<p dir="ltr">Please make sure to do a make check before commits. Failures in master branch should not happen. If these are evolving commits part of a larger feature addition, create a feature branch separately. </p>
<p dir="ltr">Vijay</p>
<div class="gmail_quote">On Jun 12, 2014 4:03 PM,  <<a href="mailto:jenkins-ci@mcs.anl.gov">jenkins-ci@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br type="attribution"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
See <<a href="https://jenkins-ci.mcs.anl.gov/job/moab_serial/343/changes" target="_blank">https://jenkins-ci.mcs.anl.gov/job/moab_serial/343/changes</a>><br>
<br>
Changes:<br>
<br>
[wuda] Renamed a few member functions of NCHelper classes (e.g. read_variable_setup => read_variables_setup).<br>
<br>
------------------------------------------<br>
[...truncated 112 lines...]<br>
checking if gcc supports -c -o file.o... (cached) yes<br>
checking whether the gcc linker (/usr/bin/ld -m elf_x86_64) supports shared libraries... yes<br>
checking dynamic linker characteristics... GNU/Linux ld.so<br>
checking how to hardcode library paths into programs... immediate<br>
checking whether stripping libraries is possible... yes<br>
checking if libtool supports shared libraries... yes<br>
checking whether to build shared libraries... no<br>
checking whether to build static libraries... yes<br>
checking how to run the C++ preprocessor... g++ -E<br>
checking for ld used by g++... /usr/bin/ld -m elf_x86_64<br>
checking if the linker (/usr/bin/ld -m elf_x86_64) is GNU ld... yes<br>
checking whether the g++ linker (/usr/bin/ld -m elf_x86_64) supports shared libraries... yes<br>
checking for g++ option to produce PIC... -fPIC -DPIC<br>
checking if g++ PIC flag -fPIC -DPIC works... yes<br>
checking if g++ static flag -static works... yes<br>
checking if g++ supports -c -o file.o... yes<br>
checking if g++ supports -c -o file.o... (cached) yes<br>
checking whether the g++ linker (/usr/bin/ld -m elf_x86_64) supports shared libraries... yes<br>
checking dynamic linker characteristics... (cached) GNU/Linux ld.so<br>
checking how to hardcode library paths into programs... immediate<br>
checking if libtool supports shared libraries... yes<br>
checking whether to build shared libraries... no<br>
checking whether to build static libraries... yes<br>
checking for f77 option to produce PIC... -fPIC<br>
checking if f77 PIC flag -fPIC works... yes<br>
checking if f77 static flag -static works... yes<br>
checking if f77 supports -c -o file.o... yes<br>
checking if f77 supports -c -o file.o... (cached) yes<br>
checking whether the f77 linker (/usr/bin/ld -m elf_x86_64) supports shared libraries... yes<br>
checking dynamic linker characteristics... (cached) GNU/Linux ld.so<br>
checking how to hardcode library paths into programs... immediate<br>
checking if libtool supports shared libraries... yes<br>
checking whether to build shared libraries... no<br>
checking whether to build static libraries... yes<br>
checking for gfortran option to produce PIC... -fPIC<br>
checking if gfortran PIC flag -fPIC works... yes<br>
checking if gfortran static flag -static works... yes<br>
checking if gfortran supports -c -o file.o... yes<br>
checking if gfortran supports -c -o file.o... (cached) yes<br>
