<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">

</head>

<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">

can you generate the same mesh in a exodus format? If you can, use the exo2nek script to convert the mesh in a re2 file.

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">Marco</div>

<div class=""><br class="">

<div>

<blockquote type="cite" class="">

<div class="">On Nov 14, 2017, at 9:36 AM, <a href="mailto:nek5000-users@lists.mcs.anl.gov" class="">

nek5000-users@lists.mcs.anl.gov</a> wrote:</div>

<br class="Apple-interchange-newline">

<div class="">

<div dir="auto" class="">

<div class=""></div>

<div class="">Note, this converter is not part of Nek5000 and not support by us. Yes this converter does not output the correct BC. </div>

<div class=""><br class="">

On 14 Nov 2017, at 08:13, "<a href="mailto:nek5000-users@lists.mcs.anl.gov" class="">nek5000-users@lists.mcs.anl.gov</a>" <<a href="mailto:nek5000-users@lists.mcs.anl.gov" class="">nek5000-users@lists.mcs.anl.gov</a>> wrote:<br class="">

<br class="">

</div>

<blockquote type="cite" class="">

<div class="">So your mesh has more than 1000 elements. I think that the way the python script is written the boundary conditions in a rea file is not correct. I had this issue in the past.<br class="">

<div class="">

<blockquote type="cite" class="">

<div class="">On Nov 14, 2017, at 9:02 AM, <a href="mailto:nek5000-users@lists.mcs.anl.gov" class="">

nek5000-users@lists.mcs.anl.gov</a> wrote:</div>

<br class="Apple-interchange-newline">

<div class="">

<div dir="ltr" class="">Its a 25X25 square grid in 2D. Im trying to extrude this with 10 elements in the z direction.<br class="">

</div>

<br class="">

<div class="gmail_quote">

<div dir="ltr" class="">On Tue, Nov 14, 2017 at 8:13 AM <<a href="mailto:nek5000-users@lists.mcs.anl.gov" class="">nek5000-users@lists.mcs.anl.gov</a>> wrote:<br class="">

</div>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

<div style="word-wrap:break-word" class="">What is the number of elements in your mesh?</div>

<div style="word-wrap:break-word" class=""><br class="">

<div class="">

<blockquote type="cite" class="">

<div class="">On Nov 13, 2017, at 11:40 PM, <a href="mailto:nek5000-users@lists.mcs.anl.gov" target="_blank" class="">

nek5000-users@lists.mcs.anl.gov</a> wrote:</div>

<br class="m_-4113089898437144111Apple-interchange-newline">

<div class="">

<p dir="ltr" class="">Gmsh to .rea using CPraveen's python mesh converter.</p>

<br class="">

<div class="gmail_quote">

<div dir="ltr" class="">On Mon, Nov 13, 2017, 10:52 PM <<a href="mailto:nek5000-users@lists.mcs.anl.gov" target="_blank" class="">nek5000-users@lists.mcs.anl.gov</a>> wrote:<br class="">

</div>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

Looks like the boundary conditions in your .rea file are somehow messed up. How do you generate you .rea?<br class="">

<br class="">

-----Original message-----<br class="">

> <a href="mailto:From%3Anek5000-users@lists.mcs.anl.gov" target="_blank" class="">

From:nek5000-users@lists.mcs.anl.gov</a> <<a href="mailto:nek5000-users@lists.mcs.anl.gov" target="_blank" class="">nek5000-users@lists.mcs.anl.gov</a>><br class="">

> Sent: Tuesday 14th November 2017 4:47<br class="">

> To: <a href="mailto:nek5000-users@lists.mcs.anl.gov" target="_blank" class="">nek5000-users@lists.mcs.anl.gov</a><br class="">

> Subject: [Nek5000-users] n2to3 mesh size error<br class="">

><br class="">

> Hi all,<br class="">

><br class="">

> I keep running into an error whenever I want to use n2to3 to extrude my mesh from 2 dimensions to 3. My workflow is as follows:<br class="">

><br class="">

> gmsh .geo file -> gmsh .msh file -> .rea file -> n2to3 > .rea (3D) file.<br class="">

><br class="">

> Now if the original 2D .rea file obtained from gmsh contains less than 1000 elements, n2to3 fails with the error<br class="">

