<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40" xmlns:v = 
"urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o = 
"urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w = 
"urn:schemas-microsoft-com:office:word"><HEAD>
<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=iso-8859-1">
<TITLE>Are there limits to MPICH2 Jobs?</TITLE>

<META content="MSHTML 6.00.2900.3314" name=GENERATOR><!--[if !mso]>
<STYLE>v\:* {
        BEHAVIOR: url(#default#VML)
}
o\:* {
        BEHAVIOR: url(#default#VML)
}
w\:* {
        BEHAVIOR: url(#default#VML)
}
.shape {
        BEHAVIOR: url(#default#VML)
}
</STYLE>
<![endif]-->
<STYLE>@font-face {
        font-family: Tahoma;
}
@page Section1 {size: 8.5in 11.0in; margin: .3in .3in .3in .3in; }
P.MsoNormal {
        FONT-SIZE: 12pt; MARGIN: 0in 0in 0pt; FONT-FAMILY: "Times New Roman"
}
LI.MsoNormal {
        FONT-SIZE: 12pt; MARGIN: 0in 0in 0pt; FONT-FAMILY: "Times New Roman"
}
DIV.MsoNormal {
        FONT-SIZE: 12pt; MARGIN: 0in 0in 0pt; FONT-FAMILY: "Times New Roman"
}
A:link {
        COLOR: blue; TEXT-DECORATION: underline
}
SPAN.MsoHyperlink {
        COLOR: blue; TEXT-DECORATION: underline
}
A:visited {
        COLOR: purple; TEXT-DECORATION: underline
}
SPAN.MsoHyperlinkFollowed {
        COLOR: purple; TEXT-DECORATION: underline
}
P {
        FONT-SIZE: 12pt; MARGIN-LEFT: 0in; MARGIN-RIGHT: 0in; FONT-FAMILY: "Times New Roman"; mso-margin-top-alt: auto; mso-margin-bottom-alt: auto
}
SPAN.EmailStyle18 {
        FONT-WEIGHT: normal; COLOR: navy; FONT-STYLE: normal; FONT-FAMILY: Arial; TEXT-DECORATION: none; mso-style-type: personal-reply
}
DIV.Section1 {
        page: Section1
}
</STYLE>
</HEAD>
<BODY lang=EN-US vLink=purple link=blue>
<DIV><FONT face=Arial color=#0000ff size=2><SPAN class=567491914-08052008>Thank 
you Lester and Rajeev for your feedback.</SPAN></FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial color=#0000ff size=2><SPAN 
class=567491914-08052008></SPAN></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial color=#0000ff size=2><SPAN class=567491914-08052008>We 
change the stack size to unlimited.&nbsp; We were able to run a 4.4 GB 
job.&nbsp; However, when we tried to run a 6.7 GB job we got the following 
error:</SPAN></FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial color=#0000ff size=2><SPAN 
class=567491914-08052008></SPAN></FONT><FONT color=#0000ff><SPAN 
class=567491914-08052008><FONT size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial color=#000000 size=2>master sending static 
commons...</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial color=#000000 size=2>master sending dynamic 
commons...</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial color=#000000 size=2>[pe:0] **DOTCOMM Error** 
DOTCOMMI_PACK (dotcommi_pack.c:104[!(( dotcommp_sbuf.data != ((void *)0) ))]) 
(alloc(dotcommp_sbuf.data)) (1917782060)</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial color=#000000 size=2>[pe:0] **DOTCOMM Error** 
DOTCOMMI_PACK (dotcommi_pack.c:104[!(( dotcommp_sbuf.data != ((void *)0) ))]) 
(alloc(dotcommp_sbuf.data)) (1891740044)</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial color=#000000 size=2>[pe:0] **DOTCOMM Error** 