checking whether the gfortran linker (/usr/bin/ld -m elf_x86_64) supports shared libraries... yes<br>
checking dynamic linker characteristics... (cached) GNU/Linux ld.so<br>
checking how to hardcode library paths into programs... immediate<br>
checking for known C compilers... GNU<br>
checking for known compiler/OS combinations... GNU:x86_64<br>
checking for known c++ compilers... GNU<br>
checking for known compiler/OS combinations... GNU:x86_64<br>
checking whether make supports nested variables... yes<br>
checking whether byte ordering is bigendian... no<br>
checking if platform is IBM BlueGene... no<br>
checking for gunzip... gunzip -c<br>
checking for gzip... (cached) gunzip -c<br>
checking for zcat... (cached) gunzip -c<br>
checking if C++ compiler supports template class specialization... yes<br>
checking if C++ compiler supports template function specialization... yes<br>
checking if g++ works... yes<br>
checking how to get verbose linking output from gfortran... -v<br>
checking for Fortran libraries of gfortran...  -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.6 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.6/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.6/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.6/../../.. -lgfortran -lm -lquadmath<br>

checking for dummy main to link with Fortran libraries... none<br>
checking for Fortran name-mangling scheme... lower case, underscore, no extra underscore<br>
checking whether Fortran 77 supports Cray-style pointer... yes<br>
checking for Fortran 77 compiler flag for Cray-style pointer... -fcray-pointer<br>
checking whether Fortran 90 supports Cray-style pointer... yes<br>
checking for Fortran 90 compiler flag for Cray-style pointer... -fcray-pointer<br>
checking for vsnprintf... yes<br>
checking if std::vector has templatized insert method... yes<br>
checking if std::copy must be old SGI format... no<br>
checking for inttypes.h... (cached) yes<br>
checking for stdint.h... (cached) yes<br>
checking for sys/types.h... (cached) yes<br>
checking stddef.h usability... yes<br>
checking stddef.h presence... yes<br>
checking for stddef.h... yes<br>
checking for stdlib.h... (cached) yes<br>
checking size of void *... 8<br>
checking for size_t... yes<br>
checking for ptrdiff_t... yes<br>
checking size of EntityHandle... 8<br>
checking if iMesh support is to be built... yes<br>
checking if iGeom support is to be built... no<br>
configure: creating ./<a href="http://config.lt" target="_blank">config.lt</a><br>
<a href="http://config.lt" target="_blank">config.lt</a>: creating libtool<br>
checking ieeefp.h usability... no<br>
checking ieeefp.h presence... no<br>
checking for ieeefp.h... no<br>
checking for C++ unordered_map... std::tr1<br>
checking for deflate in -lz... yes<br>
checking for SZ_Decompress in -lsz... no<br>
checking if HDF5 support is enabled... yes<br>
checking hdf5.h usability... yes<br>
checking hdf5.h presence... yes<br>
checking for hdf5.h... yes<br>
checking for H5Fopen in -lhdf5... yes<br>
checking if CCMIO support is enabled... yes<br>
checking if CCMIO support available...<br>
checking ccmio.h usability... no<br>
checking ccmio.h presence... no<br>
