<div dir='rtl'><p style="text-align: left; "><br><div style="text-align: left; direction: ltr; ">Hello all mpich users and developers.</div><div style="text-align: left; direction: ltr; ">I'm new to parallel libraries and I need your help. I am trying to install fftw-2.1.5 with mpi support on my computer which runs Windows 7 64bit on a dual-core processor. I installed cygwin and also mpich2-1.2.1 as my mpi libraries. I need this version of fftw to use with MIT's photonic bands program (aka mpb), since it doesn't work with fftw-3.x. I want to </div><div style="text-align: left; direction: ltr; "><br></div><div style="text-align: left; direction: ltr; ">My problem right now is to install fftw-2.1.5 with --enable-mpi. I pass the configure stage yet when I run make, I receive the following error</div><div style="text-align: left; direction: ltr; "><br></div><div style="text-align: left; direction: ltr; "><br></div><div style="text-align: left; direction: ltr; "><div mce_style="direction: ltr;" style="direction: ltr; ">libtool: link: warning: undefined symbols not allowed in i686-pc-cygwin shared libraries</div><div mce_style="direction: ltr;" style="direction: ltr; ">rm -fr .libs/librfftw_mpi.la .libs/librfftw_mpi.* .libs/librfftw_mpi.*</div><div mce_style="direction: ltr;" style="direction: ltr; ">ar cru .libs/librfftw_mpi.a  rfftwnd_mpi.o rfftw_f77_mpi.o</div><div mce_style="direction: ltr;" style="direction: ltr; ">ranlib .libs/librfftw_mpi.a</div><div mce_style="direction: ltr;" style="direction: ltr; ">creating librfftw_mpi.la</div><div mce_style="direction: ltr;" style="direction: ltr; ">(cd .libs && rm -f librfftw_mpi.la && ln -s ../librfftw_mpi.la librfftw_mpi.la)</div><div style="direction: ltr; text-align: left; " dir="ltr">mpicc -O3 -fomit-frame-pointer -fno-schedule-insns -fschedule-insns2 -malign-double -fstrict-aliasing -DH5_USE_16_API=1 -I/usr/local/include -L/usr/local/lib  test_sched.c   -o test_sched</div><div mce_style="direction: ltr;" style="direction: ltr; "><b>/tmp/ccApGYbh.o:test_sched.c:(.text+0x72): undefined reference to `_make_comm_schedule'</b></div><div mce_style="direction: ltr;" style="direction: ltr; "><b>/tmp/ccApGYbh.o:test_sched.c:(.text+0x88): undefined reference to `_check_comm_schedule'</b></div><div mce_style="direction: ltr;" style="direction: ltr; "><b>...</b></div><div mce_style="direction: ltr;" style="direction: ltr; "><b><many similar="" errors=""></many></b></div><div mce_style="direction: ltr;" style="direction: ltr; "><b>...</b></div><div mce_style="direction: ltr;" style="direction: ltr; "><b>/tmp/ccApGYbh.o:test_sched.c:(.text+0x22e): undefined reference to `_free_comm_schedule'</b></div><div mce_style="direction: ltr;" style="direction: ltr; "><b>collect2: ld returned 1 exit status</b></div><div mce_style="direction: ltr;" style="direction: ltr; "><builtin>: recipe for target `test_sched' failed</builtin></div><div mce_style="direction: ltr;" style="direction: ltr; ">make[1]: *** [test_sched] Error 1</div></div><div style="text-align: left; direction: ltr; "><br></div><div style="text-align: left; direction: ltr; "><br></div><div style="text-align: left; direction: ltr; "><div style="direction: ltr; ">I run mpd & in the background during the configure and install stages. I tried to set the configure in different ways:</div><div style="direction: ltr; ">./configure --prefix=/usr/local --enable-mpi CC=mpicc CXX=mpic++</div><div style="direction: ltr; ">./configure --prefix=/usr/local --enable-mpi CC=mpixx LINK=mpixx</div><div style="direction: ltr; ">./configure --prefix=/usr/local --enable-mpi F77="gfortran"</div><div style="direction: ltr; ">./configure --prefix=/usr/local --enable-mpi CC="mpicc -lstdc++"</div><div style="direction: ltr; "><br></div><div style="direction: ltr; ">but the error repeats.</div><div style="direction: ltr; "><br></div><div style="direction: ltr; ">I looked it up many times. I found this post, relating to RISM with fftw-2.1.5 and mpi</div><div style="direction: ltr; ">http://dev-archive.ambermd.org/201003/0363.html</div><div style="direction: ltr; "><br></div><div style="direction: ltr; ">I tired to bypass the test_sched test by removing test_sched from the FFTW_MPI_PROGLIST line in the configure file, but the error then occurs for the other test programs. This makes me think that my linking/building configurations in general are not right; and also I guess that the tests are there for a reason.</div><div style="direction: ltr; "><br></div><div style="direction: ltr; ">I manage to successfully build and install fftw-3.2.2 with --enable-mpi, but I know that mpb (the program that needs fftw) doesn't work with fftw-3.x</div><div style="direction: ltr; "><br></div><div style="direction: ltr; "><br></div><div style="direction: ltr; ">That being said and tried, it got me reading on mpich and mpd and I found out that there's a Windows library for parallel computing. So now I have another question (which I didn't find a proper answer for it on other posts): What is more effective for me to use on my dual-core processor - running cygwin as a normal application in windows, and through it run applications that uses the mpich libraries for parallel computing? or running cygwin using the mpiexec.exe and through it run applications (w/o parallel computing)?</div><div style="direction: ltr; "><br></div><div style="direction: ltr; "><br></div><div style="direction: ltr; ">Any help would be appreciated, and thanks in advance.</div></div></p></div><hr><div style="background-color:white;color:black;">Walla! Mail - <a href="http://newmail.walla.co.il" style="color:blue">Get your free unlimited mail today</a></div>