<div>Hi</div>
<div> </div>
<div>I tried with mingw gcc compiler in cygwin and used &quot;-m64&quot; flag, but during &quot;configure&quot; it stopped at the message:</div>
<div> </div>
<div>---------</div>
<div>checking for ANSI C header files...</div>
<div>---------</div>
<div> </div>
<div>That portion of config.log looks like this:</div>
<div> </div>
<div>---------------</div>
<div>configure:22888: checking for ANSI C header files<br>configure:22918: /usr/bin/x86_64-w64-mingw32-gcc -c -m64 -O2  -I/cygdrive/c/users/kunal/desktop/mpich2-1.2.1p1/src/openpa/src -I/cygdrive/c/users/kunal/des<br>ktop/mpich2-1.2.1p1/src/openpa/src conftest.c &gt;&amp;5<br>

configure:22925: $? = 0</div>
<div>## ---------------- ##<br>## Cache variables. ##<br>## ---------------- ##</div>
<div>ac_cv_c_bigendian=no<br>ac_cv_c_compiler_gnu=yes<br></div>
<div> </div>
<div>&#39;</div>
<div>&#39;</div>
<div>&#39;</div>
<div>&#39;</div>
<div>&#39;</div>
<div>configure: caught signal 2<br>configure: exit 1<br>----------------</div>
<div> </div>
<div>I am attaching the complete config.log for your reference. Let me know if you get any hints from that.</div>
<div> </div>
<div>Thanks &amp; Regards,</div>
<div>Kunal</div>
<div class="gmail_quote">On Wed, Oct 6, 2010 at 9:51 AM, Kunal Rao <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:kunalgrao@gmail.com">kunalgrao@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote style="BORDER-LEFT: #ccc 1px solid; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; PADDING-LEFT: 1ex" class="gmail_quote">Hi 
<div><br></div>
<div> Thanks for your suggestion. I will try with Mingw and use gcc 4.5.x and check if it works.</div>
<div><br></div>
<div>Thanks &amp; Regards,</div>
<div>Kunal 
<div>
<div></div>
<div class="h5"><br><br>
<div class="gmail_quote">On Tue, Oct 5, 2010 at 6:10 PM, <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jayesh@mcs.anl.gov" target="_blank">jayesh@mcs.anl.gov</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote style="BORDER-LEFT: #ccc 1px solid; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; PADDING-LEFT: 1ex" class="gmail_quote">Hi,<br> Mingw supports 32-bit and 64-bit builds (<a href="http://sourceforge.net/projects/mingw-w64/" target="_blank">http://sourceforge.net/projects/mingw-w64/</a>). gcc 4.5.x supports the &quot;-m64&quot; (64-bit builds) on Cygwin (However I haven&#39;t been able to successfully compile it in the past).<br>


<div><br>Regards,<br>Jayesh<br>----- Original Message -----<br>From: &quot;Kunal Rao&quot; &lt;<a href="mailto:kunalgrao@gmail.com" target="_blank">kunalgrao@gmail.com</a>&gt;<br></div>
<div>
<div></div>
<div>To: &quot;Anthony Chan&quot; &lt;<a href="mailto:chan@mcs.anl.gov" target="_blank">chan@mcs.anl.gov</a>&gt;<br>Cc: <a href="mailto:mpich-discuss@mcs.anl.gov" target="_blank">mpich-discuss@mcs.anl.gov</a>, <a href="mailto:parallel-netcdf@lists.mcs.anl.gov" target="_blank">parallel-netcdf@lists.mcs.anl.gov</a>, &quot;Jayesh Krishna&quot; &lt;<a href="mailto:jayesh@mcs.anl.gov" target="_blank">jayesh@mcs.anl.gov</a>&gt;<br>

