<div dir="auto"><div>Dear all,</div><div dir="auto">thank you for the prompt reply.</div><div dir="auto">May I ask you why we need blas/lapack. I've seen that you also have an eigen configure option. Maybe some blas/lapack functionality could be replaced by an eigen alternative for those who prefer to avoid fortran linking. </div><div dir="auto">Of coarse a OSX fix would be welcome! </div><div dir="auto">Bests</div><div dir="auto">Lorenzo<br><div class="gmail_extra" dir="auto"><br><div class="gmail_quote">On Nov 9, 2017 17:11, "Vijay S. Mahadevan" <<a href="mailto:vijay.m@gmail.com">vijay.m@gmail.com</a>> wrote:<br type="attribution"><blockquote class="quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Lorenzo,<br>
<br>
Yes like Paul mentioned, we require BLAS/LAPACK libraries now for<br>
configuring MOAB, and that unfortunately imposes requirements on the<br>
Fortran compiler to see how the symbol mangling works.<br>
<br>
I am unsure whether we can make an exception with OSX here since the<br>
-framework vecLib linker options should take care of everything we<br>
need. I'll play with this today and let you know whether we can push a<br>
fix for this right away (specific for OSX).<br>
<font color="#888888"><br>
Vijay<br>
</font><div class="elided-text"><br>
On Thu, Nov 9, 2017 at 6:46 AM, Paul Wilson <<a href="mailto:paul.wilson@wisc.edu">paul.wilson@wisc.edu</a>> wrote:<br>
> Hello Lorenzo<br>
><br>
> As of v5.0 MOAB requires FORTRAN to link to lapack/blas.  I discovered this<br>
> issue with building and the master branch does have this change in the CMAKE<br>
> files.<br>
><br>
> Paul<br>
><br>
> -- ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ --<br>
> Paul P.H. Wilson<br>
> Grainger Professor of Nuclear Engineering<br>
> <a href="tel:608-263-0807" value="+16082630807">608-263-0807</a><br>
> <a href="mailto:paul.wilson@wisc.edu">paul.wilson@wisc.edu</a><br>
> 443 Engineering Research Bldg<br>
> 1500 Engineering Dr, Madison, WI 53706<br>
> calendar: <a href="http://go.wisc.edu/pphw-cal" rel="noreferrer" target="_blank">http://go.wisc.edu/pphw-cal</a><br>
><br>
> Computational Nuclear Engineering Research Group<br>
> <a href="http://cnerg.engr.wisc.edu" rel="noreferrer" target="_blank">cnerg.engr.wisc.edu</a><br>
><br>
> [sent from my iPad]<br>
><br>
> On Nov 9, 2017, at 03:57, Lorenzo Botti <<a href="mailto:bottilorenzo@gmail.com">bottilorenzo@gmail.com</a>> wrote:<br>
><br>
> Dear all,<br>
> I’d like to move to the latest moab but I’m having trouble disabling<br>
> fortran.<br>
> I tried to modify compiler.m4 but it seems that this is not enough, see<br>
> below<br>
><br>
> dlm249-190:moab-5.0.0 digihabia$ ./configure --disable-fortran<br>
> --disable-imesh --with-mpi=/Users/digihabia/<wbr>src2/openmpi-3.0.0/openmpi/<br>
> --download-hdf5 --prefix=/Users/digihabia/<wbr>src2/moab-5.0.0/moab/<br>
> checking build system type... x86_64-apple-darwin17.2.0<br>
> checking host system type... x86_64-apple-darwin17.2.0<br>
> checking target system type... x86_64-apple-darwin17.2.0<br>
> checking for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c<br>
> checking whether build environment is sane... yes<br>
> checking for a thread-safe mkdir -p... config/install-sh -c -d<br>
> checking for gawk... no<br>
> checking for mawk... no<br>
> checking for nawk... no<br>
> checking for awk... awk<br>
> checking whether make sets $(MAKE)... yes<br>
> checking whether make supports nested variables... yes<br>
> checking whether make supports nested variables... (cached) yes<br>
> checking for sed... sed<br>