DOTCOMMI_PACK (dotcommi_pack.c:104[!(( dotcommp_sbuf.data != ((void *)0) ))]) 
(alloc(dotcommp_sbuf.data)) (1871790948)</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial color=#000000 size=2>[pe:0] **DOTCOMM Error** 
DOTCOMMI_PACK (dotcommi_pack.c:104[!(( dotcommp_sbuf.data != ((void *)0) ))]) 
(alloc(dotcommp_sbuf.data)) (1871396372)</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial color=#000000 size=2>[pe:0] **DOTCOMM Error** 
DOTCOMMI_PACK (dotcommi_pack.c:104[!(( dotcommp_sbuf.data != ((void *)0) ))]) 
(alloc(dotcommp_sbuf.data)) (1871396340)</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial color=#000000 size=2>[pe:0] **DOTCOMM Error** 
DOTCOMMI_PACK (dotcommi_pack.c:104[!(( dotcommp_sbuf.data != ((void *)0) ))]) 
(alloc(dotcommp_sbuf.data)) (1858966996)</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial color=#000000 size=2>[pe:0] **DOTCOMM Error** 
DOTCOMMI_PACK (dotcommi_pack.c:104[!(( dotcommp_sbuf.data != ((void *)0) ))]) 
(alloc(dotcommp_sbuf.data)) (1777645156)</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial color=#000000 size=2>[pe:0] **DOTCOMM Error** 
DOTCOMMI_PACK (dotcommi_pack.c:104[!(( dotcommp_sbuf.data != ((void *)0) ))]) 
(alloc(dotcommp_sbuf.data)) (1777447868)</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial color=#000000 size=2>[pe:0] **DOTCOMM Error** 
DOTCOMMI_PACK (dotcommi_pack.c:104[!(( dotcommp_sbuf.data != ((void *)0) ))]) 
(alloc(dotcommp_sbuf.data)) (1777250572)</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial color=#000000 size=2>[pe:0] **DOTCOMM Error** 
DOTCOMMI_PACK (dotcommi_pack.c:104[!(( dotcommp_sbuf.data != ((void *)0) ))]) 
(alloc(dotcommp_sbuf.data)) (1777250568)</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial color=#000000 size=2>[cli_0]: aborting job:</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial color=#000000 size=2>Fatal error in MPI_Bcast: Invalid 
buffer pointer, error stack:</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial color=#000000 size=2>MPI_Bcast(784): MPI_Bcast(buf=(nil), 
count=1855241236, MPI_BYTE, root=0, comm=0x84000000) failed</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial color=#000000 size=2>MPI_Bcast(735): Null buffer 
pointer</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial color=#000000 size=2>Terminated</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial color=#000000 size=2>Signal Received, exiting 
...</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial><SPAN class=567491914-08052008><FONT size=2>Are 
there&nbsp;parameters in the environment&nbsp;that we need to change o ther than 
the stack limit?</FONT></SPAN></FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial><SPAN class=567491914-08052008></SPAN></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT><SPAN class=567491914-08052008></SPAN><FONT face=Arial><SPAN 
class=567491914-08052008><FONT size=2>Your feedback 
is&nbsp;appreciated.</FONT></SPAN></FONT></FONT></DIV>
<DIV><FONT><FONT face=Arial><SPAN 
class=567491914-08052008></SPAN></FONT></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT><FONT><SPAN class=567491914-08052008></SPAN><FONT face=Arial><SPAN 
class=567491914-08052008><FONT 