Sent: Tuesday, October 5, 2010 4:48:46 PM GMT -06:00 US/Canada Central<br>Subject: Re: [mpich-discuss] Linking problem<br><br>Hi Anthony<br><br>Thanks for your suggestion. I would like to do it the other way round. i.e. build library as well with 64-bit and link with<br>

my 64-bit application. What do I need to do for that ? Install some other version of gcc for cygwin ? If yes, which version<br>and how do I do that ?<br><br><br>Thanks &amp; Regards,<br>Kunal<br><br><br>On Tue, Oct 5, 2010 at 5:41 PM, &lt; <a href="mailto:chan@mcs.anl.gov" target="_blank">chan@mcs.anl.gov</a> &gt; wrote:<br>

<br><br><br><br>----- &quot;Kunal Rao&quot; &lt; <a href="mailto:kunalgrao@gmail.com" target="_blank">kunalgrao@gmail.com</a> &gt; wrote:<br><br><br><br>&gt; configure:2218: checking for C compiler default output file name<br>

&gt; configure:2245: gcc -m64 conftest.c &gt;&amp;5<br>&gt; conftest.c:1: sorry, unimplemented: 64-bit mode not compiled in<br>&gt; configure:2248: $? = 1<br><br><br>&gt; Also, just to confirm, cygwin should be able to build 64-bit library<br>

&gt; with gcc and gfortran, right ?<br><br>It appears your cygwin gcc installation supports only 32-bit build.<br>Can you try building everything in 32-bit, including your fortran app.<br><br>A.Chan<br><br><br><br><br>&gt;<br>

&gt; Thanks &amp; Regards,<br>&gt; Kunal<br>&gt;<br>&gt; On Tue, Oct 5, 2010 at 4:24 PM, Jayesh Krishna &lt; <a href="mailto:jayesh@mcs.anl.gov" target="_blank">jayesh@mcs.anl.gov</a> &gt;<br>&gt; wrote:<br>&gt;<br>&gt; &gt; Hi,<br>

&gt; &gt; Ok, then it looks like your application is 64-bit (x64) and the<br>&gt; netcdf<br>&gt; &gt; library is compiled as a 32-bit library (Unless you have a fairly<br>&gt; recent<br>&gt; &gt; version of gcc - Not the ones installed using Cygwin installer from<br>

&gt; most<br>&gt; &gt; repos - &amp; you use -m64 flag to compile your code, the default builds<br>&gt; are<br>&gt; &gt; 32-bit).<br>&gt; &gt; The error message states that you are trying to link x86 (IA32 -<br>&gt; 32-bit)<br>

&gt; &gt; binary/lib with a x64 (x86_64 - 64-bit) binary/lib.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Regards,<br>&gt; &gt; Jayesh<br>&gt; &gt; ----- Original Message -----<br>&gt; &gt; From: &quot;Kunal Rao&quot; &lt; <a href="mailto:kunalgrao@gmail.com" target="_blank">kunalgrao@gmail.com</a> &gt;<br>

&gt; &gt; To: &quot;Jayesh Krishna&quot; &lt; <a href="mailto:jayesh@mcs.anl.gov" target="_blank">jayesh@mcs.anl.gov</a> &gt;<br>&gt; &gt; Cc: <a href="mailto:parallel-netcdf@lists.mcs.anl.gov" target="_blank">parallel-netcdf@lists.mcs.anl.gov</a> , <a href="mailto:mpich-discuss@mcs.anl.gov" target="_blank">mpich-discuss@mcs.anl.gov</a><br>

&gt; &gt; Sent: Tuesday, October 5, 2010 2:29:36 PM GMT -06:00 US/Canada<br>&gt; Central<br>&gt; &gt; Subject: Re: [mpich-discuss] Linking problem (underscore prefix)<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Hi<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>

&gt; &gt; I have not used the MPICH2 installers (i.e. *.msi binary packages)<br>&gt; for<br>&gt; &gt; Windows. I have picked up the source code<br>&gt; &gt; (mpich2-1.2.1p1.tar.gz) and did configure/make/make install in<br>

&gt; cygwin env.<br>&gt; &gt; on Windows and then used this MPI implementation<br>&gt; &gt; while building parallel netcdf.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Thanks &amp; Regards,<br>&gt; &gt; Kunal<br>&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; On Tue, Oct 5, 2010 at 3:10 PM, Jayesh Krishna &lt; <a href="mailto:jayesh@mcs.anl.gov" target="_blank">jayesh@mcs.anl.gov</a><br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; wrote:<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Hi,<br>&gt; &gt; It looks like you have installed 32-bit versions of netcdf and using<br>