> checking for readlink... yes<br>
> checking for dirname... yes<br>
> checking for basename... yes<br>
> checking for rsync... yes<br>
> checking for wget... no<br>
> checking for scp... yes<br>
> checking for curl... yes<br>
> checking for tar... yes<br>
> checking for unzip... yes<br>
> checking for bzip2... yes<br>
> checking for md5sum... no<br>
> checking for shasum... yes<br>
> checking for shasum... /usr/bin/shasum<br>
> checking whether ln -s works... yes<br>
> checking for mkdir... /bin/mkdir<br>
> checking whether make sets $(MAKE)... (cached) yes<br>
> checking for style of include used by make... GNU<br>
> checking for gcc... /Users/digihabia/src2/openmpi-<wbr>3.0.0/openmpi//bin/mpicc<br>
> checking whether the C compiler works... yes<br>
> checking for C compiler default output file name... a.out<br>
> checking for suffix of executables...<br>
> checking whether we are cross compiling... no<br>
> checking for suffix of object files... o<br>
> checking whether we are using the GNU C compiler... yes<br>
> checking whether /Users/digihabia/src2/openmpi-<wbr>3.0.0/openmpi//bin/mpicc<br>
> accepts -g... yes<br>
> checking for /Users/digihabia/src2/openmpi-<wbr>3.0.0/openmpi//bin/mpicc option<br>
> to accept ISO C89... none needed<br>
> checking whether /Users/digihabia/src2/openmpi-<wbr>3.0.0/openmpi//bin/mpicc<br>
> understands -c and -o together... yes<br>
> checking dependency style of<br>
> /Users/digihabia/src2/openmpi-<wbr>3.0.0/openmpi//bin/mpicc... gcc3<br>
> checking how to run the C preprocessor...<br>
> /Users/digihabia/src2/openmpi-<wbr>3.0.0/openmpi//bin/mpicc -E<br>
> checking whether we are using the GNU C++ compiler... yes<br>
> checking whether /Users/digihabia/src2/openmpi-<wbr>3.0.0/openmpi//bin/mpicxx<br>
> accepts -g... yes<br>
> checking dependency style of<br>
> /Users/digihabia/src2/openmpi-<wbr>3.0.0/openmpi//bin/mpicxx... gcc3<br>
> checking how to run the C++ preprocessor...<br>
> /Users/digihabia/src2/openmpi-<wbr>3.0.0/openmpi//bin/mpicxx -E<br>
> checking how to get verbose linking output from ... configure: WARNING:<br>
> compilation failed<br>
><br>
> checking for Fortran 77 libraries of ...<br>
> checking how to get verbose linking output from ... configure: WARNING:<br>
> compilation failed<br>
><br>
> checking for Fortran libraries of ...<br>
> checking for known C compilers... Clang<br>
> checking for known compiler/OS combinations... Clang:x86_64<br>
> checking for known c++ compilers... Clang<br>
> checking for known compiler/CPU/OS combinations... Clang:darwin17.2.0:x86_64<br>
> checking if platform is IBM BlueGene... no<br>
> checking whether ln -s works... yes<br>
> checking whether make sets $(MAKE)... (cached) yes<br>
> checking how to print strings... printf<br>
> checking for a sed that does not truncate output... sed<br>
> checking for grep that handles long lines and -e... /usr/bin/grep<br>
> checking for egrep... /usr/bin/grep -E<br>
> checking for fgrep... /usr/bin/grep -F<br>
> checking for ld used by<br>
> /Users/digihabia/src2/openmpi-<wbr>3.0.0/openmpi//bin/mpicc...<br>
> /Library/Developer/<wbr>CommandLineTools/usr/bin/ld<br>
> checking if the linker (/Library/Developer/<wbr>CommandLineTools/usr/bin/ld) is<br>
> GNU ld... no<br>
> checking for BSD- or MS-compatible name lister (nm)... /usr/bin/nm -B<br>
> checking the name lister (/usr/bin/nm -B) interface... BSD nm<br>
> checking the maximum length of command line arguments... 196608<br>
> checking how to convert x86_64-apple-darwin17.2.0 file names to<br>
> x86_64-apple-darwin17.2.0 format... func_convert_file_noop<br>
