<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 3.2//EN">
<HTML>
<HEAD>
<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=us-ascii">
<META NAME="Generator" CONTENT="MS Exchange Server version 6.5.7036.0">
<TITLE>RE: [mpich-discuss] mpiexec and working directory</TITLE>
</HEAD>
<BODY>
<!-- Converted from text/plain format -->

<P><FONT SIZE=2>&nbsp;Hi,<BR>
&nbsp; When you install MPICH2 make sure that you install the latest stable version, 1.0.8. You could also ask your sysadmin to install MPICH2+smpd in another directory&nbsp; so that you can test MPICH2+smpd (1.0.8).<BR>
<BR>
Regards,<BR>
Jayesh<BR>
<BR>
-----Original Message-----<BR>
From: mpich-discuss-bounces@mcs.anl.gov [<A HREF="mailto:mpich-discuss-bounces@mcs.anl.gov">mailto:mpich-discuss-bounces@mcs.anl.gov</A>] On Behalf Of Tiago Silva<BR>
Sent: Friday, November 07, 2008 12:26 PM<BR>
To: mpich-discuss@mcs.anl.gov<BR>
Subject: Re: [mpich-discuss] mpiexec and working directory<BR>
<BR>
<BR>
So could that explain this behavior? I need to justify asking a very busy sysadmin to get the daemons&nbsp; on a 25 node cluster.<BR>
<BR>
Tiago<BR>
<BR>
Rajeev Thakur wrote:<BR>
&gt; Oh, you are using SMPD. Can you try with the default MPD process manager?<BR>
&gt; You have to build MPICH2 again for that.<BR>
&gt;<BR>
&gt; Rajeev<BR>
&gt;<BR>
&gt;&nbsp;&nbsp;<BR>
&gt;&gt; -----Original Message-----<BR>
&gt;&gt; From: mpich-discuss-bounces@mcs.anl.gov<BR>
&gt;&gt; [<A HREF="mailto:mpich-discuss-bounces@mcs.anl.gov">mailto:mpich-discuss-bounces@mcs.anl.gov</A>] On Behalf Of Tiago Silva<BR>
&gt;&gt; Sent: Friday, November 07, 2008 12:18 PM<BR>
&gt;&gt; To: mpich-discuss@mcs.anl.gov<BR>
&gt;&gt; Subject: Re: [mpich-discuss] mpiexec and working directory<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt; Thanks Rajeev, this shows the problem nicely:<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt; [tsilva@admin1 work]$ /n1ge6/mpich2/smpd/bin/mpiexec -nopm -ssh -l -n<BR>
&gt;&gt; 2 pwd /raid1/tsilva /raid1/tsilva<BR>
&gt;&gt; [tsilva@admin1 work]$ /n1ge6/mpich2/smpd/bin/mpiexec -nopm -ssh -l<BR>
&gt;&gt; -wdir /tmp/ -n 2 pwd /raid1/tsilva /raid1/tsilva<BR>
&gt;&gt; [tsilva@admin1 work]$ ls runjob.err<BR>
&gt;&gt; runjob.err<BR>
&gt;&gt; [tsilva@admin1 work]$ /n1ge6/mpich2/smpd/bin/mpiexec -nopm -ssh -l<BR>
&gt;&gt; -wdir /tmp/ -n 2 ls -l runjob.err<BR>
&gt;&gt; ls: runjob.err: No such file or directory<BR>
&gt;&gt; ls: runjob.err: No such file or directory<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt; Could this have anything to do with running mpiexec deamonless<BR>
&gt;&gt; (although mpich was compiled with smpd)?<BR>
&gt;&gt; I noticed the same behavior with my regular setup of also deamonless<BR>
&gt;&gt; mpirun and mpich1. Only after calling mpi_init in the code did the<BR>
&gt;&gt; working dir change from being $home to the local dir.<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt; Cheers,<BR>
&gt;&gt; Tiago<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt; Rajeev Thakur wrote:<BR>
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
&gt;&gt;&gt; Can you try these simple commands:<BR>
&gt;&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;&gt; mpiexec -l -n 2 pwd&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp; ## shows if you execute in the dir you think you are in<BR>
&gt;&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;&gt; mpiexec -l -wdir /tmp -n 2 pwd&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp; ## similar to above but shows you moved to /tmp<BR>
&gt;&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;&gt; mpiexec -l -n 2 ls -l some_filename&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp; ## shows if some expected file really is in the working dir<BR>
&gt;&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;&gt;&nbsp;<BR>
&gt;&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;<BR>
&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt; -----Original Message-----<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt; From: mpich-discuss-bounces@mcs.anl.gov<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt; [<A HREF="mailto:mpich-discuss-bounces@mcs.anl.gov">mailto:mpich-discuss-bounces@mcs.anl.gov</A>] On Behalf Of<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt; tsilva@coas.oregonstate.edu<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt; Sent: Friday, November 07, 2008 1:26 AM<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt; To: mpich-discuss@mcs.anl.gov<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt; Subject: Re: [mpich-discuss] mpiexec and working directory<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt; Quoting Rajeev Thakur &lt;thakur@mcs.anl.gov&gt;:<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; If you cd to the directory containing the executable, say<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt; a.out, and<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; do &quot;mpiexec -n 2 a.out&quot; does it expect to find input<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
&gt;&gt; files in your<BR>
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; home directory? That's odd.<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt; That is correct. I have tried another simpler code and the same<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt; thing happens.<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; -----Original Message-----<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; From: mpich-discuss-bounces@mcs.anl.gov<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; [<A HREF="mailto:mpich-discuss-bounces@mcs.anl.gov">mailto:mpich-discuss-bounces@mcs.anl.gov</A>] On Behalf Of<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
&gt;&gt; Tiago Silva<BR>
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Sent: Thursday, November 06, 2008 6:02 PM<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; To: mpich-discuss@mcs.anl.gov<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Subject: Re: [mpich-discuss] mpiexec and working directory<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Rajeev Thakur wrote:<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; 1.0.3 is an ancient version of MPICH2. Try the latest<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; version, 1.0.8.<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; I will ask my systems administrator to do so.<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; The parameters to mpiexec are not identical between MPICH-1 and<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; MPICH2. Do mpiexec --help. Make sure you are calling<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; MPICH2's mpiexec, not MPICH-1's.<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; I am actually invoking mpiexec with its full path. Is there any<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; incorrect parameter on my mpiexec call?<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; I<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; If your input files are in the same directory as the<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; executable, you<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; should not need to specify anything.<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; But that is exactly the problem. The executable can't find<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt; the input<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; files on the working directory.<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
&gt;&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;<BR>
&gt;&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
&gt;<BR>
&gt;&nbsp;&nbsp;<BR>
<BR>
</FONT>
</P>

</BODY>
</HTML>