&gt; 64-bit<br>&gt; &gt; version of MPICH2.<br>&gt; &gt; Uninstall the existing version of MPICH2 and install the 32-bit<br>&gt; version<br>&gt; &gt; (mpich2-1.2.1p1-win-ia32.msi) and let us know if it works.<br>&gt; &gt;<br>

&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Regards,<br>&gt; &gt; Jayesh<br>&gt; &gt; ----- Original Message -----<br>&gt; &gt; From: &quot;Kunal Rao&quot; &lt; <a href="mailto:kunalgrao@gmail.com" target="_blank">kunalgrao@gmail.com</a> &gt;<br>

&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; To: <a href="mailto:mpich-discuss@mcs.anl.gov" target="_blank">mpich-discuss@mcs.anl.gov</a> , <a href="mailto:parallel-netcdf@lists.mcs.anl.gov" target="_blank">parallel-netcdf@lists.mcs.anl.gov</a><br>

&gt; &gt; Sent: Monday, October 4, 2010 2:49:44 PM GMT -06:00 US/Canada<br>&gt; Central<br>&gt; &gt; Subject: Re: [mpich-discuss] Linking problem (underscore prefix)<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Hi<br>&gt; &gt;<br>

&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Thanks for creating the bug report. Hope that will be fixed soon.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Until then, do you guys have any suggestions, that I could try out ?<br>&gt; I have<br>&gt; &gt; parallel netcdf library built on Windows ( using gcc and gfortran<br>

&gt; while<br>&gt; &gt; building MPICH2 and parallel netcdf ). Now while linking with my<br>&gt; application<br>&gt; &gt; built with Intel compiler, as discussed before, there is unresolved<br>&gt; external<br>&gt; &gt; symbol errors. ( prefix appended to the parallel netcdf symbols).<br>

&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; I tried using the objcopy tool to remove those prefixes from the<br>&gt; library<br>&gt; &gt; using:<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; $objcopy --remove-leading-char libpnetcdf.lib libpnetcdf.lib<br>

&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; It then removed all those underscore prefix from the symbols, but<br>&gt; then<br>&gt; &gt; while linking with the application, it gave the following error:<br>&gt; &gt; --------<br>&gt; &gt; libpnetcdf.lib(dim.o) : fatal error LNK1112: module machine type<br>

&gt; &#39;X86&#39;<br>&gt; &gt; conflicts with target machine type &#39;x64&#39;<br>&gt; &gt; -----<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; I am working on Windows Server 2008 R2, Enterprise Edition. Please<br>&gt; let me<br>

&gt; &gt; know if you have any ideas/suggestions that I could try out.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Thanks &amp; Regards,<br>&gt; &gt; Kunal<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>

&gt; &gt;<br>&gt; &gt; On Mon, Oct 4, 2010 at 3:26 PM, &lt; <a href="mailto:chan@mcs.anl.gov" target="_blank">chan@mcs.anl.gov</a> &gt; wrote:<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Hi Kunal,<br>&gt; &gt;<br>

&gt; &gt; Thanks for informing us the problem. There are bugs in Fortran77<br>&gt; binding<br>&gt; &gt; configure tests that prevent one from using windows version of ifort<br>&gt; on<br>&gt; &gt; cygwin, namely these tests hardwire &quot;.o&quot; as object file extension<br>

&gt; instead<br>&gt; &gt; of using the portable OBJEXT (same for EXEEXT). I created a bug<br>&gt; report for<br>&gt; &gt; this problem...<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; <a href="https://trac.mcs.anl.gov/projects/mpich2/ticket/1111" target="_blank">https://trac.mcs.anl.gov/projects/mpich2/ticket/1111</a><br>

