<div style="line-height:1.7;color:#000000;font-size:14px;font-family:Arial"><div>I see, maybe the problem is specific to my machine too, my god. Thank you for your help.<br><br>Xianbei<br></div><br><br><br><br><div></div><div id="divNeteaseMailCard"></div><br>At 2014-06-05 01:35:31, nek5000-users@lists.mcs.anl.gov wrote:<br> <blockquote id="isReplyContent" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">




<div>I’m just launching the code as explained in the ‘quick start’ chapter of the user manual. On my computer I had a problem with the sleeping time specified in the nek script. This problem is specific to my machine, but the description of your problem reminded
 me it. However I don’t know if it is really related ! Good luck !</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<br>
<div>
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">
<div>Best regards,</div>
<div>Emmanuel</div>
</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<br class="Apple-interchange-newline">
</div>
<br>
<div>
<div>On 5 Jun 2014, at 14:58, <<a href="mailto:nek5000-users@lists.mcs.anl.gov">nek5000-users@lists.mcs.anl.gov</a>> <<a href="mailto:nek5000-users@lists.mcs.anl.gov">nek5000-users@lists.mcs.anl.gov</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<blockquote type="cite">
<div style="line-height: 1.7; font-size: 14px; font-family: Arial;">
<div>Hi, Emmanuel:<br>
     I try your method, while even if I change sleep to 10 sec, it still has the same error. Can you make it more clear about how you managed to run in different nodes? I mean how to setup and run, what's different with the common case?<br>
Best reguards<br>
Xianbei<br>
</div>
<br>
<br>
<br>
<br>
<div></div>
<div></div>
<br>
At 2014-06-05 12:57:27, <a href="mailto:nek5000-users@lists.mcs.anl.gov">nek5000-users@lists.mcs.anl.gov</a> wrote:<br>
<blockquote id="isReplyContent" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">
Hi all,
<div><br>
</div>
<div>I just would like to bring my experience because I had a similar problem. </div>
<div><br>
</div>
<div>In my case it appears that the mpiexec command takes some times to be executed, and it is not fully completed after the end of instruction “sleep 2” . So the command rm -f SESSION.NAME is executed before full execution of mpiexec. Consequently, nek can’t
 find the session file and it searches for nek.rea, which doesn’t exist.</div>
<div>In my case the problem appears for a cpu number > to 4.</div>
<div><br>
</div>
<div>I just added some more seconds to the sleeping time and everything works fine now. "Sleep 5" is reasonable in my case to be able to launch nek on 24 cpus.</div>
<div><br>
</div>
<div>Hope that helps !</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
<div>
<div style="letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">
<div>Best regards,</div>
<div>Emmanuel</div>
</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<br class="Apple-interchange-newline">
</div>
<br>
<div>
<div>On 5 Jun 2014, at 14:11, <<a href="mailto:nek5000-users@lists.mcs.anl.gov">nek5000-users@lists.mcs.anl.gov</a>> <<a href="mailto:nek5000-users@lists.mcs.anl.gov">nek5000-users@lists.mcs.anl.gov</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<blockquote type="cite">
<div style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;">
<div style="line-height: 1.7; font-size: 14px; font-family: Arial;">
<div>Hi,Paul:<br>
    I change this line:<br>
    mpiexec -np $2 ./nek5000 > $1.log.$2 &<br>
   to<br>
</div>
<div>   mpiexec -n $2 ./nek5000 > $1.log.$2 &<br>
   in nekbmpi and then changed the name to 'runnek' in each node<br>
   Then type ./runnek xxx 48<br>
   While the error still exsits.<br>
Xianbei<br>
</div>
<br>
<br>
<br>
<div></div>
<div></div>
<br>
At 2014-06-04 11:20:52,<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="mailto:nek5000-users@lists.mcs.anl.gov">nek5000-users@lists.mcs.anl.gov</a><span class="Apple-converted-space"> </span>wrote:<br>
<blockquote id="isReplyContent" style="padding-left: 1ex; margin: 0px 0px 0px 0.8ex; border-left-color: rgb(204, 204, 204); border-left-width: 1px; border-left-style: solid;">
<div style="direction: ltr; font-family: Tahoma; font-size: 10pt;">
<div><br>
</div>
