Yeah. I tried the simple programs, like ls and hostname. They work. For example, &quot;mpiexec -n 4 ls&quot; gives<br>[bash]$ mpiexec -n 4 ls<br>Pi.f90<br>Pi.x<br>hostfile<br>Pi.f90<br>Pi.x<br>hostfile<br>Pi.f90<br>Pi.x<br>
hostfile<br>Pi.f90<br>Pi.x<br>hostfile<br><br>What would be the next check that I should do? Many thanks!<br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Mar 8, 2012 at 1:33 PM, Dave Goodell <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:goodell@mcs.anl.gov">goodell@mcs.anl.gov</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0pt 0pt 0pt 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Can you start simple programs like &quot;ls&quot; or &quot;hostname&quot;?  For example &quot;mpiexec -n 2 hostname&quot;.<br>

<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
-Dave<br>
</font></span><div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
On Mar 8, 2012, at 10:13 AM CST, Eric Sun wrote:<br>
<br>
&gt; I think I didn&#39;t express clearly. I didn&#39;t try to use MPD. I think I used the default launcher Hydra. But, I got a hang when using mpiexec to start my MPI code. Can you give me some suggestion on how to check the reason of the hang?<br>

&gt;<br>
&gt; Thank you very much!<br>
&gt;<br>
&gt; On Thu, Mar 8, 2012 at 10:49 AM, Dave Goodell &lt;<a href="mailto:goodell@mcs.anl.gov">goodell@mcs.anl.gov</a>&gt; wrote:<br>
&gt; MPD is deprecated, use hydra instead: <a href="http://wiki.mcs.anl.gov/mpich2/index.php/Frequently_Asked_Questions#Q:_I_don.27t_like_.3CWHATEVER.3E_about_mpd.2C_or_I.27m_having_a_problem_with_mpdboot.2C_can_you_fix_it.3F" target="_blank">http://wiki.mcs.anl.gov/mpich2/index.php/Frequently_Asked_Questions#Q:_I_don.27t_like_.3CWHATEVER.3E_about_mpd.2C_or_I.27m_having_a_problem_with_mpdboot.2C_can_you_fix_it.3F</a><br>

&gt;<br>
&gt; The &quot;.POSIX&quot; warnings are only issues in the old build system.  The newer build system (1.5a2 and up) shouldn&#39;t have this problem.  I would ignore those messages unless they clearly are causing a problem for you.<br>

&gt;<br>
&gt; -Dave<br>
&gt;<br>
&gt; On Mar 8, 2012, at 9:11 AM CST, Eric Sun wrote:<br>
&gt;<br>
&gt; &gt; Hi Good Morning!<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; I did &quot;make testing&quot;. It seems similar problem happened. I had a hang. Below is all the screen output from &quot;make testing&quot; before the hang. I&#39;m guessing that it&#39;s probably a communication problem. Like in the previous version of MPICH2, I need mpdboot to set up a parallel environment first. But, I have no idea how to check this. I found I don&#39;t have mpdboot common in my installation.<br>

&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &quot;Makefile&quot;, line 468: warning: .POSIX directive is not first non-comment line.<br>
&gt; &gt;         (cd test &amp;&amp; make testing)<br>
&gt; &gt; &quot;Makefile&quot;, line 67: warning: .POSIX directive is not first non-comment line.<br>
&gt; &gt;         (NOXMLCLOSE=YES &amp;&amp; export NOXMLCLOSE &amp;&amp; cd mpi &amp;&amp; make testing)<br>
&gt; &gt; &quot;Makefile&quot;, line 111: warning: .POSIX directive is not first non-comment line.<br>
&gt; &gt;         ./runtests -srcdir=. -tests=testlist  -mpiexec=/gpfs/small/STED/shared/mpich2/pwr5/bin/mpiexec  -xmlfile=summary.xml<br>
&gt; &gt; Looking in ./testlist<br>
&gt; &gt; &quot;Makefile&quot;, line 78: warning: .POSIX directive is not first non-comment line.<br>
&gt; &gt; Processing directory attr<br>
&gt; &gt; Looking in ./attr/testlist<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; On Thu, Mar 8, 2012 at 8:48 AM, Rajeev Thakur &lt;<a href="mailto:thakur@mcs.anl.gov">thakur@mcs.anl.gov</a>&gt; wrote:<br>
&gt; &gt; This example may have some stdin/stdout issue. Try some other F90 program. Or run &quot;make testing&quot; in the top-level mpich2 directory, which will run the whole test suite (may take an hour).<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; Rajeev<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; On Mar 7, 2012, at 10:40 PM, Eric Sun wrote:<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; Anthony,<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; Changing all compilers to the &quot;_r&quot; version makes the difference. Now I can compile my Pi.f90 with no problem! Thank you very much!<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; Now the problem is that when I run the code using &quot;mpiexec -f hostfile -n 4 Pi.x&quot;, there is nothing output. It looks like a hang there. I have attached all c.txt, m.txt, mi.txt and config.log files in case you may need them for diagnosis.<br>