checking for ccmio.h... no<br>
checking ccmioutility.h usability... no<br>
checking ccmioutility.h presence... no<br>
checking for ccmioutility.h... no<br>
checking ccmiocore.h usability... no<br>
checking ccmiocore.h presence... no<br>
checking for ccmiocore.h... no<br>
checking unsuccessful, Ccmio support disabled...<br>
checking if DAMSEL support is enabled... no<br>
checking if DAMSEL support available...<br>
checking if NetCDF support is enabled... yes<br>
checking for nc-config... /homes/fathom/3rdparty/netcdf/4.3.2/gnu/bin/nc-config<br>
checking netcdf.h usability... yes<br>
checking netcdf.h presence... yes<br>
checking for netcdf.h... yes<br>
checking if NC_MAX_DIMS is at least 65536... no<br>
checking if NC_MAX_VARS is at least 524288... no<br>
checking for nc_create in -lnetcdf... yes<br>
checking if Pnetcdf support is enabled... no<br>
checking if CGNS support is enabled... yes<br>
checking cgnslib.h usability... no<br>
checking cgnslib.h presence... no<br>
checking for cgnslib.h... no<br>
configure: WARNING: CGNS header not found.<br>
checking for cg_open in -lcgns... no<br>
checking for cg_open in -lcgns... no<br>
checking for cg_open in -lcgns... no<br>
configure: WARNING: "CGNS support disabled"<br>
checking for doxygen... /usr/bin/doxygen<br>
checking if mbconvert is to be built... yes<br>
checking if hexmodops is to be built... yes<br>
checking if qvdual is to be built... no<br>
checking if vtkMOABReader is to be built... no<br>
checking if vtkMOABReaderNew is to be built... no<br>
checking if mbsize is to be built... yes<br>
checking if mbskin is to be built... yes<br>
checking if mbtagprop is to be built... yes<br>
checking if mbmem is to be built... yes<br>
checking if mcnpmit is to be built... no<br>
checking if mbcoupler is to be built... no<br>
checking if spheredecomp is to be built... yes<br>
checking if mbsurfplot is to be built... yes<br>
checking if mbzoltan is to be built... no<br>
checking if dagmc is to be built... yes<br>
checking if gsets is to be built... yes<br>
checking if mbdepth is to be built... yes<br>
checking if refiner is to be built... no<br>
checking if h5mtools is to be built... yes<br>
checking if mbcslam is to be built... no<br>
configure: creating ./config.status<br>
config.status: creating Makefile<br>
config.status: creating moab.make<br>
config.status: creating MOABConfig.cmake<br>
config.status: creating src/Makefile<br>
config.status: creating src/io/Makefile<br>
config.status: creating src/io/mhdf/Makefile<br>
config.status: creating src/LocalDiscretization/Makefile<br>
config.status: creating src/parallel/Makefile<br>
config.status: creating src/oldinc/Makefile<br>
config.status: creating test/Makefile<br>
config.status: creating test/dagmc/Makefile<br>
config.status: creating test/h5file/Makefile<br>
config.status: creating test/dual/Makefile<br>
config.status: creating test/obb/Makefile<br>
config.status: creating test/perf/Makefile<br>
config.status: creating test/perf/point_location/Makefile<br>
config.status: creating test/io/Makefile<br>
config.status: creating test/parallel/Makefile<br>
config.status: creating test/oldinc/Makefile<br>
config.status: creating itaps/iBase_f.h<br>
config.status: creating itaps/Makefile<br>