Hi Xianbei,
<div><br>
</div>
<div>Have a look at the nekbmpi script and modify to match the job submission</div>
<div>procedure on your cluster.</div>
<div><br>
</div>
<div>Paul</div>
<div><br>
<div style="font-family: 'Times New Roman'; font-size: 16px;">
<hr tabindex="-1">
<div id="divRpF636972" style="direction: ltr;"><font face="Tahoma" size="2"><b>From:</b><span class="Apple-converted-space"> </span><a href="mailto:nek5000-users-bounces@lists.mcs.anl.gov">nek5000-users-bounces@lists.mcs.anl.gov</a><span class="Apple-converted-space"> </span>[<a href="mailto:nek5000-users-bounces@lists.mcs.anl.gov">nek5000-users-bounces@lists.mcs.anl.gov</a>]
 on behalf of<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="mailto:nek5000-users@lists.mcs.anl.gov">nek5000-users@lists.mcs.anl.gov</a><span class="Apple-converted-space"> </span>[<a href="mailto:nek5000-users@lists.mcs.anl.gov">nek5000-users@lists.mcs.anl.gov</a>]<br>
<b>Sent:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Wednesday, June 04, 2014 9:34 AM<br>
<b>To:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Nek5000<br>
<b>Subject:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>[Nek5000-users] How to run Nek5000 in cluster based on mpich?<br>
</font><br>
</div>
<div></div>
<div>
<div style="line-height: 1.7; font-size: 14px; font-family: Arial;">Hi,all:<br>
   I have just built a small cluster of computers, based on mpich.I have tested the capability of this cluster, each node can be called freely.  Now I want to do my simulation in it, however, I don't know how to run Nek. As known, on only 1 computer, one can
 do like this:<br>
  nekmpi XXX X<span class="Apple-converted-space"> </span><br>
or<br>
  nekbmpi XXX X<br>
  while this is not the case in the cluster! I believe most of you have tried this, I'll appreciate if anyone can give me some advice.<br>
Best regards<br>
Xianbei<span class="Apple-converted-space"> </span><br>
</div>
<br>
<br>
<span title="neteasefooter">
<div id="netease_mail_footer">
<div style="border-top-color: rgb(204, 204, 204); border-top-width: 1px; border-top-style: solid; padding: 10px 5px; font-size: 12px; color: rgb(102, 102, 102); line-height: 22px;">
来自网易手机号码邮箱<a id="mobile_set" href="http://shouji.163.com/" target="_blank" style="color: rgb(0, 0, 255);">了解更多</a></div>
</div>
</span></div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
<br>
<span title="neteasefooter">
<div id="netease_mail_footer">
<div style="border-top-color: rgb(204, 204, 204); border-top-width: 1px; border-top-style: solid; padding: 10px 5px; font-size: 12px; color: rgb(102, 102, 102); line-height: 22px;">
来自网易手机号码邮箱<a id="mobile_set" sys="1" log="1" logid="free_sms_20120504" href="http://shouji.163.com/" target="_blank" style="color: rgb(0, 0, 255);">了解更多</a></div>
</div>
</span>_______________________________________________<br>
Nek5000-users mailing list<br>
<a href="mailto:Nek5000-users@lists.mcs.anl.gov">Nek5000-users@lists.mcs.anl.gov</a><br>
<a href="https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/nek5000-users">https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/nek5000-users</a></div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
<br>
<span title="neteasefooter">
<div id="netease_mail_footer">
<div style="border-top:#CCCCCC 1px solid;padding:10px 5px;font-size:12px;color:#666;line-height:22px">
来自网易手机号码邮箱<a id="mobile_set" sys="1" log="1" logid="free_sms_20120504" href="http://shouji.163.com/" target="_blank" style="color:#0000FF">了解更多</a></div>
</div>
</span>_______________________________________________<br>
Nek5000-users mailing list<br>
<a href="mailto:Nek5000-users@lists.mcs.anl.gov">Nek5000-users@lists.mcs.anl.gov</a><br>
https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/nek5000-users<br>
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</blockquote></div><br><br><span title="neteasefooter"><span id="netease_mail_footer"><div id="netease_mail_footer"><div style="border-top:#CCCCCC 1px solid;padding:10px 5px;font-size:12px;color:#666;line-height:22px">来自网易手机号码邮箱<a id="mobile_set" sys="1" log=1 logid="free_sms_20120504" href="http://shouji.163.com" target="_blank" style="color:#0000FF">了解更多</a></div></div>
</span></span>