&gt; &gt;<br>&gt; &gt; A.Chan<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; ----- &quot;Kunal Rao&quot; &lt; <a href="mailto:kunalgrao@gmail.com" target="_blank">kunalgrao@gmail.com</a> &gt; wrote:<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; Hi Jayesh,<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; Thanks for your reply. Well, I tried compiling MPICH2 with Intel<br>&gt; &gt; &gt; compiler<br>&gt; &gt; &gt; but it failed during &quot;configure&quot; with the following error<br>

&gt; message:<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; -------------------<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; configure: error: Unable to configure with Fortran support<br>&gt; because<br>&gt; &gt; &gt; configure<br>&gt; &gt; &gt; could not determine the size of a Fortran INTEGER. Consider<br>

&gt; setting<br>&gt; &gt; &gt; CROSS_F77<br>&gt; &gt; &gt; _SIZEOF_INTEGER to the length in bytes of a Fortran INTEGER<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; -------------------<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; I am attaching the config.log created while configuring MPICH2<br>

&gt; with<br>&gt; &gt; &gt; Intel<br>&gt; &gt; &gt; compiler.<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; So as of now, MPICH2 and parallel netcdf are built with gcc and<br>&gt; &gt; &gt; gfortran.<br>&gt; &gt; &gt; Whereas my application is being built with Intel compiler (it is<br>

&gt; a<br>&gt; &gt; &gt; requirement to use Intel compiler). So, there is some naming<br>&gt; &gt; &gt; convention<br>&gt; &gt; &gt; issue here I guess.<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; Thanks &amp; Regards,<br>&gt; &gt; &gt; Kunal<br>

&gt; &gt; &gt; On Mon, Oct 4, 2010 at 10:16 AM, Jayesh Krishna &lt;<br>&gt; <a href="mailto:jayesh@mcs.anl.gov" target="_blank">jayesh@mcs.anl.gov</a> &gt;<br>&gt; &gt; &gt; wrote:<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Hi,<br>

&gt; &gt; &gt; &gt; Did you try using the same compiler (Intel compiler) for<br>&gt; building<br>&gt; &gt; &gt; MPICH2,<br>&gt; &gt; &gt; &gt; netcdf &amp; your application ?<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Regards,<br>

&gt; &gt; &gt; &gt; Jayesh<br>&gt; &gt; &gt; &gt; ----- Original Message -----<br>&gt; &gt; &gt; &gt; From: &quot;Kunal Rao&quot; &lt; <a href="mailto:kunalgrao@gmail.com" target="_blank">kunalgrao@gmail.com</a> &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; To: <a href="mailto:mpich-discuss@mcs.anl.gov" target="_blank">mpich-discuss@mcs.anl.gov</a><br>
&gt; &gt; &gt; &gt; Cc: <a href="mailto:parallel-netcdf@lists.mcs.anl.gov" target="_blank">parallel-netcdf@lists.mcs.anl.gov</a><br>&gt; &gt; &gt; &gt; Sent: Monday, October 4, 2010 11:19:04 AM GMT -06:00 US/Canada<br>&gt; &gt; &gt; Central<br>

&gt; &gt; &gt; &gt; Subject: Re: [mpich-discuss] Linking problem (underscore<br>&gt; prefix)<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Hi<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; As discussed before, I was able to create the parallel netcdf<br>

&gt; &gt; &gt; library on<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Windows using the cygwin environment. I am having some issues<br>&gt; while<br>&gt; &gt; &gt; linking<br>&gt; &gt; &gt; &gt; this library with my application built with intel compilers ( I<br>

&gt; am<br>&gt; &gt; &gt; using<br>&gt; &gt; &gt; &gt; intel compilers also through cygwin ).<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; I know this kind of setup is not supported, but I would like to<br>

&gt; get<br>&gt; &gt; &gt; your<br>&gt; &gt; &gt; &gt; inputs on this. Here is what I did:<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; 1) The libpnetcdf.a library was created in /usr/local/lib<br>

&gt; folder. I<br>&gt; &gt; &gt; built<br>&gt; &gt; &gt; &gt; libpnetcdf.lib library from this *.a library through the<br>&gt; lib.exe<br>&gt; &gt; &gt; tool as<br>&gt; &gt; &gt; &gt; follows:<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>

