<html><head><meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=utf-8"></head><body dir="auto"><div></div><div>This looks like a bug. </div><div>Can you try with the latest version and run genmap again (this will produce a .ma2 file).  Make sure you have just a .ma2 and no .map in your case directory.</div><div><br></div><div>If this works I have to check why the old .map doesn’t.</div><div><br></div><div>Stefan</div><div><br>On 22 Sep 2017, at 13:56, "<a href="mailto:nek5000-users@lists.mcs.anl.gov">nek5000-users@lists.mcs.anl.gov</a>" <<a href="mailto:nek5000-users@lists.mcs.anl.gov">nek5000-users@lists.mcs.anl.gov</a>> wrote:<br><br></div><blockquote type="cite"><div>


<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
<meta name="Generator" content="Kopano HTML builder 1.0">
<title></title>


<!-- Converted from text/plain format -->

<p><font style="font-family: courier" size="2">
Stefan,<br>
<br>
below is the log file of the run:<br>
<br>
|      _   __ ______ __ __  ______  ____   ____   ____     |<br>
|     / | / // ____// //_/ / ____/ / __ \\/ __ \\/ __ \\   |<br>
|    /  |/ // __/  / ,<   /___ \\ / / / // / / // / / /    |<br>
|   / /|  // /___ / /| | ____/ / / /_/ // /_/ // /_/ /     |<br>
|  /_/ |_//_____//_/ |_|/_____/  \\___/ \\___/ \\___/      |<br>
|                                                          |<br>
|----------------------------------------------------------|<br>
|                                                          |<br>
| NEK5000:  Open Source Spectral Element Solver            |<br>
| COPYRIGHT (c) 2008-2017 UCHICAGO ARGONNE, LLC            |<br>
| Version:  17.0.0-dev                                     |<br>
| Web:      <a href="http://nek5000.mcs.anl.gov">http://nek5000.mcs.anl.gov</a>                     |<br>
|                                                          |<br>
\\----------------------------------------------------------/<br>
<br>
<br>
 Number of processors:        1024<br>
 REAL    wdsize      :           8<br>
 INTEGER wdsize      :           4<br>
 Timer accuracy      : 9.54E-08<br>
<br>
 Reading /home/mxd/Nek5000/run/actasys/3d-model/actuatorA.rea<br>
 Switch on stress formulation to support PN/PN and IFUSERVP=T<br>
 Reading /home/mxd/Nek5000/run/actasys/3d-model/actuatorA.re2<br>
 mapping elements to processors<br>
 Reading /home/mxd/Nek5000/run/actasys/3d-model/actuatorA.map<br>
<br>
I run my case with 1024 processors as suggested by Paul. The run hung for two hours before reaching the wall time.<br>
<br>
Marco<br>
> On Sep 22, 2017, at 3:09 AM, <a href="mailto:nek5000-users@lists.mcs.anl.gov">nek5000-users@lists.mcs.anl.gov</a> wrote:<br>
> <br>
> Marco,<br>
> <br>
> can you please post your logfile. What version of Nek5000 do you use?<br>
> <br>
> Cheers,<br>
> Stefan<br>
> <br>
> -----Original message-----<br>
>> From:<a href="mailto:nek5000-users@lists.mcs.anl.gov">nek5000-users@lists.mcs.anl.gov</a> <<a href="mailto:nek5000-users@lists.mcs.anl.gov">nek5000-users@lists.mcs.anl.gov</a>><br>
>> Sent: Friday 22nd September 2017 2:40<br>
>> To: <a href="mailto:nek5000-users@lists.mcs.anl.gov">nek5000-users@lists.mcs.anl.gov</a><br>
>> Subject: Re: [Nek5000-users] Simulation hanging at 'mapping elements to processors'<br>
>> <br>
>> Hi Paul,<br>
>> <br class="" /><br>
>> thanks for the help. I will give it a try tomorrow. I am indeed using the XXT coarse grid solver.<br>
>> <br class="" /><br>
>> Marco<br>
>> <br class="" /><br>
>> On Sep 21, 2017, at 6:49 PM, <br>
>> <a href="mailto:nek5000-users@lists.mcs.anl.gov">nek5000-users@lists.mcs.anl.gov</a> <<a href="mailto:nek5000-users@lists.mcs.anl.gov">mailto:nek5000-users@lists.mcs.anl.gov</a>> <<a href="mailto:Nek5000-users@lists.mcs.anl.gov">Nek5000-users@lists.mcs.anl.gov</a> <<a href="mailto:Nek5000-users@lists.mcs.anl.gov">mailto:Nek5000-users@lists.mcs.anl.gov</a>>> wrote:<br>
>> <br class="Apple-interchange-newline" /><br>
>> <br class="Apple-interchange-newline" /><br>
>> Hi Marco,<br>
>> <br class="" /><br>
>> I'm not 100 % about the hanging point, but I suggest - especially for larger problems like this - running on a power of 2 processors (i.e., 1024 in your case).<br>
>> <br class="" /><br>
>> This is particularly critical for performance when the XXT (default) coarse grid solver is used.  Less so, perhaps, for the AMG coarse solver...I'm assuming you're using the XXT one - but not certain.<br>
