<div dir="ltr"><div><div><div><div>Hi Saleh,<br><br></div>You can develop a shell script (for example a PBS script for your cluster), a .sh file, that you can submit to the queue. The .sh file would be very similar to the nekbmpi script, with some extra headers, that will specify, the number of nodes, type of job, wall clock time etc.<br><br>************************************************************************************************************<br>#! /bin/bash<br><br>#PBS -N turbChannel<br>#PBS -l walltime=400:00:00<br>#PBS -l nodes=6:ppn=16<br>#PBS -j oe<br>#PBS -o sparkyLog<br><br>cd $PBS_O_WORKDIR<br><br><br>jobName=turbChannel #name of the *.rea file<br>nprocs=96    #number of processors<br><br>echo $jobName        >  <a href="http://SESSION.NAME">SESSION.NAME</a><br>echo `pwd`'/' >>  <a href="http://SESSION.NAME">SESSION.NAME</a><br>touch $jobName.rea<br>rm -f logfile<br>rm -f ioinfo<br>mv $jobName.log.$nprocs $jobName.log1.$nprocs<br>mv $jobName.sch $jobName.sch1<br>mpiexec ./nek5000 > $jobName.log.$nprocs <br>sleep 2<br>ln $jobName.log.$nprocs logfile<br>rm -f <a href="http://SESSION.NAME">SESSION.NAME</a><br><br>**************************************************************************************************************<br><br></div>You can see a PBS script that I use to run the job; the script name staring from jobname, is  just the script of nekbmpi with the running variable names replaced by specific numeric and strings (jobname, number of processors etc.)<br><br></div>HtH,<br></div>Tanmoy<br></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div>Best Regards,<br></div>Tanmoy<br></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On Wed, Jan 14, 2015 at 8:57 PM,  <span dir="ltr"><<a href="mailto:nek5000-users@lists.mcs.anl.gov" target="_blank">nek5000-users@lists.mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi guys,<br>
<br>
I have a naive questions but I couldn't find my answer in existing posts.<br>
<br>
Is it possible to run Nek on several nodes, say, on a cluster? If so, which script should be used?<br>
<br>
A command like   /nekmpi eddy_uv 4/ does not help becaue on each node I have 8 CPUs but I'd like to have my 16 nodes (each have 12 CPUs) run together.<br>
<br>
Any help is appreciated.<br>
<br>
Saleh<br>
<br>
<br>
______________________________<u></u>_________________<br>
Nek5000-users mailing list<br>
<a href="mailto:Nek5000-users@lists.mcs.anl.gov" target="_blank">Nek5000-users@lists.mcs.anl.<u></u>gov</a><br>
<a href="https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/nek5000-users" target="_blank">https://lists.mcs.anl.gov/<u></u>mailman/listinfo/nek5000-users</a><br>
</blockquote></div><br></div>