&gt; &gt; &gt; &gt; $ lib.exe /OUT:libpnetcdf.lib libpnetcdf.a<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; 2) Now, I am trying to link this libpnetcdf.lib library with my<br>&gt; &gt; &gt; application<br>

&gt; &gt; &gt; &gt; ( using Intel compilers for building the application ). But<br>&gt; while<br>&gt; &gt; &gt; linking, I<br>&gt; &gt; &gt; &gt; am getting 28 unresolved external symbol (all related to the<br>&gt; &gt; &gt; libpnetcdf.lib<br>

&gt; &gt; &gt; &gt; library) errors such as this:<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; ------------<br>&gt; &gt; &gt; &gt; io_ncmpi_def_dims.o : error LNK2019: unresolved external symbol<br>

&gt; &gt; &gt; &gt; ncmpi_def_dim referenced in function io_ncmpi_def_dims_<br>&gt; &gt; &gt; &gt; -----------<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; 3) When I checked in io_ncmpi_def_dim.o file for the symbol<br>

&gt; using :<br>&gt; &gt; &gt; $<br>&gt; &gt; &gt; &gt; dumpbin.exe /SYMBOLS io_ncmpi_def_dim.o<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; I see this symbol as follows:<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; -----------<br>

&gt; &gt; &gt; &gt; 008 00000000 UNDEF notype () External | ncmpi_def_dim<br>&gt; &gt; &gt; &gt; -----------<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; 4) When I check the same symbol in the libpnetcdf.lib library, I<br>

&gt; see<br>&gt; &gt; &gt; it as<br>&gt; &gt; &gt; &gt; follows:<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; -----------<br>&gt; &gt; &gt; &gt; 01B 00000000 UNDEF notype () External | _ncmpi_def_dim<br>&gt; &gt; &gt; &gt; -----------<br>

&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; So basically, there is an underscore prefix in the symbol in<br>&gt; the<br>&gt; &gt; &gt; library<br>&gt; &gt; &gt; &gt; where as it is not there in the object file. Any thoughts on how<br>

&gt; to<br>&gt; &gt; &gt; resolve<br>&gt; &gt; &gt; &gt; this ?<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Thanks &amp; Regards,<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Kunal<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>

&gt; &gt; &gt; &gt; On Sat, Oct 2, 2010 at 7:11 PM, Kunal Rao &lt; <a href="mailto:kunalgrao@gmail.com" target="_blank">kunalgrao@gmail.com</a><br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; wrote:<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>

&gt; &gt; &gt; &gt; Hi<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; I was able to configure and build the parallel netcdf library<br>&gt; on<br>&gt; &gt; &gt; Windows<br>&gt; &gt; &gt; &gt; using the cygwin environment and MPICH2 as the MPI<br>

&gt; implementation. I<br>&gt; &gt; &gt; still<br>&gt; &gt; &gt; &gt; have to check if this library works with the application that I<br>&gt; am<br>&gt; &gt; &gt; trying to<br>&gt; &gt; &gt; &gt; link it to.<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>

&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Here are the steps that I have followed:<br>&gt; &gt; &gt; &gt; a) Downloaded the MPICH2 source code (1.2.1p1) from<br>&gt; &gt; &gt; &gt; <a href="http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2/" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2/</a><br>

&gt; &gt; &gt; &gt; b) Did the regular configure/make/make install steps in the<br>&gt; cygwin<br>&gt; &gt; &gt; &gt; environment in Windows.<br>&gt; &gt; &gt; &gt; ( set C compiler as gcc and Fortran compiler as gfortran)<br>

&gt; &gt; &gt; &gt; c) Downloaded parallel netcdf (parallel-netcdf-1.2.0.tar.gz)<br>&gt; from<br>&gt; &gt; &gt; &gt; <a href="http://trac.mcs.anl.gov/projects/parallel-netcdf/wiki/Download" target="_blank">http://trac.mcs.anl.gov/projects/parallel-netcdf/wiki/Download</a><br>

&gt; &gt; &gt; &gt; d) Again, did the regular configure/make/make install steps for<br>&gt; &gt; &gt; parallel<br>&gt; &gt; &gt; &gt; netcdf in cygwin environment in Windows and used the previously<br>&gt; &gt; &gt; built MPICH2<br>