>> <br class="" /><br>
>> Best,<br>
>> <br class="" /><br>
>> Paul<br>
>> <br class="" /><br>
>> -----------<br>
>> From: Nek5000-users <<a href="mailto:nek5000-users-bounces@lists.mcs.anl.gov">nek5000-users-bounces@lists.mcs.anl.gov</a> <<a href="mailto:nek5000-users-bounces@lists.mcs.anl.gov">mailto:nek5000-users-bounces@lists.mcs.anl.gov</a>>><br>
>> on behalf of <a href="mailto:nek5000-users@lists.mcs.anl.gov">nek5000-users@lists.mcs.anl.gov</a> <<a href="mailto:nek5000-users@lists.mcs.anl.gov">mailto:nek5000-users@lists.mcs.anl.gov</a>> <<a href="mailto:nek5000-users@lists.mcs.anl.gov">nek5000-users@lists.mcs.anl.gov</a> <<a href="mailto:nek5000-users@lists.mcs.anl.gov">mailto:nek5000-users@lists.mcs.anl.gov</a>>><br class="" /><br>
>> Sent: Thursday, September 21, 2017 3:37:55 PM<br class="" /><br>
>> To: <a href="mailto:Nek5000-users@lists.mcs.anl.gov">Nek5000-users@lists.mcs.anl.gov</a> <<a href="mailto:Nek5000-users@lists.mcs.anl.gov">mailto:Nek5000-users@lists.mcs.anl.gov</a>><br class="" /><br>
>> Subject: [Nek5000-users] Simulation hanging at 'mapping elements to processors'<br>
>> Hello,<br class="" /><br>
>> <br class="" /><br>
>> I am trying to run a simulation that has ~500,000 elements on 1280 processors with lx1=4 for debugging purposes. My simulation hangs after outputting 'mapping elements to processors’. I generated the mesh with Cubit and then used the exo2nek script to get the<br>
>> re2 file. Genmap runs fine on the re2 file.<br class="" /><br>
>> <br class="" /><br>
>> I was wondering if this problem has been encountered in the past, and what I could do to fix it.<br class="" /><br>
>> <br class="" /><br>
>> Thanks,<br class="" /><br>
>> Marco<br class="" /><br>
>> <br class="" /><br>
>> _______________________________________________<br class="" /><br>
>> Nek5000-users mailing list<br class="" /><br>
>> <a href="mailto:Nek5000-users@lists.mcs.anl.gov">Nek5000-users@lists.mcs.anl.gov</a> <<a href="mailto:Nek5000-users@lists.mcs.anl.gov">mailto:Nek5000-users@lists.mcs.anl.gov</a>><br class="" /><br>
>> <a href="https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/nek5000-users">https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/nek5000-users</a> <<a href="https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/nek5000-users">https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/nek5000-users</a>><br class="" /><br>
>> _______________________________________________<br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="" /><br>
>> Nek5000-users<br>
>> mailing list<br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="" /><br>
>> <a href="mailto:Nek5000-users@lists.mcs.anl.gov">Nek5000-users@lists.mcs.anl.gov</a> <<a href="mailto:Nek5000-users@lists.mcs.anl.gov">mailto:Nek5000-users@lists.mcs.anl.gov</a>><br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="" /><br>
>> <a href="https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/nek5000-users">https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/nek5000-users</a> <<a href="https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/nek5000-users">https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/nek5000-users</a>><br class="" /><br>
>> _______________________________________________<br>
>> Nek5000-users mailing list<br>
>> <a href="mailto:Nek5000-users@lists.mcs.anl.gov">Nek5000-users@lists.mcs.anl.gov</a><br>
>> <a href="https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/nek5000-users">https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/nek5000-users</a><br>
> _______________________________________________<br>
> Nek5000-users mailing list<br>
> <a href="mailto:Nek5000-users@lists.mcs.anl.gov">Nek5000-users@lists.mcs.anl.gov</a><br>
> <a href="https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/nek5000-users">https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/nek5000-users</a><br>
<br>
_______________________________________________<br>
Nek5000-users mailing list<br>
<a href="mailto:Nek5000-users@lists.mcs.anl.gov">Nek5000-users@lists.mcs.anl.gov</a><br>
<a href="https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/nek5000-users">https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/nek5000-users</a><br>
</font>
</p>

</div></blockquote></body></html>