&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; Thanks again!<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; On Wed, Mar 7, 2012 at 10:45 AM, Anthony Chan &lt;<a href="mailto:chan@mcs.anl.gov">chan@mcs.anl.gov</a>&gt; wrote:<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; Send us your configure and make output files as stated in README.<br>
&gt; &gt; &gt; Did you try build mpich2 with _r version of compilers ?<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; A.Chan<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; ----- Original Message -----<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; I configure and make MPICH2 using:<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; [bash] export CC=xlc<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; [bash] export CXX=xlC<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; [bash] export F77=xlf<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; [bash] export FC=xlf90<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; [bash] ./configure --prefix=/gpfs/small/shared/mpich2/pwr5 --with-<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; device=ch3:nemesis<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; [bash] make<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; [bash] make install<br>
&gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; Before I compile my Pi.f90, I did:<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; [bash] export PATH=/gpfs/small/shared/mpich2/pwr5/bin:$PATH<br>
&gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; Then, to compile my code:<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; [bash] mpif90 Pi.f90<br>
&gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; Thanks for your help!<br>
&gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; On Tue, Mar 6, 2012 at 11:54 PM, Rajeev Thakur &lt;<a href="mailto:thakur@mcs.anl.gov">thakur@mcs.anl.gov</a>&gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; wrote:<br>
&gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; What exact options did you pass to configure, and how exactly are<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; you<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; compiling your program?<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; On Mar 6, 2012, at 10:41 PM, Eric Sun wrote:<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Just tried. It didn&#39;t work ... The same error.<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; On Tue, Mar 6, 2012 at 11:10 PM, Rajeev Thakur<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &lt;<a href="mailto:thakur@mcs.anl.gov">thakur@mcs.anl.gov</a>&gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; wrote:<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Try giving the full path to mpif90.<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; On Mar 6, 2012, at 9:51 PM, Eric Sun wrote:<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Thanks for your quick reply!<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Yes. But, I also tried &quot;mpif77&quot; and got the same error.<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; On Tue, Mar 6, 2012 at 10:33 PM, Dave Goodell<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &lt;<a href="mailto:goodell@mcs.anl.gov">goodell@mcs.anl.gov</a>&gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; wrote:<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Are you building your application with &quot;mpif90&quot;?<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; -Dave<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; On Mar 6, 2012, at 9:15 PM CST, Eric Sun wrote:<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Dear MPICH2 developers and users,<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; I successfully installed mpich2-1.4.1p1 on an IBM Power5 SMP<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; machine<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; running AIX system. The configure line was<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; ./configure --prefix=/install/directory<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; --with-device=ch3:nemesis<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; I had CC=xlc CXX=xlC F77=xlf FC=xlf90<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &quot;configure&quot; and &quot;make&quot; are quite smooth without error. But<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; when I<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; try to compile a testing MPI code (calculating Pi), I receive the<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; following<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; error message:<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; ** main === End of Compilation 1 ===<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; 1501-510 Compilation successful for file Pi.f90.<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; ld: 0711-317 ERROR: Undefined symbol: .mpi_init<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; ld: 0711-317 ERROR: Undefined symbol: .mpi_comm_rank<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; ld: 0711-317 ERROR: Undefined symbol: .mpi_comm_size<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; ld: 0711-317 ERROR: Undefined symbol: .mpi_type_contiguous<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; ld: 0711-317 ERROR: Undefined symbol: .mpi_type_commit<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; ld: 0711-317 ERROR: Undefined symbol: .mpi_send<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; ld: 0711-317 ERROR: Undefined symbol: .mpi_recv<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; ld: 0711-317 ERROR: Undefined symbol: .mpi_finalize<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Any suggestion?<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Thanks!<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; _______________________________________________<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; mpich-discuss mailing list <a href="mailto:mpich-discuss@mcs.anl.gov">mpich-discuss@mcs.anl.gov</a><br>
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&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
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&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; --<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Yiyang Sun<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Department of Physics, Applied Physics, and Astronomy<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Rensselaer Polytechnic Institute<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Troy, NY 12180, USA<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; _______________________________________________<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; mpich-discuss mailing list <a href="mailto:mpich-discuss@mcs.anl.gov">mpich-discuss@mcs.anl.gov</a><br>
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&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; --<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Yiyang Sun<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Department of Physics, Applied Physics, and Astronomy<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Rensselaer Polytechnic Institute<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Troy, NY 12180, USA<br>
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&gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; --<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; Yiyang Sun<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; Department of Physics, Applied Physics, and Astronomy<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; Rensselaer Polytechnic Institute<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; Troy, NY 12180, USA<br>
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&gt; &gt; &gt; Yiyang Sun<br>
&gt; &gt; &gt; Department of Physics, Applied Physics, and Astronomy<br>
&gt; &gt; &gt; Rensselaer Polytechnic Institute<br>
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&gt; &gt; Department of Physics, Applied Physics, and Astronomy<br>
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