> checking how to convert x86_64-apple-darwin17.2.0 file names to toolchain<br>
> format... func_convert_file_noop<br>
> checking for /Library/Developer/<wbr>CommandLineTools/usr/bin/ld option to reload<br>
> object files... -r<br>
> checking for objdump... objdump<br>
> checking how to recognize dependent libraries... pass_all<br>
> checking for dlltool... no<br>
> checking how to associate runtime and link libraries... printf %s\n<br>
> checking for ar... ar<br>
> checking for archiver @FILE support... no<br>
> checking for strip... strip<br>
> checking for ranlib... ranlib<br>
> checking command to parse /usr/bin/nm -B output from<br>
> /Users/digihabia/src2/openmpi-<wbr>3.0.0/openmpi//bin/mpicc object... ok<br>
> checking for sysroot... no<br>
> checking for a working dd... /bin/dd<br>
> checking how to truncate binary pipes... /bin/dd bs=4096 count=1<br>
> checking for mt... no<br>
> checking if : is a manifest tool... no<br>
> checking for dsymutil... dsymutil<br>
> checking for nmedit... nmedit<br>
> checking for lipo... lipo<br>
> checking for otool... otool<br>
> checking for otool64... no<br>
> checking for -single_module linker flag... yes<br>
> checking for -exported_symbols_list linker flag... yes<br>
> checking for -force_load linker flag... yes<br>
> checking for ANSI C header files... yes<br>
> checking for sys/types.h... yes<br>
> checking for sys/stat.h... yes<br>
> checking for stdlib.h... yes<br>
> checking for string.h... yes<br>
> checking for memory.h... yes<br>
> checking for strings.h... yes<br>
> checking for inttypes.h... yes<br>
> checking for stdint.h... yes<br>
> checking for unistd.h... yes<br>
> checking for dlfcn.h... yes<br>
> checking for objdir... .libs<br>
> checking if /Users/digihabia/src2/openmpi-<wbr>3.0.0/openmpi//bin/mpicc supports<br>
> -fno-rtti -fno-exceptions... yes<br>
> checking for /Users/digihabia/src2/openmpi-<wbr>3.0.0/openmpi//bin/mpicc option<br>
> to produce PIC... -fno-common -DPIC<br>
> checking if /Users/digihabia/src2/openmpi-<wbr>3.0.0/openmpi//bin/mpicc PIC flag<br>
> -fno-common -DPIC works... yes<br>
> checking if /Users/digihabia/src2/openmpi-<wbr>3.0.0/openmpi//bin/mpicc static<br>
> flag -static works... no<br>
> checking if /Users/digihabia/src2/openmpi-<wbr>3.0.0/openmpi//bin/mpicc supports<br>
> -c -o file.o... yes<br>
> checking if /Users/digihabia/src2/openmpi-<wbr>3.0.0/openmpi//bin/mpicc supports<br>
> -c -o file.o... (cached) yes<br>
> checking whether the /Users/digihabia/src2/openmpi-<wbr>3.0.0/openmpi//bin/mpicc<br>
> linker (/Library/Developer/<wbr>CommandLineTools/usr/bin/ld) supports shared<br>
> libraries... yes<br>
> checking dynamic linker characteristics... darwin17.2.0 dyld<br>
> checking how to hardcode library paths into programs... immediate<br>
> checking for dlopen in -ldl... yes<br>
> checking whether a program can dlopen itself... yes<br>
> checking whether a statically linked program can dlopen itself... yes<br>
> checking whether stripping libraries is possible... yes<br>
> checking if libtool supports shared libraries... yes<br>
> checking whether to build shared libraries... no<br>
> checking whether to build static libraries... yes<br>
> checking how to run the C++ preprocessor...<br>
> /Users/digihabia/src2/openmpi-<wbr>3.0.0/openmpi//bin/mpicxx -E<br>
> checking for ld used by<br>
> /Users/digihabia/src2/openmpi-<wbr>3.0.0/openmpi//bin/mpicxx...<br>
> /Library/Developer/<wbr>CommandLineTools/usr/bin/ld<br>
> checking if the linker (/Library/Developer/<wbr>CommandLineTools/usr/bin/ld) is<br>
> GNU ld... no<br>
