<div dir="ltr"><div><div><div><div><div>Dear Moab-Dev Community,<br><br></div>I am building MOAB from scratch on a cluster. I am using the following command './configure' command:<br><br><pre>./configure --with-mpi --with-hdf5=<hdf5-location> --enable-mbzoltan --with-zoltan=<zoltan_dir><br>
<br></pre>As you can see, I am using MOAB with hdf5 and Zoltan.  I am using a PGI compiler.  After I am done with the configure, I execute the 'make' command and get the following errors:<br><br></div>$ make<br><br>
<span style="font-family:courier new,monospace">make  all-recursive<br>make[1]: Entering directory `/home/sharedlib/moab-4.6.3'<br>Making all in src<br>make[2]: Entering directory `/home/sharedlib/moab-4.6.3/src'<br>
make  all-recursive<br>make[3]: Entering directory `/home/sharedlib/moab-4.6.3/src'<br>Making all in parallel<br>make[4]: Entering directory `/home/sharedlib/moab-4.6.3/src/parallel'<br>make  all-am<br>make[5]: Entering directory `/home/sharedlib/moab-4.6.3/src/parallel'<br>
make[5]: Leaving directory `/home/sharedlib/moab-4.6.3/src/parallel'<br>make[4]: Leaving directory `/home/sharedlib/moab-4.6.3/src/parallel'<br>Making all in io<br>make[4]: Entering directory `/home/sharedlib/moab-4.6.3/src/io'<br>
Making all in mhdf<br>make[5]: Entering directory `/home/sharedlib/moab-4.6.3/src/io/mhdf'<br>make[5]: Nothing to be done for `all'.<br>make[5]: Leaving directory `/home/sharedlib/moab-4.6.3/src/io/mhdf'<br>Making all in .<br>
make[5]: Entering directory `/home/sharedlib/moab-4.6.3/src/io'<br>make[5]: Nothing to be done for `all-am'.<br>make[5]: Leaving directory `/home/sharedlib/moab-4.6.3/src/io'<br>make[4]: Leaving directory `/home/sharedlib/moab-4.6.3/src/io'<br>
Making all in LocalDiscretization<br>make[4]: Entering directory `/home/sharedlib/moab-4.6.3/src/LocalDiscretization'<br>make[4]: Nothing to be done for `all'.<br>make[4]: Leaving directory `/home/sharedlib/moab-4.6.3/src/LocalDiscretization'<br>
Making all in .<br>make[4]: Entering directory `/home/sharedlib/moab-4.6.3/src'<br>\<br>    source='./../tools/mbzoltan/MBZoltan.cpp' object='MBZoltan.lo' libtool=yes \<br>    DEPDIR=.deps depmode=none /bin/sh ../config/depcomp \<br>
    /bin/sh ../libtool  --tag=CXX   --mode=compile mpiCC -DHAVE_CONFIG_H -I. -I.. -I../src/moab -I../src/parallel  -I/home/sharedlib/hdf5_parallel_build/hdf5/include  -DTEMPLATE_SPECIALIZATION -DTEMPLATE_FUNC_SPECIALIZATION -DHAVE_VSNPRINTF -D_FILE_OFFSET_BITS=64   -DUSE_MPI -DHDF5_FILE -DHDF5_PARALLEL -DHAVE_ZOLTAN -I./parallel -DIS_BUILDING_MB -I. -I./io -I./io/mhdf/include -I./parallel -I./LocalDiscretization -I/home/sharedlib/Zoltan_v3.8/    -O2 -DNDEBUG -c -o MBZoltan.lo `test -f './../tools/mbzoltan/MBZoltan.cpp' || echo './'`./../tools/mbzoltan/MBZoltan.cpp<br>
libtool: compile:  mpiCC -DHAVE_CONFIG_H -I. -I.. -I../src/moab -I../src/parallel -I/home/sharedlib/hdf5_parallel_build/hdf5/include -DTEMPLATE_SPECIALIZATION -DTEMPLATE_FUNC_SPECIALIZATION -DHAVE_VSNPRINTF -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -DUSE_MPI -DHDF5_FILE -DHDF5_PARALLEL -DHAVE_ZOLTAN -I./parallel -DIS_BUILDING_MB -I. -I./io -I./io/mhdf/include -I./parallel -I./LocalDiscretization -I/home/sharedlib/Zoltan_v3.8/ -O2 -DNDEBUG -c ./../tools/mbzoltan/MBZoltan.cpp -o MBZoltan.o<br>
"./../tools/mbzoltan/MBZoltan.cpp", line 254: <b>error</b>: identifier "clock_t" is<br>          undefined<br>    clock_t t = clock();<br>    ^<br><br>"./../tools/mbzoltan/MBZoltan.cpp", line 254: <b>error</b>: identifier "clock" is<br>
          undefined<br>    clock_t t = clock();<br>                ^<br><br>"./../tools/mbzoltan/MBZoltan.cpp", line 338: <b>error</b>: identifier<br>          "CLOCKS_PER_SEC" is undefined<br>      std::cout << " time to LB_partition " << (clock() - t) / (double) CLOCKS_PER_SEC  << "s. \n";<br>
                                                                        ^<br><br>"./../tools/mbzoltan/MBZoltan.cpp", line 380: <b>error</b>: identifier "clock_t" is<br>          undefined<br>    clock_t t = clock();<br>
    ^<br><br>"./../tools/mbzoltan/MBZoltan.cpp", line 380: <b>error</b>: identifier "clock" is<br>          undefined<br>    clock_t t = clock();<br>                ^<br><br>"./../tools/mbzoltan/MBZoltan.cpp", line 472: <b>error</b>: identifier<br>
          "CLOCKS_PER_SEC" is undefined<br>      std::cout << " time to assemble graph: " << (clock() - t) / (double) CLOCKS_PER_SEC  << "s. \n";<br>                                                                           ^<br>
<br>"./../tools/mbzoltan/MBZoltan.cpp", line 490: <b>error</b>: identifier<br>          "CLOCKS_PER_SEC" is undefined<br>      std::cout << " time to initialize points: " << (clock() - t) / (double) CLOCKS_PER_SEC  << "s. \n";<br>
                                                                              ^<br><br>"./../tools/mbzoltan/MBZoltan.cpp", line 592: <b>error</b>: identifier<br>          "CLOCKS_PER_SEC" is undefined<br>
      std::cout << " time to LB_partition " << (clock() - t) / (double) CLOCKS_PER_SEC  << "s. \n";<br>                                                                        ^<br><br>
"./../tools/mbzoltan/MBZoltan.cpp", line 612: <b>error</b>: identifier<br>          "CLOCKS_PER_SEC" is undefined<br>      std::cout << " time to write partition in memory " <<(clock() - t) / (double) CLOCKS_PER_SEC  << "s. \n";<br>
                                                                                    ^<br><br>9 <b>errors</b> detected in the compilation of "./../tools/mbzoltan/MBZoltan.cpp".</span><br><br></div>Has anyone encountered these problems? If so, can you recommend something I can do to fix it?  Your help is greatly appreciated.<br>
<br></div>Best,<br><br></div>Saumil<br><div><div><div><div><br>     <br></div></div></div></div></div>