPI implementation... configure: error:<br>
&gt; mpi<br>
&gt; &gt; implementation does not support MPI-IO<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; ---------------<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; The MPI implementation I used is MPICH2 which I was assuming<br>
&gt; supported<br>
&gt; &gt; MPI-IO on Windows as well. I tried using MSMPI but even that stopped<br>
&gt; with<br>
&gt; &gt; the same message. Any thoughts on this ?<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; Thanks &amp; Regards,<br>
&gt; &gt; Kunal<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; _______________________________________________<br>
&gt; &gt; mpich-discuss mailing list<br>
&gt; &gt; <a href="mailto:mpich-discuss@mcs.anl.gov" target="_blank">mpich-discuss@mcs.anl.gov</a><br>
&gt; &gt; <a href="https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/mpich-discuss" target="_blank">https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/mpich-discuss</a><br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; _______________________________________________<br>
&gt; &gt; mpich-discuss mailing list<br>
&gt; &gt; <a href="mailto:mpich-discuss@mcs.anl.gov" target="_blank">mpich-discuss@mcs.anl.gov</a><br>
&gt; &gt; <a href="https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/mpich-discuss" target="_blank">https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/mpich-discuss</a><br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; _______________________________________________<br>
&gt; &gt; mpich-discuss mailing list<br>
&gt; &gt; <a href="mailto:mpich-discuss@mcs.anl.gov" target="_blank">mpich-discuss@mcs.anl.gov</a><br>
&gt; &gt; <a href="https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/mpich-discuss" target="_blank">https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/mpich-discuss</a><br>
&gt; &gt;<br>
&gt;<br>
&gt; _______________________________________________<br>
&gt; mpich-discuss mailing list<br>
&gt; <a href="mailto:mpich-discuss@mcs.anl.gov" target="_blank">mpich-discuss@mcs.anl.gov</a><br>
&gt; <a href="https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/mpich-discuss" target="_blank">https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/mpich-discuss</a><br>
_______________________________________________<br>
mpich-discuss mailing list<br>
<a href="mailto:mpich-discuss@mcs.anl.gov" target="_blank">mpich-discuss@mcs.anl.gov</a><br>
<a href="https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/mpich-discuss" target="_blank">https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/mpich-discuss</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div></div>
</div></div></blockquote></div><br></div>