I got rid of the distinction between the last process and the others.  All processes now use:<br><br><b>int number_of_bytes = ceil((double)total_number_of_bytes /pool_size);<br></b><br>read_buffer = (char*) calloc(number_of_bytes, 1);<br>
...<br>my_offset = (MPI_Offset) my_rank * number_of_bytes;<br>...<br>MPI_File_seek(fh, my_offset, MPI_SEEK_SET);<br>...<br>MPI_File_read(fh, read_buffer, number_of_bytes_2, MPI_BYTE, &status);<br>...<br><br>This seems to work.  Look reasonable?<br>
<br>---John<br><br><br><div class="gmail_quote">On Sat, Aug 11, 2012 at 5:06 PM, Rajeev Thakur <span dir="ltr"><<a href="mailto:thakur@mcs.anl.gov" target="_blank">thakur@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
You can simply have each process read the entire file using a single MPI_File_read_all. No need for Gather or Gatherv.<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
Rajeev<br>
</font></span><div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
On Aug 11, 2012, at 5:47 AM, John Chludzinski wrote:<br>
<br>
> I followed up on your suggestion to look into MPI-IO - GREAT suggestion.<br>
><br>
> I found an example at <a href="http://beige.ucs.indiana.edu/I590/node92.html" target="_blank">http://beige.ucs.indiana.edu/I590/node92.html</a> and added code to gather the pieces of the file read in by each process:<br>

><br>
> MPI_Gather( read_buffer, number_of_bytes, MPI_BYTE, rbuf, number_of_bytes, MPI_BYTE, MASTER_RANK, MPI_COMM_WORLD);<br>
><br>
> All process execute this line.  The problem is that number_of_bytes maybe different for the last process if  total_number_of_bytes is not a multiple of pool_size (i.e., total_number_of_bytes % pool_size != 0).  And if the value isn't the same for all processes, you get:<br>

><br>
> Fatal error in PMPI_Gather: Message truncated<br>
><br>
> If I set pool_size (the number of processes) so that total_number_of_bytes is a multiple of it (i.e., total_number_of_bytes % pool_size == 0), the code executes without error.<br>
><br>
> I thought I read in Peter Pacheco's book that this need not necessarily be required?<br>
><br>
> ---John<br>
><br>
><br>
> On Fri, Aug 10, 2012 at 9:58 AM, William Gropp <<a href="mailto:wgropp@illinois.edu">wgropp@illinois.edu</a>> wrote:<br>
> The most likely newbe mistake is that you are timing the time time that the MPI_Bcast is waiting - for example, if your code looks like this:<br>
><br>
> if (rank == 0) { tr = MPI_Wtime(); read data tr = MPI_Wtime()-tr; }<br>
> tb = MPI_Wtime(): MPI_Bcast(…); tb = MPI_Wtime() - tb;<br>
><br>
> then on all but rank 0, you are timing the time that MPI_Bcast is waiting for the read data step to finish.  Instead, consider adding an MPI_Barrier before the MPI_Bcast:<br>
><br>
> if (rank == 0) { tr = MPI_Wtime(); read data tr = MPI_Wtime()-tr; }<br>
> MPI_Barrier();<br>
> tb = MPI_Wtime(): MPI_Bcast(…); tb = MPI_Wtime() - tb;<br>
><br>
> *Only* do this when you are trying to answer such timing questions.<br>
><br>
> You may also want to consider using MPI-IO to parallelize the read step.<br>
><br>
> Bill<br>
><br>
> William Gropp<br>
> Director, Parallel Computing Institute<br>
> Deputy Director for Research<br>
> Institute for Advanced Computing Applications and Technologies<br>
> Paul and Cynthia Saylor Professor of Computer Science<br>
> University of Illinois Urbana-Champaign<br>
><br>
><br>
><br>
> On Aug 10, 2012, at 3:03 AM, John Chludzinski wrote:<br>
><br>
> > I have a problem which requires all process to have a copy of an array of data that is read in from a file (process 0).  I Bcast the array to all processes (using MPI_COMM_WORLD).<br>
> ><br>
> > I instrumented the code with some calls to Wtime to find the time consumed for different actions.  In particular, I was interested in comparing the time required for Bcast's vs. fread's.  The size of the array is 1,200,000 of type MPI_DOUBLE.<br>

> ><br>
> > For a 3 process run:<br>
> ><br>
> > RANK = 0      fread_time = 2.323575<br>
> ><br>
> > vs.<br>
> ><br>
> > RANK = 2      bcast_time = 2.361233<br>
> > RANK = 0      bcast_time = 0.081910<br>
> > RANK = 1      bcast_time = 2.399790<br>
> ><br>
> > These numbers seem to indicate that Bcast-ing the data is as slow as reading the data from a file (on my Western Digital Passport USB drive).  Am I making a newbie mistake?<br>
> ><br>
> > ---John<br>
> ><br>
> > PS> I'm using Fedora 16 (32 bit) notebook with a dual core AMD Phenom processor.<br>
> > _______________________________________________<br>
> > mpich-discuss mailing list     <a href="mailto:mpich-discuss@mcs.anl.gov">mpich-discuss@mcs.anl.gov</a><br>
> > To manage subscription options or unsubscribe:<br>
> > <a href="https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/mpich-discuss" target="_blank">https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/mpich-discuss</a><br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> mpich-discuss mailing list     <a href="mailto:mpich-discuss@mcs.anl.gov">mpich-discuss@mcs.anl.gov</a><br>
> To manage subscription options or unsubscribe:<br>
> <a href="https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/mpich-discuss" target="_blank">https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/mpich-discuss</a><br>
<br>
_______________________________________________<br>
mpich-discuss mailing list     <a href="mailto:mpich-discuss@mcs.anl.gov">mpich-discuss@mcs.anl.gov</a><br>
To manage subscription options or unsubscribe:<br>
<a href="https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/mpich-discuss" target="_blank">https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/mpich-discuss</a><br>
</div></div></blockquote></div><br>