config.status: creating itaps/imesh/Makefile<br>
config.status: creating itaps/imesh/iMesh-Defs.inc<br>
config.status: creating itaps/igeom/Makefile<br>
config.status: creating itaps/igeom/FBiGeom-Defs.inc<br>
config.status: creating tools/Makefile<br>
config.status: creating tools/refiner/Makefile<br>
config.status: creating tools/mbcoupler/Makefile<br>
config.status: creating tools/mbcslam/Makefile<br>
config.status: creating tools/mbzoltan/Config.moab<br>
config.status: creating tools/mbzoltan/Makefile<br>
config.status: creating tools/mcnpmit/Makefile<br>
config.status: creating tools/qvdual/Makefile<br>
config.status: creating tools/dagmc/Makefile<br>
config.status: creating tools/vtkMOABReader/CMakeLists.txt<br>
config.status: creating tools/vtkMOABReaderNew/CMakeLists.txt<br>
config.status: creating doc/Makefile<br>
config.status: creating doc/user.dox<br>
config.status: creating doc/config.tex<br>
config.status: creating MeshFiles/Makefile<br>
config.status: creating MeshFiles/unittest/Makefile<br>
config.status: creating MeshFiles/unittest/io/Makefile<br>
config.status: creating MeshFiles/unittest/iGeom/Makefile<br>
config.status: creating MeshFiles/unittest/dagmc/Makefile<br>
config.status: creating config.h<br>
config.status: config.h is unchanged<br>
config.status: creating src/moab/Version.h<br>
config.status: src/moab/Version.h is unchanged<br>
config.status: creating src/moab/EntityHandle.hpp<br>
config.status: src/moab/EntityHandle.hpp is unchanged<br>
config.status: creating src/parallel/moab_mpi_config.h<br>
config.status: src/parallel/moab_mpi_config.h is unchanged<br>
config.status: creating src/FCDefs.h<br>
config.status: src/FCDefs.h is unchanged<br>
config.status: executing depfiles commands<br>
config.status: executing libtool commands<br>
config.status: executing src/MOAB_FCDefs.h commands<br>
C:   gcc  -Wall -pipe -pedantic -Wno-long-long -Wextra -Wcast-align  -Wpointer-arith -Wformat -Wformat-security -Wshadow -Wunused-parameter -O2 -DNDEBUG  -DUNORDERED_MAP_NS=std::tr1 -DHAVE_UNORDERED_MAP=tr1/unordered_map -DHAVE_UNORDERED_SET=tr1/unordered_set<br>

C++: g++  -Wall -pipe -pedantic -Wno-long-long -Wextra -Wcast-align  -Wpointer-arith -Wformat -Wformat-security -Wshadow -Wunused-parameter -O2 -DNDEBUG  -DUNORDERED_MAP_NS=std::tr1 -DHAVE_UNORDERED_MAP=tr1/unordered_map -DHAVE_UNORDERED_SET=tr1/unordered_set<br>

Fortran90: gfortran   -O2 -fcray-pointer<br>
Fortran77: f77   -O2 -fcray-pointer<br>
+ make<br>
make  all-recursive<br>
make[1]: Entering directory `<<a href="https://jenkins-ci.mcs.anl.gov/job/moab_serial/ws/" target="_blank">https://jenkins-ci.mcs.anl.gov/job/moab_serial/ws/</a>'><br>
Making all in src<br>
make[2]: Entering directory `<<a href="https://jenkins-ci.mcs.anl.gov/job/moab_serial/ws/src" target="_blank">https://jenkins-ci.mcs.anl.gov/job/moab_serial/ws/src</a>'><br>
(CDPATH="${ZSH_VERSION+.}:" && cd .. && /bin/sh <<a href="https://jenkins-ci.mcs.anl.gov/job/moab_serial/ws/config/missing" target="_blank">https://jenkins-ci.mcs.anl.gov/job/moab_serial/ws/config/missing</a>> --run autoheader)<br>

rm -f stamp-h5<br>
touch <a href="http://FCDefs.h.in" target="_blank">FCDefs.h.in</a><br>
cd .. && /bin/sh ./config.status src/FCDefs.h<br>