&gt; &gt; &gt; &gt; as the mpi implementation ( for the --with-mpi option)<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; The steps went fine and the libpnetcdf.a library has been built<br>&gt; on<br>

&gt; &gt; &gt; Windows<br>&gt; &gt; &gt; &gt; through the cygwin environment. I will next check if this links<br>&gt; &gt; &gt; properly and<br>&gt; &gt; &gt; &gt; works with the application.<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>

&gt; &gt; &gt; &gt; Thanks &amp; Regards,<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Kunal<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; On Sat, Oct 2, 2010 at 2:49 PM, Jayesh Krishna &lt;<br>

&gt; <a href="mailto:jayesh@mcs.anl.gov" target="_blank">jayesh@mcs.anl.gov</a><br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; wrote:<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Hi,<br>&gt; &gt; &gt; &gt; As Rob mentioned the error might be due to the way netcdf checks<br>

&gt; for<br>&gt; &gt; &gt; MPI-IO<br>&gt; &gt; &gt; &gt; support.<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Can you give us details on how you configure netcdf with MPICH2<br>&gt; ?<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; (PS: MPI-IO is available with MPICH2 on windows even if you use<br>

&gt; the<br>&gt; &gt; &gt; &gt; installers for your installation.)<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Regards,<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Jayesh<br>&gt; &gt; &gt; &gt; ----- Original Message -----<br>

&gt; &gt; &gt; &gt; From: &quot;Kunal Rao&quot; &lt; <a href="mailto:kunalgrao@gmail.com" target="_blank">kunalgrao@gmail.com</a> &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; To: <a href="mailto:mpich-discuss@mcs.anl.gov" target="_blank">mpich-discuss@mcs.anl.gov</a><br>

&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Sent: Saturday, October 2, 2010 12:08:52 PM GMT -06:00<br>&gt; US/Canada<br>&gt; &gt; &gt; Central<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Subject: Re: [mpich-discuss] query on MPICH2 on Windows<br>

&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Hi<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Initially, I had used the installers availabe at the MPICH 2<br>&gt; website<br>&gt; &gt; &gt; and<br>

&gt; &gt; &gt; &gt; that was giving the error mentioned before. I then, downloaded<br>&gt; &gt; &gt; &gt; the source code and built MPICH2 from that (configure/make/make<br>&gt; &gt; &gt; install) in<br>&gt; &gt; &gt; &gt; cygwin and linked this MPI while configuring parallel<br>

&gt; &gt; &gt; &gt; netcdf. Now, it is not giving that error and it moved ahead.<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Thanks &amp; Regards,<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Kunal<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>

&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; On Fri, Oct 1, 2010 at 8:18 PM, Jayesh Krishna &lt;<br>&gt; <a href="mailto:jayesh@mcs.anl.gov" target="_blank">jayesh@mcs.anl.gov</a><br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; wrote:<br>

&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Hi,<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Did you build MPICH2 from source (configure/make/make install)<br>&gt; under<br>&gt; &gt; &gt; cygwin<br>&gt; &gt; &gt; &gt; environment ? Or did you install MPICH2 using installers<br>

&gt; available<br>&gt; &gt; &gt; at the<br>&gt; &gt; &gt; &gt; MPICH2 website ?<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Regards,<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Jayesh<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>

&gt; &gt; &gt; &gt; ----- Original Message -----<br>&gt; &gt; &gt; &gt; From: &quot;Kunal Rao&quot; &lt; <a href="mailto:kunalgrao@gmail.com" target="_blank">kunalgrao@gmail.com</a> &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; To: <a href="mailto:mpich-discuss@mcs.anl.gov" target="_blank">mpich-discuss@mcs.anl.gov</a><br>

&gt; &gt; &gt; &gt; Sent: Friday, October 1, 2010 5:01:38 PM GMT -06:00 US/Canada<br>&gt; &gt; &gt; Central<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Subject: [mpich-discuss] query on MPICH2 on Windows<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>