size=2>Ibrahim</FONT></SPAN>&nbsp;</FONT></FONT></FONT></SPAN></FONT></DIV>
<BLOCKQUOTE dir=ltr style="MARGIN-RIGHT: 0px">
  <DIV class=OutlookMessageHeader dir=ltr align=left><FONT face=Tahoma 
  size=2>-----Original Message-----<BR><B>From:</B> 
  owner-mpich-discuss@mcs.anl.gov [mailto:owner-mpich-discuss@mcs.anl.gov]<B>On 
  Behalf Of </B>Rajeev Thakur<BR><B>Sent:</B> May 3, 2008 8:49 PM<BR><B>To:</B> 
  mpich-discuss@mcs.anl.gov<BR><B>Subject:</B> RE: [mpich-discuss] Are there 
  limits to MPICH2 Jobs?<BR><BR></FONT></DIV>
  <DIV dir=ltr align=left><SPAN class=156304700-04052008><FONT face=Arial 
  color=#0000ff size=2>Nothing in MPICH2 should prevent the job from running on 
  &gt; 2GB memory. The problem is likely to be in the environment running 
  MPICH2, such as&nbsp;the stack size limit Lester mentions.</FONT></SPAN></DIV>
  <DIV dir=ltr align=left><SPAN class=156304700-04052008><FONT face=Arial 
  color=#0000ff size=2></FONT></SPAN>&nbsp;</DIV>
  <DIV dir=ltr align=left><SPAN class=156304700-04052008><FONT face=Arial 
  color=#0000ff size=2>Rajeev</FONT></SPAN></DIV>
  <DIV dir=ltr align=left><SPAN class=156304700-04052008><FONT face=Arial 
  color=#0000ff size=2></FONT></SPAN>&nbsp;</DIV><BR>
  <BLOCKQUOTE dir=ltr 
  style="PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #0000ff 2px solid; MARGIN-RIGHT: 0px">
    <DIV class=OutlookMessageHeader lang=en-us dir=ltr align=left>
    <HR tabIndex=-1>
    <FONT face=Tahoma size=2><B>From:</B> owner-mpich-discuss@mcs.anl.gov 
    [mailto:owner-mpich-discuss@mcs.anl.gov] <B>On Behalf Of </B>Cavey, 
    Lester<BR><B>Sent:</B> Saturday, May 03, 2008 3:33 PM<BR><B>To:</B> 
    mpich-discuss@mcs.anl.gov<BR><B>Subject:</B> RE: [mpich-discuss] Are there 
    limits to MPICH2 Jobs?<BR></FONT><BR></DIV>
    <DIV></DIV>
    <DIV class=Section1>
    <P class=MsoNormal><FONT face=Arial color=blue size=2><SPAN 
    style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: blue; FONT-FAMILY: Arial">Ibrahim,<o:p></o:p></SPAN></FONT></P>
    <P class=MsoNormal><FONT face=Arial color=blue size=2><SPAN 
    style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: blue; FONT-FAMILY: Arial"><o:p>&nbsp;</o:p></SPAN></FONT></P>
    <P class=MsoNormal><FONT face=Arial color=blue size=2><SPAN 
    style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: blue; FONT-FAMILY: Arial">I'm not an expert 
    on this, but we used the ulimit command, in our bash rc files, to increase 
    our stack size limit.&nbsp; Then our 32-bit linux system was able iterate 
    through more loops while running our application (a particle-in-cell 
    simulator).&nbsp; Eventually though there was a limit to the number of loops 
    that ran, before a "segmentation fault" was reported.&nbsp; In our case, 
    this meant we had a stack overflow, since there is always going to be a 
    maximum stack size that can not be exceeded.<o:p></o:p></SPAN></FONT></P>
    <P class=MsoNormal><FONT face=Arial color=blue size=2><SPAN 
    style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: blue; FONT-FAMILY: Arial"><o:p>&nbsp;</o:p></SPAN></FONT></P>
    <P class=MsoNormal><FONT face=Arial color=blue size=2><SPAN 
    style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: blue; FONT-FAMILY: Arial">I'm sure the ANL 