config.status: creating src/FCDefs.h<br>
config.status: src/FCDefs.h is unchanged<br>
make  all-recursive<br>
make[3]: Entering directory `<<a href="https://jenkins-ci.mcs.anl.gov/job/moab_serial/ws/src" target="_blank">https://jenkins-ci.mcs.anl.gov/job/moab_serial/ws/src</a>'><br>
Making all in io<br>
make[4]: Entering directory `<<a href="https://jenkins-ci.mcs.anl.gov/job/moab_serial/ws/src/io" target="_blank">https://jenkins-ci.mcs.anl.gov/job/moab_serial/ws/src/io</a>'><br>
Making all in mhdf<br>
make[5]: Entering directory `<<a href="https://jenkins-ci.mcs.anl.gov/job/moab_serial/ws/src/io/mhdf" target="_blank">https://jenkins-ci.mcs.anl.gov/job/moab_serial/ws/src/io/mhdf</a>'><br>
make[5]: Nothing to be done for `all'.<br>
make[5]: Leaving directory `<<a href="https://jenkins-ci.mcs.anl.gov/job/moab_serial/ws/src/io/mhdf" target="_blank">https://jenkins-ci.mcs.anl.gov/job/moab_serial/ws/src/io/mhdf</a>'><br>
Making all in .<br>
make[5]: Entering directory `<<a href="https://jenkins-ci.mcs.anl.gov/job/moab_serial/ws/src/io" target="_blank">https://jenkins-ci.mcs.anl.gov/job/moab_serial/ws/src/io</a>'><br>
/bin/sh ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DHAVE_CONFIG_H -I. -I../.. -I../../src/moab -I../../src/parallel -I../../src  -I/homes/fathom/3rdparty/netcdf/4.3.2/gnu/include -I/homes/fathom/3rdparty/zlib/1.2.8/gcc/include -I/homes/fathom/3rdparty/hdf5/1.8.12/gnu/include    -I/homes/fathom/3rdparty/hdf5/1.8.12/gnu/include -isystem /homes/fathom/3rdparty/hdf5/1.8.12/gnu/include  -DTEMPLATE_SPECIALIZATION -DTEMPLATE_FUNC_SPECIALIZATION -DHAVE_VSNPRINTF -D_FILE_OFFSET_BITS=64   -DHDF5_FILE -DNETCDF_FILE -DIS_BUILDING_MB -I.. -I./.. -I./../parallel  -I./mhdf/include  -DUNORDERED_MAP_NS=std::tr1 -DHAVE_UNORDERED_MAP=tr1/unordered_map -DHAVE_UNORDERED_SET=tr1/unordered_set  -Wall -pipe -pedantic -Wno-long-long -Wextra -Wcast-align  -Wpointer-arith -Wformat -Wformat-security -Wshadow -Wunused-parameter -O2 -DNDEBUG -MT ReadNC.lo -MD -MP -MF .deps/ReadNC.Tpo -c -o ReadNC.lo ReadNC.cpp<br>

libtool: compile:  g++ -DHAVE_CONFIG_H -I. -I../.. -I../../src/moab -I../../src/parallel -I../../src -I/homes/fathom/3rdparty/netcdf/4.3.2/gnu/include -I/homes/fathom/3rdparty/zlib/1.2.8/gcc/include -I/homes/fathom/3rdparty/hdf5/1.8.12/gnu/include -I/homes/fathom/3rdparty/hdf5/1.8.12/gnu/include -isystem /homes/fathom/3rdparty/hdf5/1.8.12/gnu/include -DTEMPLATE_SPECIALIZATION -DTEMPLATE_FUNC_SPECIALIZATION -DHAVE_VSNPRINTF -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -DHDF5_FILE -DNETCDF_FILE -DIS_BUILDING_MB -I.. -I./.. -I./../parallel -I./mhdf/include -DUNORDERED_MAP_NS=std::tr1 -DHAVE_UNORDERED_MAP=tr1/unordered_map -DHAVE_UNORDERED_SET=tr1/unordered_set -Wall -pipe -pedantic -Wno-long-long -Wextra -Wcast-align -Wpointer-arith -Wformat -Wformat-security -Wshadow -Wunused-parameter -O2 -DNDEBUG -MT ReadNC.lo -MD -MP -MF .deps/ReadNC.Tpo -c ReadNC.cpp -o ReadNC.o<br>

mv -f .deps/ReadNC.Tpo .deps/ReadNC.Plo<br>