&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Hi<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Does MPICH2 on Microsoft Windows support MPI-IO ?<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; I was checking on this site<br>

&gt; &gt; &gt; &gt; <a href="http://www.mcs.anl.gov/research/projects/romio/" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/research/projects/romio/</a> where it says<br>&gt; that<br>&gt; &gt; &gt; ROMIO<br>&gt; &gt; &gt; &gt; is included as a part of MPICH 2.<br>

&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; The reason I ask this is because I am trying to configure<br>&gt; parallel<br>&gt; &gt; &gt; netcdf<br>&gt; &gt; &gt; &gt; library on Windows through the cygwin environment. While doing<br>

&gt; &gt; &gt; &quot;configure&quot;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; it stops with the following message:<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; ----------------<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>

&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; checking MPI-IO support in MPI implementation... configure:<br>&gt; error:<br>&gt; &gt; &gt; mpi<br>&gt; &gt; &gt; &gt; implementation does not support MPI-IO<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>

&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; ---------------<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; The MPI implementation I used is MPICH2 which I was assuming<br>&gt; &gt; &gt; supported<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; MPI-IO on Windows as well. I tried using MSMPI but even that<br>
&gt; stopped<br>&gt; &gt; &gt; with<br>&gt; &gt; &gt; &gt; the same message. Any thoughts on this ?<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Thanks &amp; Regards,<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Kunal<br>

&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; _______________________________________________<br>&gt; &gt; &gt; &gt; mpich-discuss mailing list<br>&gt; &gt; &gt; &gt; <a href="mailto:mpich-discuss@mcs.anl.gov" target="_blank">mpich-discuss@mcs.anl.gov</a><br>

&gt; &gt; &gt; &gt; <a href="https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/mpich-discuss" target="_blank">https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/mpich-discuss</a><br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; _______________________________________________<br>

&gt; &gt; &gt; &gt; mpich-discuss mailing list<br>&gt; &gt; &gt; &gt; <a href="mailto:mpich-discuss@mcs.anl.gov" target="_blank">mpich-discuss@mcs.anl.gov</a><br>&gt; &gt; &gt; &gt; <a href="https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/mpich-discuss" target="_blank">https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/mpich-discuss</a><br>

&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; _______________________________________________<br>&gt; &gt; &gt; &gt; mpich-discuss mailing list<br>&gt; &gt; &gt; &gt; <a href="mailto:mpich-discuss@mcs.anl.gov" target="_blank">mpich-discuss@mcs.anl.gov</a><br>

&gt; &gt; &gt; &gt; <a href="https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/mpich-discuss" target="_blank">https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/mpich-discuss</a><br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; _______________________________________________<br>

&gt; &gt; &gt; mpich-discuss mailing list<br>&gt; &gt; &gt; <a href="mailto:mpich-discuss@mcs.anl.gov" target="_blank">mpich-discuss@mcs.anl.gov</a><br>&gt; &gt; &gt; <a href="https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/mpich-discuss" target="_blank">https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/mpich-discuss</a><br>

&gt; &gt; _______________________________________________<br>&gt; &gt; mpich-discuss mailing list<br>&gt; &gt; <a href="mailto:mpich-discuss@mcs.anl.gov" target="_blank">mpich-discuss@mcs.anl.gov</a><br>&gt; &gt; <a href="https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/mpich-discuss" target="_blank">https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/mpich-discuss</a><br>

&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; _______________________________________________<br>&gt; &gt; mpich-discuss mailing list<br>&gt; &gt; <a href="mailto:mpich-discuss@mcs.anl.gov" target="_blank">mpich-discuss@mcs.anl.gov</a><br>

&gt; &gt; <a href="https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/mpich-discuss" target="_blank">https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/mpich-discuss</a><br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt;<br>&gt; _______________________________________________<br>

&gt; mpich-discuss mailing list<br>&gt; <a href="mailto:mpich-discuss@mcs.anl.gov" target="_blank">mpich-discuss@mcs.anl.gov</a><br>&gt; <a href="https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/mpich-discuss" target="_blank">https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/mpich-discuss</a><br>

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