    guys can give you more advice, besides just trying the ulimit 
    command.<o:p></o:p></SPAN></FONT></P>
    <P class=MsoNormal><FONT face=Arial color=navy size=2><SPAN 
    style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: navy; FONT-FAMILY: Arial"><o:p>&nbsp;</o:p></SPAN></FONT></P>
    <DIV>
    <P class=MsoNormal><FONT face=Arial color=blue size=2><SPAN 
    style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: blue; FONT-FAMILY: Arial">Lester</SPAN></FONT><o:p></o:p></P></DIV>
    <DIV>
    <DIV class=MsoNormal style="TEXT-ALIGN: center" align=center><FONT 
    face="Times New Roman" size=3><SPAN style="FONT-SIZE: 12pt">
    <HR tabIndex=-1 align=center width="100%" SIZE=2>
    </SPAN></FONT></DIV>
    <P class=MsoNormal><B><FONT face=Tahoma size=2><SPAN 
    style="FONT-WEIGHT: bold; FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: Tahoma">From:</SPAN></FONT></B><FONT 
    face=Tahoma size=2><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: Tahoma"> 
    owner-mpich-discuss@mcs.anl.gov [mailto:owner-mpich-discuss@mcs.anl.gov] 
    <B><SPAN style="FONT-WEIGHT: bold">On Behalf Of </SPAN></B>Attieh, 
    Ibrahim<BR><B><SPAN style="FONT-WEIGHT: bold">Sent:</SPAN></B> Saturday, May 
    03, 2008 12:03 PM<BR><B><SPAN style="FONT-WEIGHT: bold">To:</SPAN></B> 
    mpich-discuss@mcs.anl.gov<BR><B><SPAN 
    style="FONT-WEIGHT: bold">Subject:</SPAN></B> [mpich-discuss] Are there 
    limits to MPICH2 Jobs?</SPAN></FONT><o:p></o:p></P></DIV>
    <P class=MsoNormal><FONT face="Times New Roman" size=3><SPAN 
    style="FONT-SIZE: 12pt"><o:p>&nbsp;</o:p></SPAN></FONT></P>
    <P><FONT face=Arial size=2><SPAN 
    style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: Arial">Hello,</SPAN></FONT> 
    <o:p></o:p></P>
    <P><FONT face=Arial size=2><SPAN 
    style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: Arial">We are trying to run the Monte 
    Carlo code MCNP with MPICH2.&nbsp; However, we are having problems with jobs 
    bigger than 2 gigabytes. The jobs we want to run are as big as 9 
    gigabytes.&nbsp; We are running the jobs on a linux system with 64-bit 
    operating system.</SPAN></FONT><o:p></o:p></P>
    <P><FONT face=Arial size=2><SPAN 
    style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: Arial">Are there any limits to the size 
    of the files that MPICH2 could handle?&nbsp; Are there any options that we 
    need to set for MPICH2 to handle such large 
    jobs?</SPAN></FONT><o:p></o:p></P>
    <P><FONT face=Arial size=2><SPAN 
    style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: Arial">Your help would be greatly 
    appreciated.</SPAN></FONT> <o:p></o:p></P>
    <P><FONT face=Arial size=2><SPAN 
    style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: Arial">Thanks,</SPAN></FONT> <BR><FONT 
    face=Arial size=2><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: Arial">Ibrahim 
    Attieh</SPAN></FONT> <o:p></o:p></P>
    <P class=MsoNormal style="MARGIN-BOTTOM: 12pt"><FONT face="Times New Roman" 
    size=3><SPAN style="FONT-SIZE: 12pt"><o:p>&nbsp;</o:p></SPAN></FONT></P>
    <TABLE class=MsoNormalTable style="BACKGROUND: white" cellPadding=0 
