<div dir="ltr"><div><div>Dear NEK users, <br><br></div>I am trying to compile nek model on NERSC machines edison/hopper, encountering an error. Tail of the compilation message is as below:<br><br></div>_____________________________________________________________________ <br><div>/global/homes/r/rtumkur/nek5_svn/trunk/nek/prepost.f(2482): warning #5117: Bad # preprocessor line<br>#ifdef MPIIO<br>-^<br>/global/homes/r/rtumkur/nek5_svn/trunk/nek/prepost.f(2484): warning #5117: Bad # preprocessor line<br>#else<br>-^<br>/global/homes/r/rtumkur/nek5_svn/trunk/nek/prepost.f(2486): warning #5117: Bad # preprocessor line<br>#endif<br>-^<br>compilation aborted for /global/homes/r/rtumkur/nek5_svn/trunk/nek/prepost.f (code 1)<br>make: *** [obj/prepost.o] Error 1<br>make: *** Waiting for unfinished jobs....<br>ifort: command line warning #10006: ignoring unknown option '-Mpreprocess'<br>____________________________________________________________________<br><br>Here are the steps I have taken leading up the error. I downloaded the <br clear="all"><div><div><br></div><div>1. Downloaded and build the nek <br><pre><span style="font-family:monospace,monospace">svn co <a rel="nofollow" class="" href="https://svn.mcs.anl.gov/repos/nek5/">https://svn.mcs.anl.gov/repos/nek5/</a> nek5_svn<br></span></pre><pre><span style="font-family:monospace,monospace">cd nek5_svn/trunk/tools/<br></span></pre><span style="font-family:monospace,monospace">./maketools all</span><br><br></div><div>2. Updated the makenek file as per the instructions provide at the link <a href="https://www.nersc.gov/users/computational-systems/hopper/programming/compiling-codes-on-hopper/#toc-anchor-6">https://www.nersc.gov/users/computational-systems/hopper/programming/compiling-codes-on-hopper/#toc-anchor-6</a> <br><br></div><div>Accordingly, I have loaded Intel compiler module and specified the wrapper in makenek:<br><br><br># Fortran compiler<br>F77="ftn"<br><br># C compiler<br>CC="cc"<br><br></div><div>Also included OpenMP Compilation in the general compiler flag:<br><br># generic compiler flags<br>G="-g -openmp"<br><br></div><div>3. Compiled the code <br><br></div><div>makenek sprcyl<br><br></div><div>Any help in resolving this error is much appreciated. <br></div><div><br></div><div>I have inserted the SIZE file and makenek file for your reference.<br><br></div><div>____________________SIZE___________________________<br>C     Dimension file to be included<br>C<br>C     HCUBE array dimensions<br>C<br>      parameter (ldim=2)<br>      parameter (lx1=6,ly1=lx1,lz1=1,lelt=1500,lelv=lelt)<br>      parameter (lxd=9,lyd=lxd,lzd=1)<br>      parameter (lelx=1,lely=1,lelz=1)<br><br>      parameter (lp   = 32768)<br>      parameter (lelg = 50000)<br><br>      parameter (lzl=3 + 2*(ldim-3))<br>c<br>      parameter (lx2=lx1-2)<br>      parameter (ly2=ly1-2)<br>      parameter (lz2=lz1  )<br>      parameter (lx3=lx1)<br>      parameter (ly3=ly1)<br>      parameter (lz3=lz1)<br>c<br>c     parameter (lpelv=lelv,lpelt=lelt,lpert=3)  ! perturbation<br>c     parameter (lpx1=lx1,lpy1=ly1,lpz1=lz1)     ! array sizes<br>c     parameter (lpx2=lx2,lpy2=ly2,lpz2=lz2)<br>c<br>      parameter (lpelv=1,lpelt=1,lpert=1)        ! perturbation<br>      parameter (lpx1=1,lpy1=1,lpz1=1)           ! array sizes<br>      parameter (lpx2=1,lpy2=1,lpz2=1)<br>c<br>c<br>c     parameter (lbelv=lelv,lbelt=lelt)          ! MHD<br>c     parameter (lbx1=lx1,lby1=ly1,lbz1=lz1)     ! array sizes<br>c     parameter (lbx2=lx2,lby2=ly2,lbz2=lz2)<br>c<br>      parameter (lbelv=1,lbelt=1)                ! MHD<br>      parameter (lbx1=1,lby1=1,lbz1=1)           ! array sizes<br>      parameter (lbx2=1,lby2=1,lbz2=1)<br>c<br>C LX1M=LX1 when there are moving meshes; =1 otherwise<br>      parameter (lx1m=lx1,ly1m=ly1,lz1m=lz1)<br>      parameter (ldimt= 1)                       ! 