><br class="">

> At line 651 of file n2to3.f (unit = 10, file = msh_test.rea)<br class="">

> Fortran runtime error: Bad value during integer read<br class="">

><br class="">

> However, should this not be the case (mesh size > 1000) its all smooth sailing. The trouble is with a mesh of that size my processor and memory requirements quickly blow up.<br class="">

><br class="">

> Incidentally, genmap fails under almost exactly the same conditions.<br class="">

><br class="">

> Is there a lower limit to mesh size issue for nek5000 that Im missing here?<br class="">

><br class="">

> Sincerely,<br class="">

> --<br class="">

> Amitvikram Dutta<br class="">

> Graduate Research Assistant<br class="">

> Fluid Mechanics Research Lab<br class="">

> University of Waterloo<br class="">

> _______________________________________________<br class="">

> Nek5000-users mailing list<br class="">

> <a href="mailto:Nek5000-users@lists.mcs.anl.gov" target="_blank" class="">Nek5000-users@lists.mcs.anl.gov</a><br class="">

> <a href="https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/nek5000-users" rel="noreferrer" target="_blank" class="">

https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/nek5000-users</a><br class="">

_______________________________________________<br class="">

Nek5000-users mailing list<br class="">

<a href="mailto:Nek5000-users@lists.mcs.anl.gov" target="_blank" class="">Nek5000-users@lists.mcs.anl.gov</a><br class="">

<a href="https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/nek5000-users" rel="noreferrer" target="_blank" class="">https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/nek5000-users</a><br class="">

</blockquote>

</div>

<div dir="ltr" class="">-- <br class="">

</div>

<div class="m_-4113089898437144111gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature">

<div dir="ltr" class="">

<p dir="ltr" class=""><b class=""><font color="#000033" class="">Amitvikram Dutta</font></b></p>

<p dir="ltr" class="">Graduate Research Assistant</p>

<p dir="ltr" class="">Fluid Mechanics Research Lab</p>

<p dir="ltr" class="">University of Waterloo</p>

</div>

</div>

_______________________________________________<br class="">

Nek5000-users mailing list<br class="">

<a href="mailto:Nek5000-users@lists.mcs.anl.gov" target="_blank" class="">Nek5000-users@lists.mcs.anl.gov</a><br class="">

<a href="https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/nek5000-users" target="_blank" class="">https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/nek5000-users</a><br class="">

</div>

</blockquote>

</div>

<br class="">

</div>

_______________________________________________<br class="">

Nek5000-users mailing list<br class="">

<a href="mailto:Nek5000-users@lists.mcs.anl.gov" target="_blank" class="">Nek5000-users@lists.mcs.anl.gov</a><br class="">

<a href="https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/nek5000-users" rel="noreferrer" target="_blank" class="">https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/nek5000-users</a><br class="">

</blockquote>

</div>

<div dir="ltr" class="">-- <br class="">

</div>

<div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature">

<div dir="ltr" class="">

<p dir="ltr" class=""><b class=""><font color="#000033" class="">Amitvikram Dutta</font></b></p>

<p dir="ltr" class="">Graduate Research Assistant</p>

<p dir="ltr" class="">Fluid Mechanics Research Lab</p>

<p dir="ltr" class="">University of Waterloo</p>

</div>

</div>

_______________________________________________<br class="">

Nek5000-users mailing list<br class="">

<a href="mailto:Nek5000-users@lists.mcs.anl.gov" class="">Nek5000-users@lists.mcs.anl.gov</a><br class="">

<a href="https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/nek5000-users" class="">https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/nek5000-users</a><br class="">

</div>

</blockquote>

</div>

<br class="">

<pre class="">_______________________________________________<br class="">

Nek5000-users mailing list<br class="">

<a href="mailto:Nek5000-users@lists.mcs.anl.gov" class="">Nek5000-users@lists.mcs.anl.gov</a><br class="">

<a href="https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/nek5000-users" class="">https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/nek5000-users</a><br class="">

</pre>

</div>

</blockquote>

</div>

_______________________________________________<br class="">

Nek5000-users mailing list<br class="">

<a href="mailto:Nek5000-users@lists.mcs.anl.gov" class="">Nek5000-users@lists.mcs.anl.gov</a><br class="">

https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/nek5000-users<br class="">

</div>

</blockquote>

</div>

<br class="">

</div>

</body>

</html>