<div dir="ltr"><div><div><div>Hi,<br><br></div>It turns out the problem was with the genbox tool.  I have updated the makefile in trunk/tools to compile genbox in double precision.  This should take care of the problem and genmap should work as expected.<br>


<br></div>Be sure to do a clean recompile of genbox to enact the update.<br><br></div>Best,<br>Katie<br></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Jun 26, 2013 at 9:54 AM,  <span dir="ltr"><<a href="mailto:nek5000-users@lists.mcs.anl.gov" target="_blank">nek5000-users@lists.mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><br>
Hi Holly,<br>
<br>
I've posted this back to the list since it doesn't involve big<br>
data files and the resolution of the problem might be of interest<br>
to others.<br>
<br>
I think I see what's going on and have a couple ideas to fix it.<br>
<br>
Most likely, the reduction attained with 50 elements and a geomtric progression of 0.7 is wreaking havoc either in the .rea file or in<br>
the tolerances within genmap.  A significant issue here is that<br>
the file format in the .rea file is in limited precision --- I think<br>
we can change that with little difficulty and still be compatible<br>
with the workflow.   We'll look into that on our end.<br>
<br>
A reasonable work-around, which is what I typically do, would be<br>
to rescale your element coordinates inside nek, and just use a uniform mesh as the input.   I'll send along some code on how to<br>
do this shortly --- along with another approach that will also<br>
give you focused resolution at the origin without the high aspect<br>
ratio elements that will result from the tensor-product approach<br>
used here.<br>
<br>
Paul<br>
<br>
<br>
<br>
On Wed, 26 Jun 2013, Holly Johnson wrote:<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hi Paul,<br>
<br>
My mesh is actually quite simple, I've had to reduce it from a much more complicated version because Visit couldn't handle the number of elements I was using.<br>
<br>
This is my .box file :<br>
<br>
linear.rea<br>
2<br>
1<br>
#<br>
#      linear.box<br>
#<br>
Box<br>
-50 -50<br>
-3. 0. 0.7<br>
-3. 0. 0.7<br>
SYM,   ,v  ,<br>
Box<br>
-50 -50<br>
-3. 0. 0.7<br>
0. 3. 1.3<br>
SYM,   ,   ,O<br>
Box<br>
-50 -50<br>
0. 3. 1.3<br>
-3. 0. 0.7<br>
  ,SYM,v  ,<br>
Box<br>
-50 -50<br>
0. 3. 1.3<br>
0. 3. 1.3<br>
  ,SYM,   ,O<br>
<br>
I get the error for any mesh tolerance value when the scaling coefficients are _<_ 0.7 or _>_ 1.3. However it works fine for _>_0.8 and _<_1.2. I assume therefore it is that the elements of the mesh near the center of the grid are just too small?<br>


<br>
Thanks again for your help,<br>
<br>
Holly<br>
<br>
Holly Johnson<br>
Masters Student at ONERA - DAFE<br>
Département d'Aérodynamique Fondamentale et Expérimentale<br>
8, Rue des Vertugadins<br>
92190 - Meudon - France<br>
<br>
</blockquote>
<br>_______________________________________________<br>
Nek5000-users mailing list<br>
<a href="mailto:Nek5000-users@lists.mcs.anl.gov">Nek5000-users@lists.mcs.anl.gov</a><br>
<a href="https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/nek5000-users" target="_blank">https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/nek5000-users</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>