/bin/sh ../../libtool  --tag=CXX   --mode=compile g++ -DHAVE_CONFIG_H -I. -I../.. -I../../src/moab -I../../src/parallel -I../../src  -I/homes/fathom/3rdparty/netcdf/4.3.2/gnu/include -I/homes/fathom/3rdparty/zlib/1.2.8/gcc/include -I/homes/fathom/3rdparty/hdf5/1.8.12/gnu/include    -I/homes/fathom/3rdparty/hdf5/1.8.12/gnu/include -isystem /homes/fathom/3rdparty/hdf5/1.8.12/gnu/include  -DTEMPLATE_SPECIALIZATION -DTEMPLATE_FUNC_SPECIALIZATION -DHAVE_VSNPRINTF -D_FILE_OFFSET_BITS=64   -DHDF5_FILE -DNETCDF_FILE -DIS_BUILDING_MB -I.. -I./.. -I./../parallel  -I./mhdf/include  -DUNORDERED_MAP_NS=std::tr1 -DHAVE_UNORDERED_MAP=tr1/unordered_map -DHAVE_UNORDERED_SET=tr1/unordered_set  -Wall -pipe -pedantic -Wno-long-long -Wextra -Wcast-align  -Wpointer-arith -Wformat -Wformat-security -Wshadow -Wunused-parameter -O2 -DNDEBUG -MT NCHelper.lo -MD -MP -MF .deps/NCHelper.Tpo -c -o NCHelper.lo NCHelper.cpp<br>

libtool: compile:  g++ -DHAVE_CONFIG_H -I. -I../.. -I../../src/moab -I../../src/parallel -I../../src -I/homes/fathom/3rdparty/netcdf/4.3.2/gnu/include -I/homes/fathom/3rdparty/zlib/1.2.8/gcc/include -I/homes/fathom/3rdparty/hdf5/1.8.12/gnu/include -I/homes/fathom/3rdparty/hdf5/1.8.12/gnu/include -isystem /homes/fathom/3rdparty/hdf5/1.8.12/gnu/include -DTEMPLATE_SPECIALIZATION -DTEMPLATE_FUNC_SPECIALIZATION -DHAVE_VSNPRINTF -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -DHDF5_FILE -DNETCDF_FILE -DIS_BUILDING_MB -I.. -I./.. -I./../parallel -I./mhdf/include -DUNORDERED_MAP_NS=std::tr1 -DHAVE_UNORDERED_MAP=tr1/unordered_map -DHAVE_UNORDERED_SET=tr1/unordered_set -Wall -pipe -pedantic -Wno-long-long -Wextra -Wcast-align -Wpointer-arith -Wformat -Wformat-security -Wshadow -Wunused-parameter -O2 -DNDEBUG -MT NCHelper.lo -MD -MP -MF .deps/NCHelper.Tpo -c NCHelper.cpp -o NCHelper.o<br>

NCHelper.cpp: In static member function 'static moab::NCHelper* moab::NCHelper::get_nc_helper(moab::ReadNC*, int, const moab::FileOptions&, moab::EntityHandle)':<br>
NCHelper.cpp:51:75: error: cannot allocate an object of abstract type 'moab::NCHelperMPAS'<br>
NCHelperMPAS.hpp:17:7: note:   because the following virtual functions are pure within 'moab::NCHelperMPAS':<br>
NCHelper.hpp:206:21: note:      virtual moab::ErrorCode moab::UcdNCHelper::read_ucd_variables_to_nonset(std::vector<moab::ReadNC::VarData>&, std::vector<int>&)<br>
make[5]: *** [NCHelper.lo] Error 1<br>
make[5]: Leaving directory `<<a href="https://jenkins-ci.mcs.anl.gov/job/moab_serial/ws/src/io" target="_blank">https://jenkins-ci.mcs.anl.gov/job/moab_serial/ws/src/io</a>'><br>
make[4]: *** [all-recursive] Error 1<br>
make[4]: Leaving directory `<<a href="https://jenkins-ci.mcs.anl.gov/job/moab_serial/ws/src/io" target="_blank">https://jenkins-ci.mcs.anl.gov/job/moab_serial/ws/src/io</a>'><br>
make[3]: *** [all-recursive] Error 1<br>
make[3]: Leaving directory `<<a href="https://jenkins-ci.mcs.anl.gov/job/moab_serial/ws/src" target="_blank">https://jenkins-ci.mcs.anl.gov/job/moab_serial/ws/src</a>'><br>
make[2]: *** [all] Error 2<br>
make[2]: Leaving directory `<<a href="https://jenkins-ci.mcs.anl.gov/job/moab_serial/ws/src" target="_blank">https://jenkins-ci.mcs.anl.gov/job/moab_serial/ws/src</a>'><br>
make[1]: *** [all-recursive] Error 1<br>
make[1]: Leaving directory `<<a href="https://jenkins-ci.mcs.anl.gov/job/moab_serial/ws/" target="_blank">https://jenkins-ci.mcs.anl.gov/job/moab_serial/ws/</a>'><br>
make: *** [all] Error 2<br>
Build step 'Execute shell' marked build as failure<br>
</blockquote></div>