<div dir="ltr"><div><div><div><div><div>Iulian, thanks again.<br><br></div><div>I have no problem partitioning homogeneous meshes. I've written a code, similar to "examples/HelloMoabPar.cpp" to set a tag on procID and visualize that in paraview (mbconvert file.h5m file.vtk), 
<style type="text/css">
p, li { white-space: pre-wrap; }</style>check 2d_naca0012_mixed_invert_p2.png attached.<br><br>The problem is with mixed meshes, well kind of...<br></div><div><br>Please find attached two meshes with mixed elements, now both are partitioned (graph, metis) into 2 procs.<br>
<br>

<p style="margin:0px;text-indent:0px"><b>2d_naca0012_mixed.h5m</b></p><p style="margin:0px;text-indent:0px">3555 nodes<br></p><p style="margin:0px;text-indent:0px">6910 tri (LIVE)</p><p style="margin:0px;text-indent:0px">
17 quads (LIVE)</p><p style="margin:0px;text-indent:0px">50 edges (FFIELD)</p><p style="margin:0px;text-indent:0px">116 (WALL)<br></p><br>

<p style="margin:0px;text-indent:0px"><b>2d_naca0012_mixed_invert.h5m</b></p><p style="margin:0px;text-indent:0px">3560 nodes</p><p style="margin:0px;text-indent:0px">770 tri (LIVE)</p><p style="margin:0px;text-indent:0px">
3092 quad (LIVE)</p><p style="margin:0px;text-indent:0px">50 (FFIELD)</p><p style="margin:0px;text-indent:0px">116 (WALL)<br></p><br></div>The
 second mesh, which has over 4 times more quads than tris is read just 
fine (the one in the picture). I have also partitioned it into 32 procs and it all goes well.<br>The first one, with only 17 quads does not read properly, mb->load_file() 
returns "MB_INDEX_OUT_OF_RANGE". <br><br></div>My understanding is that,
 given the fact that the second one works, the first mesh also should, 
after all both are written by the the same code...<br><br></div><div>read_options are:<br>"PARALLEL=READ_PART;PARTITION=PARALLEL_PARTITION;PARALLEL_RESOLVE_SHARED_ENTS;PARALLEL_GHOSTS=2.0.1";<br></div><div><br>
</div>Note
 that, if I do not partition the mesh, both are read without problems by
 MOAB. If I use PARALLEL=NONE, both are also read, but I get empty data 
in my code which sets tag based on owned entities of dim=2.<br></div><div><br>Could this be related to the number of entities in a given set, when read in parallel?<br></div><div><br></div>I would like to use parallel IO from HDF, hence my efforts (currently, CGNS parallel IO are in beta) but most of my use cases rely on mixed meshes (tetra+prism) for external compressible aerodynamics.<br>
<br></div><div>Thanks for your attention,<br><br></div><div>Carlos Breviglieri<br></div><div><br><br><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Oct 9, 2013 at 2:14 PM, Iulian Grindeanu <span dir="ltr"><<a href="mailto:iulian@mcs.anl.gov" target="_blank">iulian@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div style="font-size:12pt;font-family:times new roman,new york,times,serif"><br><br><hr><div class="im"><blockquote style="padding-left:5px;font-size:12pt;font-style:normal;margin-left:5px;font-family:Helvetica,Arial,sans-serif;text-decoration:none;font-weight:normal;border-left:2px solid #1010ff">
<div dir="ltr"><div>Hello again and thanks for the quick reply!<br><br></div><div>I have been able to find a bug with my code (the one that loaded data to h5m) and seems to be fine for mixed meshes. I have used the mbsize -ll trick and understood the fault, thanks Iulian!<br>

The h5mvalidade tool still complains but I can see past that.<br></div></div></blockquote></div>OK, thanks for reporting it. Something is not right :(<div class="im"><br><blockquote style="padding-left:5px;font-size:12pt;font-style:normal;margin-left:5px;font-family:Helvetica,Arial,sans-serif;text-decoration:none;font-weight:normal;border-left:2px solid #1010ff">
<div dir="ltr"><div><br></div><div>The attached file is the one that seems to work for me now (naca0012 airfoil with 6910 tris + 17 quads, no parallel partitions, 2d_naca0012_mixed.h5m).<br>
<br>I also use METIS to partition my mesh and then push the PARALLEL_PARTITION tag/set data to h5m. It works ok for homogeneous mesh but I have problems with mixed meshes. I am looking into it right now. If I can figure out what I am doing wrong with mixed elements (actually multiple ranges) I'll let you know. I used the mbZoltan.cpp code to base my implementation on the parallel data creation.<br>
</div></div></blockquote></div>can you try something like:<br>mbpart 4 -p PartKway  2d_naca0012_mixed.h5m naca4.h5m<br>it does get a partition, which you can see in visit :)<div class="im"><br><br><blockquote style="padding-left:5px;font-size:12pt;font-style:normal;margin-left:5px;font-family:Helvetica,Arial,sans-serif;text-decoration:none;font-weight:normal;border-left:2px solid #1010ff">
<div dir="ltr"><div>
<br>If all goes well, I will test it against mbzoltan. By the way, is there a way to use mbzoltan in parallel with graph partitioners (parmetis, ptscotch)? mbzoltan tests if mpiComm.nprocs > 1 and then quits if otherwise...<br>
</div></div></blockquote></div>yes, we use it in serial only <br><div class="im"><blockquote style="padding-left:5px;font-size:12pt;font-style:normal;margin-left:5px;font-family:Helvetica,Arial,sans-serif;text-decoration:none;font-weight:normal;border-left:2px solid #1010ff">
<div dir="ltr"><div>
</div><div><br></div><div>I would be glad to share the CGNS reader code back to you. I need to fix the current issues and improve the code (add global_id data, etc). I read each CGNS section into a different tag/set in h5m, so I can easily retrieve those in application code. Not sure if this is the right way to do so (should follow the convention to place data into MATERIAL_SET / DIRICHILET NEUMANN ?)  but seemed straightforward to me.<br>

<br>I have a CGNS writer class also in the works that I'll push back to the repo once it is working along with some sample meshes for unit tests.<br></div><div><br>I have patched the 4.6.2 sources to also include configuration flags (going the autotools way here) to point to cgns libraries and include paths. Is the CMake toolchain the official one?<br>
</div></div></blockquote></div>autotools is the official build tool.  <br><blockquote style="padding-left:5px;font-size:12pt;font-style:normal;margin-left:5px;font-family:Helvetica,Arial,sans-serif;text-decoration:none;font-weight:normal;border-left:2px solid #1010ff">
<div dir="ltr"><div>
</div><div><br></div><div>Thank you,<br><br>regards,<br><br>Carlos<br></div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br></div></blockquote>Thanks,<br>Iulian<br><br></div></div></blockquote></div><br></div>