Thanks Tim. Gmsh+moab was my next question and you answered it. <div><br></div><div>I will try to see if it works. I made a mesh in gmsh with quadratic elements and mbconvert was able to convert it, atleast I get no error. Does this mean that nek will be able to use the curved element information contained in the mesh ? I see that gmsh can generate upto 5'th order elements (degree 5).</div>
<div><br></div><div>In gmsh I can group boundary faces into sets which are identified by an integer tag, which should help in specifying boundary condition.<br><br></div><div>praveen</div><div><br><div class="gmail_quote">
On Wed, Nov 28, 2012 at 8:17 PM,  <span dir="ltr"><<a href="mailto:nek5000-users@lists.mcs.anl.gov" target="_blank">nek5000-users@lists.mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div id=":3r">Note that this should be relatively trivial to do with the MOAB-based version of Nek (MOAB can read gmsh meshes already).  I'm not sure whether you can specify higher-order hexes in gmsh, but if you can, start by generating those (27-node hex).  Building and running Nek on MOAB is described in the Nek user's guide and on the nek wiki.  The examples/moab problem is a MOAB-based one, showing how to do this for a fluid-only problem; moab_conjht demonstrates it for a fluid/solid problem.  Note that the user documentation on text input is a bit out of date, so refer to the moab example rather than the user's guide for that (will take this as an indication I need to update the user's guide and wiki).<br>

<br>
As for boundary conditions, I'm not sure how this is represented in the gmsh files (whether groups of nodes/faces are indicated in the file, or whether a field on nodes/faces/sides is used to indicate this).  If the former, these should read into MOAB sets marked with NEUMANN_SET or DIRICHLET_SET tags; if the latter, you'll have to interpret this data in the .usr file to set the boundary conditions.<br>

<br>
MOAB's gmsh reader is not parallelized, so if you want to run this problem in parallel, you'll need to translate into MOAB's .h5m file format, then partition, as described in the wiki instructions.  Building MOAB builds also 'mbconvert', which converts between any file formats read/written by MOAB (for that matter, partitioning with MOAB's tool would allow you to read the gmsh file directly and output the partitioning info with the mesh to .h5m).<br>

<br>
- tim</div></blockquote></div><br></div>