    bgColor=white border=0>
      <TBODY>
      <TR>
        <TD 
        style="PADDING-RIGHT: 0.75pt; PADDING-LEFT: 0.75pt; PADDING-BOTTOM: 0.75pt; PADDING-TOP: 0.75pt">
          <P class=MsoNormal><FONT face="Times New Roman" color=black 
          size=3><SPAN 
          style="FONT-SIZE: 12pt; COLOR: black"><BR>CONFIDENTIAL&nbsp;AND&nbsp;PRIVILEGED&nbsp;INFORMATION&nbsp;NOTICE<BR><BR>This&nbsp;e-mail,&nbsp;and&nbsp;any&nbsp;attachments,&nbsp;may&nbsp;contain&nbsp;information&nbsp;that<BR>is&nbsp;confidential,&nbsp;subject&nbsp;to&nbsp;copyright,&nbsp;or&nbsp;exempt&nbsp;from&nbsp;disclosure.<BR>Any&nbsp;unauthorized&nbsp;review,&nbsp;disclosure,&nbsp;retransmission,&nbsp;<BR>dissemination&nbsp;or&nbsp;other&nbsp;use&nbsp;of&nbsp;or&nbsp;reliance&nbsp;on&nbsp;this&nbsp;information&nbsp;<BR>may&nbsp;be&nbsp;unlawful&nbsp;and&nbsp;is&nbsp;strictly&nbsp;prohibited.&nbsp;&nbsp;<BR><BR>AVIS&nbsp;D'INFORMATION&nbsp;CONFIDENTIELLE&nbsp;ET&nbsp;PRIVILÉGIÉE<BR><BR>Le&nbsp;présent&nbsp;courriel,&nbsp;et&nbsp;toute&nbsp;pièce&nbsp;jointe,&nbsp;peut&nbsp;contenir&nbsp;de&nbsp;<BR>l'information&nbsp;qui&nbsp;est&nbsp;confidentielle,&nbsp;régie&nbsp;par&nbsp;les&nbsp;droits&nbsp;<BR>d'auteur,&nbsp;ou&nbsp;interdite&nbsp;de&nbsp;divulgation.&nbsp;Tout&nbsp;examen,&nbsp;<BR>divulgation,&nbsp;retransmission,&nbsp;diffusion&nbsp;ou&nbsp;autres&nbsp;utilisations&nbsp;<BR>non&nbsp;autorisées&nbsp;de&nbsp;l'information&nbsp;ou&nbsp;dépendance&nbsp;non&nbsp;autorisée&nbsp;<BR>envers&nbsp;celle-ci&nbsp;peut&nbsp;être&nbsp;illégale&nbsp;et&nbsp;est&nbsp;strictement&nbsp;interdite.<o:p></o:p></SPAN></FONT></P></TD></TR></TBODY></TABLE>
    <P class=MsoNormal><FONT face="Times New Roman" size=3><SPAN 
    style="FONT-SIZE: 12pt"><o:p>&nbsp;</o:p></SPAN></FONT></P></DIV></BLOCKQUOTE></BLOCKQUOTE><br><br><table bgcolor=white style="color:black"><tr><td><br>CONFIDENTIAL&nbsp;AND&nbsp;PRIVILEGED&nbsp;INFORMATION&nbsp;NOTICE<br>
<br>
This&nbsp;e-mail,&nbsp;and&nbsp;any&nbsp;attachments,&nbsp;may&nbsp;contain&nbsp;information&nbsp;that<br>
is&nbsp;confidential,&nbsp;subject&nbsp;to&nbsp;copyright,&nbsp;or&nbsp;exempt&nbsp;from&nbsp;disclosure.<br>
Any&nbsp;unauthorized&nbsp;review,&nbsp;disclosure,&nbsp;retransmission,&nbsp;<br>
dissemination&nbsp;or&nbsp;other&nbsp;use&nbsp;of&nbsp;or&nbsp;reliance&nbsp;on&nbsp;this&nbsp;information&nbsp;<br>
may&nbsp;be&nbsp;unlawful&nbsp;and&nbsp;is&nbsp;strictly&nbsp;prohibited.&nbsp;&nbsp;<br>
<br>
AVIS&nbsp;D&#39;INFORMATION&nbsp;CONFIDENTIELLE&nbsp;ET&nbsp;PRIVILÉGIÉE<br>
<br>
Le&nbsp;présent&nbsp;courriel,&nbsp;et&nbsp;toute&nbsp;pièce&nbsp;jointe,&nbsp;peut&nbsp;contenir&nbsp;de&nbsp;<br>
l&#39;information&nbsp;qui&nbsp;est&nbsp;confidentielle,&nbsp;régie&nbsp;par&nbsp;les&nbsp;droits&nbsp;<br>
d&#39;auteur,&nbsp;ou&nbsp;interdite&nbsp;de&nbsp;divulgation.&nbsp;Tout&nbsp;examen,&nbsp;<br>
divulgation,&nbsp;retransmission,&nbsp;diffusion&nbsp;ou&nbsp;autres&nbsp;utilisations&nbsp;<br>
non&nbsp;autorisées&nbsp;de&nbsp;l&#39;information&nbsp;ou&nbsp;dépendance&nbsp;non&nbsp;autorisée&nbsp;<br>
envers&nbsp;celle-ci&nbsp;peut&nbsp;être&nbsp;illégale&nbsp;et&nbsp;est&nbsp;strictement&nbsp;interdite.</td></tr></table></BODY></HTML>