<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

<html>

<head>

  <meta content="text/html;charset=UTF-8" http-equiv="Content-Type">

  <title></title>

</head>

<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">

Dear Anthony,<br>

<br>

Thanks for your answer. In the meantime I have found the problem. My

mpich build was not complete. For some reason several header files were

not installed by make install. When I compiled AMBER10, it found an

mpif.h file which was installed in /usr/include. I solved the problem

by recompiling mpich2 and everything works fine now<br>

<br>

Best wishes<br>

vlad<br>

<br>

Anthony Chan wrote:

<blockquote cite="mid:15904490.217631216218153199.JavaMail.root@zimbra"

 type="cite">

  <pre wrap="">Did you compile AMBER10 with mpif90 from the install directory of 1.0.7 ?

if you can use mpif90 to compile AMBER, make sure the 1.0.7's mpi.h/mpif.h

and libraries are used in building AMBER.

Just to be sure that your mpich2 is installed correctly, try running

the example programs, cpi/fpi and pi3f90, in your build directoy.

If you see any problem, send us the configure output as seen on

your screen (the instruction is written in MPICH2 installer's guide).

A.Chan

----- "Vlad Cojocaru" <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:Vlad.Cojocaru@eml-r.villa-bosch.de">&lt;Vlad.Cojocaru@eml-r.villa-bosch.de&gt;</a> wrote:

  </pre>

  <blockquote type="cite">

    <pre wrap="">Dear MPICH2 users,

I am trying to build a parallel version of AMBER10 (a molecular

dynamics 

package) with MPICH2.

I downloaded the mpich2 from your site, I compiled it with the intel 

compiler suite 10.1. Apparently everything went smoothly (the tests

from 

the mpich2 installation guide were correctly executed). However after

I 

successfully compiled AMBER10 I tried to run the tests and I got the 

error below which obviously comes from the mpich2 build. I used the 

correct mpiexec script when executing my application, and apparently I

have to interference from a pre-installed mpich.

Looking back at the configuration logfile from the mpich2 compilation

(see attached) I noticed some errors. Could you please take a look at

the config.log attached and tell me if you see anything obviously

wrong. 

I also attached the compilation flags I set as environmental variables

(maybe there is something wrong there). Also, if you have any idea why

I 

get the error below, I would be grateful for any advices.

Thanks in advance

Best wishes

vlad

--------------------------------------------error upo testing 

--------------------------------------------------------------------------------------------

export 

TESTsander=/scratch/node-06-01/cojocavd/Software/amber10_intel_mpich2/exe/sander.MPI;

make test.sander.BASIC

make[1]: Entering directory 

`/exports/scratch/cojocavd/Software/amber10_intel_mpich2/test'

cd cytosine &amp;&amp; ./Run.cytosine