> checking whether the /Users/digihabia/src2/openmpi-<wbr>3.0.0/openmpi//bin/mpicxx<br>
> linker (/Library/Developer/<wbr>CommandLineTools/usr/bin/ld) supports shared<br>
> libraries... yes<br>
> checking for /Users/digihabia/src2/openmpi-<wbr>3.0.0/openmpi//bin/mpicxx option<br>
> to produce PIC... -fno-common -DPIC<br>
> checking if /Users/digihabia/src2/openmpi-<wbr>3.0.0/openmpi//bin/mpicxx PIC flag<br>
> -fno-common -DPIC works... yes<br>
> checking if /Users/digihabia/src2/openmpi-<wbr>3.0.0/openmpi//bin/mpicxx static<br>
> flag -static works... no<br>
> checking if /Users/digihabia/src2/openmpi-<wbr>3.0.0/openmpi//bin/mpicxx supports<br>
> -c -o file.o... yes<br>
> checking if /Users/digihabia/src2/openmpi-<wbr>3.0.0/openmpi//bin/mpicxx supports<br>
> -c -o file.o... (cached) yes<br>
> checking whether the /Users/digihabia/src2/openmpi-<wbr>3.0.0/openmpi//bin/mpicxx<br>
> linker (/Library/Developer/<wbr>CommandLineTools/usr/bin/ld) supports shared<br>
> libraries... yes<br>
> checking dynamic linker characteristics... darwin17.2.0 dyld<br>
> checking how to hardcode library paths into programs... immediate<br>
> checking whether byte ordering is bigendian... no<br>
> checking for gunzip... gunzip -c<br>
> checking for gzip... (cached) gunzip -c<br>
> checking for zcat... (cached) gunzip -c<br>
> checking if C++ compiler supports template class specialization... yes<br>
> checking if C++ compiler supports template function specialization... yes<br>
> checking if /Users/digihabia/src2/openmpi-<wbr>3.0.0/openmpi//bin/mpicxx works...<br>
> yes<br>
> checking for vsnprintf... yes<br>
> checking for vsprintf... yes<br>
> checking for clock... yes<br>
> checking for times... yes<br>
> checking for cbrt... yes<br>
> checking if std::vector has templatized insert method... yes<br>
> checking if std::copy must be old SGI format... no<br>
> checking for ANSI C header files... (cached) yes<br>
> checking fcntl.h usability... yes<br>
> checking fcntl.h presence... yes<br>
> checking for fcntl.h... yes<br>
> checking for strings.h... (cached) yes<br>
> checking sys/file.h usability... yes<br>
> checking sys/file.h presence... yes<br>
> checking for sys/file.h... yes<br>
> checking sys/time.h usability... yes<br>
> checking sys/time.h presence... yes<br>
> checking for sys/time.h... yes<br>
> checking for unistd.h... (cached) yes<br>
> checking for inttypes.h... (cached) yes<br>
> checking for stdint.h... (cached) yes<br>
> checking stddef.h usability... yes<br>
> checking stddef.h presence... yes<br>
> checking for stddef.h... yes<br>
> checking for stdlib.h... (cached) yes<br>
> checking ieeefp.h usability... no<br>
> checking ieeefp.h presence... no<br>
> checking for ieeefp.h... no<br>
> checking termios.h usability... yes<br>
> checking termios.h presence... yes<br>
> checking for termios.h... yes<br>
> checking for sys/types.h... (cached) yes<br>
> checking sys/ioctl.h usability... yes<br>
> checking sys/ioctl.h presence... yes<br>
> checking for sys/ioctl.h... yes<br>
> checking size of void *... 8<br>
> checking for size_t... yes<br>
> checking for ptrdiff_t... yes<br>
> checking for dlopen in -ldl... (cached) yes<br>
> checking for compress in -lz... yes<br>
> checking for pow in -lm... yes<br>
> checking for dummy main to link with Fortran libraries... none<br>
> checking for Fortran name-mangling scheme... configure: error: in<br>
> `/Users/digihabia/src2/moab-5.<wbr>0.0':<br>
> configure: error: cannot compile a simple Fortran program<br>
> See `config.log' for more details<br>
</div></blockquote></div><br></div></div></div>