3 passive scalars + T<br>      parameter (ldimt1=ldimt+1)<br>      parameter (ldimt3=ldimt+3)<br>c<br>c     Note:  In the new code, LELGEC should be about sqrt(LELG)<br>c<br>      PARAMETER (LELGEC = 1)<br>      PARAMETER (LXYZ2  = 1)<br>      PARAMETER (LXZ21  = 1)<br>c<br>      PARAMETER (LMAXV=LX1*LY1*LZ1*LELV)<br>      PARAMETER (LMAXT=LX1*LY1*LZ1*LELT)<br>      PARAMETER (LMAXP=LX2*LY2*LZ2*LELV)<br>      PARAMETER (LXZ=LX1*LZ1)<br>      PARAMETER (LORDER=3)<br>      PARAMETER (MAXOBJ=4,MAXMBR=LELT*6,lhis=100)<br><br>C<br>C     Common Block Dimensions<br>C<br>      PARAMETER (LCTMP0 =2*LX1*LY1*LZ1*LELT)<br>      PARAMETER (LCTMP1 =4*LX1*LY1*LZ1*LELT)<br>C<br>C     The parameter LVEC controls whether an additional 42 field arrays<br>C     are required for Steady State Solutions.  If you are not using<br>C     Steady State, it is recommended that LVEC=1.<br>C<br>      PARAMETER (LVEC=1)<br>C<br>C     Uzawa projection array dimensions<br>C<br>      parameter (mxprev = 20)<br>      parameter (lgmres = 20)<br>C<br>C     Split projection array dimensions<br>C<br>      parameter(lmvec = 1)<br>      parameter(lsvec = 1)<br>      parameter(lstore=lmvec*lsvec)<br>c<br>c     NONCONFORMING STUFF<br>c<br>      parameter (maxmor = lelt)<br>C<br>C     Array dimensions<br>C<br>      COMMON/DIMN/NELV,NELT,NX1,NY1,NZ1,NX2,NY2,NZ2<br>     $,NX3,NY3,NZ3,NDIM,NFIELD,NPERT,NID<br>     $,NXD,NYD,NZD<br><br>c automatically added by makenek<br>      parameter(lxo   = lx1) ! max output grid size (lxo>=lx1)<br><br>c automatically added by makenek<br>      parameter(lpart = 1  ) ! max number of particles<br><br>c automatically added by makenek<br>      integer ax1,ay1,az1,ax2,ay2,az2<br>      parameter (ax1=lx1,ay1=ly1,az1=lz1,ax2=lx2,ay2=ly2,az2=lz2) ! running averages<br><br>c automatically added by makenek<br>      parameter (lxs=1,lys=lxs,lzs=(lxs-1)*(ldim-2)+1) !New Pressure Preconditioner<br><br>c automatically added by makenek<br>      parameter (lfdm=0)  ! == 1 for fast diagonalization method<br><br>c automatically added by makenek<br>      common/IOFLAG/nio  ! for logfile verbosity control<br>                                                                   <br></div><div>_____________________makenek (initial part)__________________<br><br>!/bin/bash<br># Nek5000 build config file<br># (c) 2008,2009,2010 UCHICAGO ARGONNE, LLC<br><br># source path<br>SOURCE_ROOT="$HOME/nek5_svn/trunk/nek"<br><br># Fortran compiler<br>F77="ftn"<br><br># C compiler<br>CC="cc"<br><br># pre-processor symbol list<br># (set PPLIST=? to get a list of available symbols)<br>#PPLIST="-openmp"<br><br># plug-in list<br>PLUGIN_LIST=""<br><br><br># OPTIONAL SETTINGS<br># -----------------<br><br># enable MPI (default true)<br>#IFMPI="false"<br><br># auxilliary files to compile<br># NOTE: source files have to located in the same directory as makenek<br>#       a makefile_usr.inc has to be provided containing the build rules<br>#USR="foo.o"<br><br># linking flags<br>#USR_LFLAGS="-L/usr/lib -lfoo"<br><br><br># generic compiler flags<br>G="-g -openmp"<br><br># optimization flags<br>#OPT_FLAGS_STD=""<br>#OPT_FLAGS_MAG=""<br><br># enable AMG coarse grid solver (default XXT)<br>#IFAMG="true"<br>#IFAMG_DUMP="true"<br><br># CVODE path<br>#CVODE_DIR=$HOME/cvode/lib<br><br># MOAB/iMESH path<br>#MOAB_DIR="$HOME/moab"<br><br># For linking to MOAB, the following might be needed:<br># NOTE: compiler specific, use the appropriate one depending on your compiler<br>#GNU="-fopenmp"<br><br></div><div><br><br></div><div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><span style="font-family:arial narrow,sans-serif"><font size="4">Ravi Kumar R. Tumkur</font>,<b>
</b><font size="4">PhD.</font><br>
Phone: <a value="+12177787538">217 778 7538</a></span></div></div>
</div></div></div></div>